Himmah, Karimatul (2015) Konstruksi Plasmid Rekombinan Pengkode Multi-Epitope Envelope Glycoprotein Virus Dengue. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Demam berdarah (dengue) merupakan penyakit yang diakibatkan oleh infeksi virus dengue. Penyakit demam berdarah menyerang hampir seluruh kawasan di dunia, termasuk di Indonesia. Persebaran demam berdarah dilaporkan terjadi pada seluruh provinsi di Indonesia dan dari tahun ke tahun mengalami peningkatan. Berbagai upaya telah dilakukan untuk mengatasi penyakit tersebut oleh karena itu diperlukan desain vaksin yang mampu mengenali keempat jenis serotype virus dengue. Telah diketahui enam belas multi-epitope yang berkesesuaian dengan Major Histological Complex (MHC) kelas I dan II sebagai kandidat pengembangan vaksin. Tujuan penelitian ini adalah menyeleksi multi-epitope yang berkesesuaian dengan empat serotype dan konstruksi plasmid rekombinan untuk mengekspresikan epitope pada bakteri inang. Epitope terpilih diseleksi melalui analisis bioinformatika didasarkan pada struktur 2D dan 3D. Diperoleh peptida terpilih yang terdiri dari HTALTGATEIQTSGT; HTALTGATEIQMSSG; ALTGATEIQNSGGTS; dan SALAGATEVDSGDGN yang berasal dari MHC kelas II, yang mewakili keempat serotype virus dengue. Peptida diterjemahkan menjadi oligonukleotida dan disintesis melalui Gene Script. oligonukleotida terinsersi pada plasmid pUC57 dengan ukuran 282 bp, dan akan digunakan untuk mengkonstruksi DNA rekombinan pada plasmid pSB1C3. Empat peptida yang didesain digabung menjadi polytope dengan linker (spacer) Hystidyl-tRNA syn tase pada plasmid pUC57. Panjang asam amino penyusun polytope adalah 68 asam amino. Tahapan kloning dilakukan secara in vitro pada E. coli DH5α. Kloning plasmid pUC57 dilakukan pada media LB mengandung 50 mg/ml ampicillin. Sedangkan kloning plasmid pSB1C3 dilakukan pada media LB mengandung 33 mg/ml chloramphenicol. Hasil kloning selanjutnya diisolasi DNA plasmidnya kemudian direstriksi menggunakan enzim restriksi SpeI dan PstI dan dielektroforesis pada gel agarose 2% dan 0,8%. Sekuens polytope atau gen insert berukuran 282 bp berasal dari plasmid pUC57 diligasi pada plasmid vektor pSB1C3 (2270 bp) untuk menghasilkan plasmid rekombinan, dengan menggunakan enzim T4 DNA ligase. Hasil ligasi selanjutnya ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/616.079 5/HIM/k/2015/041507449 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Biologi, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endang Susworini |
| Date Deposited: | 13 Oct 2015 13:46 |
| Last Modified: | 13 Oct 2015 13:46 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/158257 |
Actions (login required)
 |
View Item |