Yamindago, Ade (2012) Molecular Phylogeny of Crab Species Collected from Samaesarn Islands, Thailand: An Emphasis on Family Xanthidae Alcock, 1898 Sensu Sakai (1976) (Decapoda: Brachyura). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Baru-baru ini, keluarga Xanthidae Alcock, 1898 Sensu Sakai (1976) telah direvisi menjadi 16 keluarga dan delapan superfamili berdasarkan morfologi. Studi ini meneliti hubungan filogenetik di antara lima dari delapan superfamili yang direvisi dan 12 dari 16 keluarga yang direvisi (11 spesies dari Kepulauan Samaesarn dan 42 spesies dari Genbank) masing-masing menggunakan urutan parsial RDNA dan RDNA (529 dan 761 dan 761 dan 761 dan 761 BP). Urutan 16S RDNA lebih informatif daripada urutan RDNA 18S. Berdasarkan urutan RDNA Mitokondria 16S, setidaknya satu dari tiga analisis filogenetik (kemungkinan maksimum, ML. bergabung dengan tetangga, NJ. dan Inferensi Bayesian, BI) mengungkapkan hubungan monofiletik dalam 31 genera, tetapi tidak dapat menyelesaikan hubungan di Medaeus, menipe, Eurypanopeus dan pilumnus. Pada tingkat keluarga, analisis filogenetik mengungkapkan pangkalan enam (BI) hingga sepuluh (ML) di antara semua taksa yang diperiksa termasuk sampel SamaSarn, urutan genbank dan outgroup (grapsidae keluarga). Clade biasanya berkorespondensi dengan satu hingga tiga keluarga. Clade dengan lebih dari satu keluarga termasuk (1) Galenidae dan Pilumnidae, dan (2) Xanthidae, Panopeidae dan Pseudorhombilidae. Selain itu, Analisis NJ dan BI menggabungkan beberapa keluarga dalam satu clade untuk membentuk lebih sedikit clade, menipdadae dan carpiliidae (NJ) dan Xanthidae, Panopeidae, Pseudorhombilidae, Eriphiidae, dan Tetraliidae (BI). Semua analisis menyarankan agar spesies kepiting Xanthid lebih erat terkait satu sama lain daripada ke outgroup (Greupy Grapsidae). Sebagian besar keluarga yang diperiksa adalah monofiletik, kecuali untuk cluster pilumnidae-galenidae (para dan polyphyly), dan klaster xanthidae-panopeidae-pseudorhombilidae (para dan polifyly, ml dan nj). Di tingkat superfamily, pilumnoidea, xanthoidea dan carpilioidea adalah monofiletik, sedangkan eriphioidea dan trapesioidea adalah polifiklik. Penanda yang digunakan dalam penelitian ini tidak dapat mengungkapkan hubungan di antara sebagian besar superfamili. Selain kemampuannya untuk menyimpulkan filogeni, 507 bp fragement urut RDNA 16S ini dapat dengan jelas membedakan spesies dengan morfologi serupa (mis. Metopograpsus spp.). Hasil dari penelitian ini dapat memberikan wawasan berharga untuk revisi taksonomi di masa depan dari kelompok taksonomi ini dan untuk melengkapi penggunaan barcoding DNA untuk krustasea.
English Abstract
Recently, Family Xanthidae Alcock, 1898 sensu Sakai (1976) has been revised into 16 families and eight superfamilies based on morphology. This study examined phylogenetic relationships among five of eight revised superfamilies and 12 of 16 revised families (11 species from Samaesarn Islands and 42 species from the GenBank) using partial sequences of 16S rDNA and 18S rDNA (529 and 761 bp, respectively). The 16S rDNA sequences were more informative than 18S rDNA sequences. Based on mitochondrial 16S rDNA sequences, at least one of the three phylogenetic analyses (Maximum likelihood, ML; Neighbor-Joining, NJ; and Bayesian Inference, BI) revealed monophyletic relationships within 31 genera, but could not resolve relationships within Medaeus , Menippe , Eurypanopeus and Pilumnus . At the family level, phylogenetic analyses revealed six (BI) to ten (ML) clades among all taxa examined including Samaesarn samples, GenBank sequences and an outgroup (Family Grapsidae). A clade typically corresponded to one to three families. Clades with more than one family included (1) Galenidae and Pilumnidae, and (2) Xanthidae, Panopeidae and Pseudorhombilidae. In addition, NJ analysis and BI combined some families in a single clade to form fewer numbers of clades, Menippidae and Carpiliidae (NJ) and Xanthidae, Panopeidae, Pseudorhombilidae, Eriphiidae, Oziidae, Trapeziidae, and Tetraliidae (BI). All analyses suggested that Xanthid crab species were more closely related to each other than to the outgroup (family Grapsidae). Most families examined were monophyletic, except for the Pilumnidae-Galenidae cluster (para and polyphyly), and the Xanthidae-Panopeidae-Pseudorhombilidae cluster (para and polyphyly, ML and NJ). At the superfamily level, Pilumnoidea, Xanthoidea and Carpilioidea were monophyletic, whereas Eriphioidea and Trapezioidea were polyphyletic. The markers used in this study could not reveal the relationships among most superfamilies. In addition to its ability to infer phylogeny, this 507 bp fragement of 16S rDNA sequences could clearly differentiate species with similar morphology (e.g. Metopograpsus spp.). The results from this study could provide valuable insights for future taxonomic revisions of this taxonomic group and to complement the use of DNA barcoding for crustacean.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/595.386/YAM/m/041302638 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 595 Arthropoda > 595.3 Crustacea |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 30 May 2013 10:55 |
| Last Modified: | 30 May 2013 10:55 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157848 |
Actions (login required)
 |
View Item |