Silahooy, VeinceBenjamin (2013) Distribusi Spasial dan Keragaman Genetik Bulu Babi (Tripneustes gratilla) Berdasarkan Sekuen Gen COI di Pulau Ambon. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui distribusi spasial dan keragaman genetik dari bulubabi ( Tripneustes gratilla ) di Pulau Ambon berdasarkan gen cytochrome c oxidase subunit 1. Analisis sebaran spasial dilakukan dengan bantuan software Quantum v1.7.1 . Analisis keragaman genetik dilakukan dalam beberapa proses yaitu alligment hasil sekuensing gen COI menggunakan software AB Sequence scanner 1.0 . Selanjutnya pohon filogenetik dirancang menggunakan software MEGA ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ) 5.2 . Analisis haplotype dibuat dengan bantuan software DNASP (DNA sequence polymorphism ) 5.10 , dan haplotype network dibuat menggunakan software Network 4.6. Panjang gen COI yang berhasil teramplifikasi adalah ± 600 bp ( base pair ). Hasil rekontruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa keseluruhan sampel tidak terkelompok sesuai dengan letak geografisnya. Sebagai pembanding dalam penelitian ini digunakan sekuen gen COI dari Tripneustes gratilla yang diperoleh dari Genbank NCBI ( National Center for Biotechnology Information ). Terdapat 11 haplotype dimana 2 haplotype berhomolog dengan penelitian dari Lessios, sedangkan 9 haplotype yang lain diduga merupakan haplotype baru. Nilai similaritas sekuen gen COI dari T. gratilla di pulau Ambon berada dikisaran 98,7 sampai 100%. Tingginya angka similaritas menunjukkan rendahnya keragaman genetik T. gratilla di Pulau Ambon. Oleh karena itu hasil penelitian ini juga menjelaskan hubungan kekerabatan yang dekat antara individu T. gratilla di Pulau Ambon. Rendahnya keragaman genetik bisa disebabkan karena Inbreeding dan Genetic drift yang dapat meningkatkan ekspresi dari gen resesif pada suatu populasi sehingga individu menjadi rentan terhadap penyakit dan dikhawatirkan akan mengarah pada kepunahan. Oleh sebab itu perlu dilakukan pencegahan agar T. gratilla di Pulau Ambon tidak mengalami kepunahan. Salah satu cara yang dapat dilakukan adalah dengan melakukan introduksi T. gratilla dari wilayah lain ke pulau Ambon. Tetapi dalam melakukan introduksi perlu dipertimbangkan aspek molekuler sehingga pada akhirnya diharapkan dapat meningkatkan keragaman genetik dari T. gratilla yang ada di Pulau Ambon. Selain pertimbangan genetik, aspek penting lain yang perlu diperhatikan dalam konservasi T. gratilla adalah pelestarian substrat terutama ketersediaan dari padang lamun, alga, dan terumbu karang bagi T. gratilla .
English Abstract
This study aims to determine the spatial distribution and genetic diversity of Tripneustes gratilla in Ambon island based on cytochrome c oxidase subunit I gene. Spatial distribution analysis will be performed with software Quantum v1.7.1. Analysis of genetic diversity is performed in several processes, alignment of the COI gene sequencing results using ABI Sequence scanner software 1.0. Furthermore phylogenetic tree designed using MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 5.2 software. haplotype analysis created with DNASP (DNA sequence polymorphism) 5.10 software, and haplotype network created using Network 4.6 software. Length of the COI gene amplification was successful in ± 600 bp (base pair). Phylogenetic tree reconstructions indicate that the overall sample is not grouped according to geographical location. For comparison in this study used the COI gene sequences of T. gratilla obtained from Genbank NCBI (National Center for Biotechnology Information). There were 11 haplotypes in which 2 haplotype homologous with the Lessios research, while 9 others haplotype is a new haplotype alleged. COI gene sequence similarity values of T. gratilla on Ambon island is around 98.7 to 100%. The high value of similarity showed low genetic diversity of T. gratilla on Ambon island. Therefore, the results of this study also describes the close genetic relationship between T. gratilla on Ambon island. The low genetic diversity could be caused by Inbreeding, and Genetic drift that can increase the expression of recessive genes in a population so that individuals become susceptible to disease and fear it would lead to extinction. Therefore it is necessary for prevention so T. gratilla on Ambon Island is not extinct. One way to do is to do a introduction of T. gratilla from other regions to the Ambon island. But in doing introduction, molecular aspects need to be considered so that eventually expected to increase the genetic diversity of T. gratilla in Ambon island. Besides genetic considerations, another important aspect to be considered in conservation T. gratilla is the preservation of the substrate, especially the availability of seagrass, algae, and coral reefs for T. gratilla .
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/593.95/SIL/d/041307554 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 593 Miscellaneous marine and seashore invertebrates > 593.9 Echinodermata and Hemichordata |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Biologi, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 06 Oct 2013 11:03 |
| Last Modified: | 06 Oct 2013 11:03 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157845 |
Actions (login required)
 |
View Item |