Sari, NilaKartika (2013) Profil DNA Fingerprinting Pada Etnis Jawa – Arab di Kota Malang, Jawa Timur, Indonesia. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Indonesia sebagai negara kepulauan, pembauran antara orang Pribumi dengan orang Arab melalui perkawinan, telah dilakukan sejak sebelum Belanda datang ke Indonesia. Individu yang telah dibesarkan dalam budaya Jawa, akan melihat dirinya sebagai orang Jawa, bukan sebagai orang Arab, sehingga ikatan primordial mereka bukan kesamaan keturunan dari Arab, tetapi justru dari Jawa meskipun mereka memiliki garis keturunan Arab. Penjelasan tersebut menjadi menarik karena meskipun secara budaya terjadinya percampuran etnis Arab – Jawa telah menghilangkan ciri fenotip Arab namun secara genetik hal ini dapat dimanfaatkan untuk kajian penelitian dalam bidang forensik. Di Kota Malang, yang berada dalam wilayah Jawa Timur, sama halnya dengan budaya di Jawa pada umumnya telah terjadi pembauran antara orang- orang pribumi dengan orang-orang Arab melalui perkawinan ( outbreeding ). Penelitian ini bertujuan untuk Mengidentifikasi variasi genetik (similaritas dan variabilitas) pada etnis campuran Jawa – Arab serta mengidentifikasi haplotype dan tes paternitas pada masing-masing keluarga etnis campuran Arab-Jawa di Sukun Kota Malang berdasarkan 13 CODIS (Primer TPOX, CSF1PO, THO1, VWA, FGA, D13S317, D16S539, D21S11, D3S1358, D18S51, D5S818, D7S820 dan D8S1179). Penelitian ini menggunakan sampel sel darah putih dari tiga keluarga yang pada masing-masing keluarga terdiri dari tiga generasi :(1) nenek–ayah,ibu–anak perempuan, (2) kakek, ayah, ibu–anak perempuan, (3) kakek, nenek–ayah,ibu–anak laki-laki. Sampel DNA darah diisolasi dengan menggunakan metode salting out , kemudian dilakukan amplifikasi PCR dengan menggunakan 13 CODIS dan amelogenin untuk penentuan jenis kelamin, yang divisualisasi oleh gel poliakrilamid 8%. Untuk mengukur pola pita, menggunakan software Quantity One dan dikomparasi dengan rentang alel (Butler, 2007). Variasi pola pita DNA dianalisis dengan menggunakan program software GENEPOP versi 4.2 yang akan didapat frekuensi alel, heterozigositas, dan migrasi alel . Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Sentral Ilmu Hayati (LSIH) Universitas Brawijaya Malang pada bulan Februari 2012 hingga Juni 2013. Berdasarkan hasil identifikasi, terdapat dominasi variabilitas genetik dan alel heterozigot yang diturunkan dari generasi pertama ke generasi berikutnya. Berdasarkan hasil analisis dengan program GENEPOP Ver. 4.2 rata-rata nilai heterozigositas, populasi III (93.8461%) memiliki nilai heterozigositas lebih tinggi dibandingkan dengan populasi I (88.4615%) dan II (76.9230%) serta migrasi alel sebesar 0.341373%. Adanya persentase migrasi alel tersebut meskipun kecil menunjukkan telah terjadi Breeding diantara populasi Jawa dengan populasi Arab sehingga meningkatkan rata-rata nilai heterozigositas pada tiap populasi. Kesimpulan dari hasil penelitian ini, pernikahan pada keluarga dengan perbedaan etnis pada masing-masing individu telah teruji meningkatkan variabilitas genetik dan pola alel heterozigot dengan berdasarkan nilai heterozigositas, jumlah alel pada D21S11, VWA dan THO1 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekular untuk identifikasi variasi genetik serta uji paternitas pada tiap keluarga dominan menunjukkan kriteria inklusi.
English Abstract
In Indonesia, the intermingling between the indigenous people with the Arabs origin through marriage happened before the Dutch colonial era In Java Island the assimilation between Javanese ethnic and Arab frequently occurred. They leave their Arabian identity, and have Javanese name, Javanese clothes, Javanese manners, Javanese customs and Javanese kinship systems from the previous generation parents and Javanese language as well. Those individuals, who have been raised in Javanese culture, will see himself as Javanese instead of Arab identities. In Malang City, which is located in East Java, as well as in Javanese culture in general there has been a blending of indigenous people by the Arabs through marriage (outbreeding). The purpose of this study is to identify similarity and variability, and their allele patterns for paternity testing in the family of Javanese married with Arab based on 13 CODIS (Primary TPOX, CSF1PO, THO1, VWA, FGA, D13S317, D16S539, D21S11, D3S1358, D18S51, D5S818, D7S820 and D8S1179). This study used used human white blood cell from three generations of three families, consists of: (1) grandmother-mother, father-daughter, (2) grandfather-mother, father-daughter, (3) grandfather, grandmother – mother, father-son. DNA blood samples were isolated by salting out standard procedure, and amplified by PCR with applying 13 CODIS and amelogenin for sex determination. The Fingerprint profile was visualized by 8% polyacrylamide gel and took the picture by ChemiDoc gel Imaging and measure the intensity band pattern by Quantity One software . Variations in the pattern of DNA bands were analyzed using the program GENEPOP software package version 4.2 that will be obtained allele frequencies, heterozygosity, and allele migration. Based on identification, this result showed that the genetic variability and heterozygote allele increasing by using the 13 CODIS markers from the first generation to the next generation with paternity testing from each family were matched. Based on the results of the analysis with the program GENEPOP Ver. 4.2 average heterozygosity values, population III (93.8461%) have higher heterozygosity values compared with the population I (88.4615%) and II (76.9230%) and migration of alleles 0.341373%. The percentage of the migration though minor allele had occurred Breeding populations between Java to the Arab population thereby increasing the average value of heterozygosity in each population. The conclusion of this study, Marriage in the family with ethnic differences on each - each individual has proven increase genetic variability and patterns of heterozygous alleles with values based on heterozygosity, number of alleles at D21S11, VWA and THO1 can be recommended as a molecular marker for the identification of genetic variation and paternity tests at each dominant family shows the inclusion criteria.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/599.945/SAR/p/041309015 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 599 Mammalia (Mammals) > 599.9 Homo sapiens (Humans) |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Biologi, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 06 Feb 2014 14:36 |
| Last Modified: | 06 Feb 2014 14:36 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157902 |
Actions (login required)
 |
View Item |