Sinansari, Shofihar (2010) Diagnosa Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan Kerapu Bebek (Cromileptes altivelis) dengan Teknik Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Betanidavirus merupakan agen penyebab Viral Nervous Necrosis (VNN) pada budidaya laut dan termasuk dalam family Nodaviriidae. Agen penyebab VNN tersebut mempunyai bentuk non-enveloped, icosahedral, diameter RNA virus sekitar 25 ± 34 nm. Loop mediated Isothermal Amplification (LAMP merupakan metode yang dapat mendiagnosis keberadaan target DNA. LAMP dapat diaplikasikan untuk deteksi virus pada budidaya ikan kerapu. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi Viral Nervous Necrosis (VNN) menggunakan metode loop-mediated isotermal amplification (LAMP) dan mengetahui tingkat sensitifitas LAMP dibandingkan dengan PCR. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen yang dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Perikanan, Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada. Pada penelitian ini menggunakan dua outer primer dan dua inner primer yang didesign dengan software dari Eiken website (http://loopamp.eiken.co.jp/lamp/principle.html). Sampel yang digunakan berasal dari Lampung dan Jepada yang terinfeksi VNN dan sampel yang digunakan untuk optimasi berasal dari VNN rekombinan hasil penelitian sebelumnya. Sampel ikan diambil matanya dan diekstraksi dengan metode Isogen. RNA digunakan untuk diagnosis VNN dengan LAMP dan RT-PCR. Konsentrasi template yang digunakan sebesar 0.5 μL, 1 μL, 1,5 μL, dan 2 μL). dan konsentrasi betaine (1 M; 1,6 M; dan 2 M) untuk optimasi deteksi VNN pada suhu 65 °C selama 90 menit. Masing-masing data dianalisis secara deskripsi dan buat perbandingan antara LAMP dan PCR. Kemampuan teknik LAMP dapat mendeteksi RNA VNN sebesar 10 -6 dan lebih sensitive daripada RT-PCR. Teknik LAMP merupakan teknk yang cepat, sensitif, spesifik, dan efisien untuk deteksi VNN pada ikan kerapu.
English Abstract
Betanodaviruses, the causal agents of viral nervous necrosis in marine fish, within the family Nodaviridae.The causative agents are non-enveloped, icosahedral, RNA viruses with diameters in the range of 25 ± 34 nm. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method is a sensitive nucleic acid diagnostic method that can amplify rapidly a target template. It can be applied for the diagnosis of viral disease in grouper aquaculture. The purpose of this study was to know the detection of Viral Nervous Necrosis (VNN) with l oop-mediated isotermal amplification (LAMP) method and was to know of sensitivity LAMP compared with polymerase chain reaction (PCR) on Viral nervous necrosis (VNN) detection. This research was conducted experiments in Laboratoria Fisheries Microbiology, Departement of Fisheries, Agricultural Faculty, Gadjah Mada University. In this study, two outer and two inner primers were designed from nervous necrosis virus (NNV) with software Eiken website (http://loopamp.eiken.co.jp/lamp/principle.html). The grouper fishes from Lampung and Jepara which VNN suspected were used as samples and VNN recombinan uses as optimized samples. Eyes of fish samples were extracted their RNA with Isogen Method. RNAs were used for diagnosis with LAMP and RT-PCR. The concentration template (0.5 μL, 1 μL, 1,5 μL, dan 2 μL). and betaine (1 M; 1,6 M; dan 2 M) for the detection of NNV were optimized at 65 °C for 90 min. Each data is analyzed descriptively and make a comparative. The detection limit of LAMP is 10 -6 NNV-RNA from infected groupers, and more sensitive than the RT-PCR. Thus, the LAMP is a rapid, sensitive, specific and efficient method for detection of NNV in groupers.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/597.736/SIN/d/041302612 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.7 Perciformes |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 11 Jun 2013 12:08 |
| Last Modified: | 11 Jun 2013 12:08 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157889 |
Actions (login required)
 |
View Item |