Prihatin, KokoWisnu (2015) Analisis Genetik Kemampuan Reproduksi Sapi Madura Jantan Secara Kuantitatif Dan Molekuler Berdasarkan Gen SRY (Sex Determining Region Y Chromosome). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi reproduksi sapi Madura jantan penghasil semen beku secara kuantitatif dan molekuler berdasarkan polimorfisme gen SRY (Sex Determining Region Y Chromosome). Analisis kuantitatif dilakukan untuk mengetahui nilai ripitabilitas dan MPPA (Most Probable Producing Ability) volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa; pengaruh polimorfisme gen SRY terhadap nilai MPPA volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa serta jarak genetik antar sapi Madura jantan di Balai Besar Inseminasi Buatan Singosari. Pendugaan nilai ripitabilitas dan nilai MPPA dapat digunakan untuk mengetahui potensi genetik produksi semen sapi Madura dan faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap produksi semen, sementara polimorfisme gen SRY diharapkan dapat digunakan untuk mengetahui potensi produksi semen secara molekuler dan hubungan kekerabatan berdasarkan garis paternal. Luaran penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai masukan dalam peningkatan efisiensi produksi dan distribusi semen beku sapi Madura. Penelitian ini dilakukan dalam dua tahap analisis kuantitatif dan molekuler. Materi yang digunakan untuk analisis kuantitatif berupa data volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa dari 2275 penampungan semen sapi Madura sejak Januari 2012~Desember 2014 dalam pengaruh faktor lingkungan berupa umur, musim, interval penampungan semen dan frekuensi ejakulasi. Materi analisis molekuler berupa DNA dari sampel darah utuh 11 ekor sapi Madura jantan di BBIB Singosari yang diisolasi melalui metode kloroform isoamilalkohol. Analisis kuantitatif dilakukan untuk menduga nilai ripitabilitas dan MPPA volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa sapi Madura jantan dalam pengaruh faktor lingkungan umur, musim, interval penampungan semen dan frekuensi ejakulasi. Pengaruh faktor lingkungan diketahui melalui sidik ragam satu arah faktor lingkungan terhadap volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa sebagai peubah. Pendugaan nilai ripitabilitas dilakukan menggunakan metode korelasi dalam kelas (intraclass correlation) melalui analisis HGLM-REML (Hierarchical Generalized Linear Model-Restricted Maximum Likelihood) dengan random effect berupa pejantan dan fixed effect berupa faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap masing-masing peubah. Nilai ripitabilitas yang diperoleh, rata-rata produksi kelompok dan rata-rata produksi individu selanjutnya digunakan untuk menduga nilai MPPA. Analisis molekuler dilakukan untuk mengetahui polimorfisme gen SRY melalui metode PCR-RFLP dengan amplifikasi menggunakan primer SRY 4 dengan enzim restriksi HaeIII, EcorI dan HhaI yang dilanjutkan dengan ix electrophoresis pada gel agarose 2% untuk membentuk pola pita DNA. Pengaruh polimorfisme gen SRY terhadap nilai MPPA dilakukan melalui sidik ragam satu arah berdasarkan variasi pola pita DNA terhadap nilai MPPA volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa sedangkan Jarak genetik antar pejantan diukur melalui persamaan “Di” genetic distance. Hasil penelitian menunjukkan bahwa volume semen dipengaruhi oleh umur pejantan, jarak antar penampungan dan frekuensi ejakulasi per penampungan; konsentrasi semen dipengaruhi oleh umur, musim, dan frekuensi ejakulasi; sedangkan gerak individu spermatozoa dipengaruhi oleh umur dan frekuensi ejakulasi. Pendugaan nilai ripitabilitas volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa berturut-turut 0,375; 0,445; dan 0,576. Berdasarkan masing-masing nilai MPPA terdapat peringkat yang berlainan pada sapi Madura jantan sehingga peringkat pejantan ditentukan berdasarkan jumlah total spermatozoa motil. Hasil analisis molekuler tidak menunjukkan adanya polimorfisme pada gen SRY sapi Madura yang digunakan atau bersifat monomorphic dan jarak genetik antar sapi Madura jantan memiliki nilai 0. Dari hasil penelitian secara keseluruhan dapat disimpulkan bahwa 1) Nilai pendugaan ripitabilitas volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa sapi Madura jantan di BBIB Singosari tergolong sedang~tinggi. 2) Tidak terdapat hubungan polimorfisme gen SRY terhadap nilai MPPA volume semen, konsentrasi dan gerak individu spermatozoa sapi Madura jantan di BBIB Singosari. 3) Sapi Madura jantan di BBIB Singosari memiliki kemiripan genetik yang tinggi dan jarak genetik yang dekat berdasarkan polimorfisme gen SRY.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/636.208 2/PRI/a/2015/041506324 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry > 636.2 Cattle and related animals |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Teknologi Hasil Pertanian, Fakultas Teknologi Pertanian |
| Depositing User: | Endang Susworini |
| Date Deposited: | 18 Dec 2015 14:18 |
| Last Modified: | 18 Dec 2015 14:18 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/158993 |
Actions (login required)
 |
View Item |