Kusuma, WahyuEndra (2009) Analisa Keragaman Genetik Tujuh Strain Ikan Nila (Oreochromis niloticus) dengan Menggunakan Marka Microsatellite DNA. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penurunan keragaman genetik pada kegiatan budidaya tidak dapat dihindari. Pada usaha budidaya ikan nila, laju penurunan keragaman genetik terjadi lebih cepat karena ikan nila memiliki sifat overbreed yaitu cepat matang gonad dan mudah kawin. Alternatif untuk mengatasi laju penurunan keragaman genetik budidaya ikan nila adalah melalui program pemuliaan dan perbaikan genetik. Karakterisasi genetik ikan nila sangat penting dilakukan untuk menunjang keberhasilan program tersebut. Karakteristik genetik yang diperlukan adalah derajat keragaman dan heterozigositas. Tujuh strain ikan nila; NIRWANA, JICA, Sukabumi Selected Family F3 (SELFAM), BEST, Nila Putih Umbulan, NIFI dan JATIMBULAN dianalisa dengan menggunakan empat lokus microsatellite DNA yaitu UNH147*, UNH172*, UNH216*, serta UNH222* . Selanjutnya, marka microsatellite DNA digunakan untuk menganalisa derajat keragaman dan heterozigositas dari strain NIRWANA yang telah dihasilkan dari program selective breeding, yaitu menggunakan metoda seleksi family. Populasi yang diamati adalah generasi ke-3 (F3) atau GGPS ( Great Grand Parent Stock ) atau INDUK PENJENIS, GPS ( Grand Parent Stok ) atau INDUK DASAR serta PS ( Parent Stock ) atau INDUK POKOK. Kisaran rerata jumlah alel dan heterozigositas adalah 3,00-7,75 dan 0,290-0,766. Uji keseimbangan Hardy-Weinberg menunjukkan keadaan homozigot yang berlebihan. Berdasarkan UPGMA Dendogram dari perhitungan jarak genetik, secara umum dibagi menjadi empat kelompok dengan jarak genetik terendah adalah antara 0,1467 (SELFAM-Nila Putih Umbulan) dan tertinggi adalah 0,6018 (NIRWANA-JATIMBULAN). Dari studi kasus pada strain NIRWANA populasi GGPS, GPS dan PS rerata jumlah alel dan heterozigositas beriksar antara 3,00-4,75 dan 0,438-0,563. Strain SELFAM dapat dipertimbangkan sebagai alternatif sumber keragaman genetik karena memiliki nilai heterozigositas tertinggi. Hibridisasi untuk menghasilkan keturunan unggul sangat mungkin dilakukan dengan melakukan perkawinan silang antara strain NIRWANA, JICA dan JATIMBULAN. Sedangkan pada strain NIRWANA populasi GGPS, GPS dan PS terjadinya penurunan keragaman genetik terjadi diduga karena rendahnya jumlah sampel yang digunakan pada penelitian kali ini (16 sampel). Tingginya nilai jarak genetik dimungkinkan karena program seleksi telah dilakukan dengan baik.
English Abstract
Decreasing of genetic variability in aquaculture cannot be avoided. In tilapia aquaculture, decreasing degree of genetic variability faster than o r aquaculture species because of its overbreed characteristic. refore proper breeding program to improve tilapia genetic should be carried out. Genetic characterization is very important to be done to support those programs. Genetic characterization has been conducted through measuring genetic variability and heterozigosity. Seven strains of tilapia; (NIRWANA (nila strain Wanayasa), JICA, nila Sukabumi F3 from selected family (SELFAM), BEST, Putih Umbulan, NIFI and also JATIMBULAN (Jawa Timur Umbulan) has been analyzed with four loci microsatellite DNA which is UNH147*, UNH172*, UNH216*, and UNH222*. Moreover, GGPS, GPS and PS of NIRWANA strains also have been monitored and characterize using those microsatellite loci. average number of allele and heterozigosity detected from 7 strains of tilapia were 3,000-7,750 and 0,290-0,766 respectively. Hardy-Weinberg Equilibrium test shows significant of homozigosity excess. Based on UPGMA dendogram, 7 strains of tilapia were divided by 4 clusters with lowest and highest value 0,1467 (SELFAM-Nila Putih Umbulan) and 0,6018 (NIRWANA-JATIMBULAN) respectively. From NIRWANA strain (GGPS, GPS and PS population) average number of allele and heterozigosity detected were 3,000-4,750 and 0,438-0,563 respectively. SELFAM strain can be considered as alternative candidate of genetic variation source because SELFAM has highest heterozigosity than o r strains. Hybrid offspring with superior characteristic could be produced from crossbreeding between JICA, NIRWANA and JATIMBULAN strain. While decreasing of genetic variability in NIRWANA strain GGPS, GPS and PS population was might because of lacking number of samples that used in this observation.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/639.377 4/KUS/a/041101830 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 19 May 2011 14:21 |
| Last Modified: | 19 May 2011 14:21 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/159077 |
Actions (login required)
 |
View Item |