Variasi Genetik Ikan Kakap merah (Lutjanus erythropterus) Sebagai Potensi Induk

Widyawati, Yuni (2017) Variasi Genetik Ikan Kakap merah (Lutjanus erythropterus) Sebagai Potensi Induk. Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Guna menunjang pelaksanaan perbaikan mutu genetik ikan kakap merah, maka informasi karakteristik genetik induk dan calon induk ikan kakap merah sangat diperlukan untuk mengetahui karakter dan tingkat variasi genetiknya, sehingga dapat mengurangi tingkat inbreeding pada turunan berikutnya. Peranan variasi genetik dalam budidaya yaitu sebagai indikator dalam menentukan stok unggul untuk seleksi dan hibridasi yang menguntungkan dalam sistem budidaya. Metode pengukuran variasi genetik yang digunakan yaitu DNA barcoding dengan marka mitokondria COI. DNA barcoding merupakan suatu metode dalam taksonomi molecular dengan menggunakan urutan DNA pendek untuk mengidentifikasi suatu spesies. Tujuan dari penelitian ini yaitu; (1) Mengetahui dan menganalisis variasi DNA ikan kakap merah yang diambil dari 2 lokasi yang berbeda, (2) Mengkonfirmasi dan membuat gambaran hubungan kekerabatan dengan hasil identifikasi genetika molecular pada sampel ikan kakap merah. Manfaat dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi dasar tentang variasi genetik dan hubungan kekerabatan pada ikan kakap merah (Lutjanus erythropterus) yang diambil dari 2 lokasi yang dapat digunakan sebagai potensi induk budidaya ikan kakap merah yang kedepannya bisa menjadi informasi bagi program kawin silang. Data penelitian dianalisis pada daerah sekuens DNA menggunakan software MEGA 5.2 (The Molecular Evalitionary Genetic Analysis). Pada software ini dilakukan proses pengeditan dan pensejajaran (alignment) DNA untuk mendapatkan sekuens gabungan terbaik dan mempermudah identifikasi dengan sekuen DNA yang ada pada genbank (http://ncbi.nlm.nih.gov) dengan menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Analisis keragaman genetik dari setiap sekuen dihitung untuk melihat persentase dari setiap haplotipe, keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (π) menggunakan software DnaSP 5.10. Analisis jarak genetik dan filogenetik dilakukan dengan melibatkan seluruh sampel ikan kakap merah menggunakan metode neighbor joining. Ikan untuk penelitian dikoleksi dari 2 fishing base yaitu PPN Brondong dan PPN Prigi. Hasil penelitian dari 10 ikan sampel terkonfirmasi sebagai spesies Lutjanus erythropterus dan dari pengukuran meristik dari semua ikan sampel pada sirip dorsal terdapat sebelas (XI) duri keras dan 13-15 jari-jari lunak, pada sirip anal terdapat tiga (III) duri keras dan 8-10 jari-jari lunak. Variasi DNA ikan kakap menunjukkan bahwa panjang sekuen yaitu 655-690 bp, nilai keragaman haplotipe (hd) yaitu 0.700, nilai keragaman nukleotida (π) adalah untuk lokasi Brondong 0,00209 dan lokasi Prigi 0,00507. Nilai Fst yang diperoleh dari hasil peneltian adalah 0,05 dan nilai ini termasuk dalam kategori kecil.

Item Type:	Thesis (Magister)
Identification Number:	TES/597.72/WID/v/2017/041702277
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.7 Perciformes
Divisions:	S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Depositing User:	Budi Wahyono Wahyono
Date Deposited:	29 May 2017 11:24
Last Modified:	31 Mar 2022 08:31
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157883

Text Yuni Widyawati.pdf Download (4MB)

Actions (login required)

View Item