Prihartini, NoviaChristi (2015) Distribusi Dan Analisis Filogenetik Rna Nervous Necrotic Pada Benih Nila (Oreochromis Sp.). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Viral Nervous Necrosis (VNN) merupakan virus yang banyak menyerang ikan budidaya laut terutama kakap dan kerapu. Beberapa penelitian yang sudah ada menyatakan bahwa salinitas dan temperatur air bukanlah faktor pembatas penyebaran penyakit ini, karena VNN dapat juga menginfeksi beberapa spesies ikan air tawar maupun payau, salah satunya ikan nila. Infeksi virus pada ikan nila ( Oreochromis sp.) khususnya VNN belum banyak diteliti. Terkait kemungkinan terjadinya variasi genetik pada ikan nila yang terinfeksi VNN, perlu diketahui persamaan dari varian virus tersebut, yaitu dengan melakukan sekuensing DNA VNN yang dilanjutkan dengan analisis filogenetik, sehingga dapat mengetahui gambaran tentang kemiripan diantara varian VNN yang ditemukan pada benih nila.Tujuan dilakukan penelitian ini adalah 1). Menentukan genomik VNN pada benih nila dengan analisa histopatologi dan PCR sehingga dapat menggambarkan distribusi pathognomik virulensi VNN secara kualitatif dan kuantitatif. 2). Mengetahui dan menganalisis homologi serta kekerabatan VNN yang menginfeksi benih nila dengan melihat data Genbank. Metoda penelitian yang digunakan adalah deskriptif kualitatif. Sampel benih nila ukuran 5-7 cm diambil pada beberapa lokasi budidaya nila dan merupakan daerah suspect VNN. Sampel diperiksa klinis dan dipilih yang menunjukkan hasil positif PCR terhadap VNN, selanjutnya diuji kerusakan organnya secara makroskopis (patologi anatomi) maupun mikroskopis (histopatologi) dan diuji distribusi virusnya dengan RT-PCR. Uji sekuensing dan analisis filogenetik dilakukan untuk mengetahui variasi genetik VNN pada benih nila. Hasil pengamatan pada benih nila terinfeksi VNN menunjukkan perubahan dan kerusakan pada organ dan jaringan yang dapat dilihat dari pemeriksaan gejala klinis, patologi anatomi dan histopatologi. Benih nila secara kualitatif (histopatologi) memperlihatkan adanya vakuolisasi dan inclusion body pada organ otak dan mata, kerusakan lainnya juga ditemui pada hati, ginjal, limpa, insang, usus, dan otot; sedangkan secara kuantitatif (RT-PCR) hampir semua organ menghasilkan positif VNN di 294 bp, kecuali insang dan usus. Hasil alligment data Genbank dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa VNN yang menginfeksi benih nila memiliki homolog yang tinggi dan hubungan kekerabatan yang dekat dengan genotip Redspotted grouper nervous necrocis virus (RGNNV).
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/639.377 4/PRI/d/2015/041505575 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Sugiantoro |
| Date Deposited: | 08 Sep 2015 15:15 |
| Last Modified: | 08 Sep 2015 15:15 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/159078 |
Actions (login required)
 |
View Item |