Priyanti, NovieAry (2013) Analisis Clustering Varian Amorphophallus muelleri Blume yang Tumbuh di Jawa Timur Berdasarkan Marka PCR-RFLP Gen CSLA Pengkode Mannan Synthase. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ciri morfologi, kandungan glukomanan, dan analisis clustering varian porang yang berasal dari beberapa daerah, yaitu Blitar, Madiun, Nganjuk dan Jember berdasarkan sekuen gen pengkode glukomanannya gen CslA. Ciri morfologi tanaman porang yang di dapat dari keempat daerah tersebut menunjukkan adanya variasi. Hal tersebut terlihat dari perbedaan corak tangkai daunnya. Berdasarkan perbedaan corak tangkai daun pada tanaman porang yang diamati dapat dikelompokkan menjadi tiga kelompok, yaitu (1) bertangkai daun hijau dan bercorak prismatik besar yang dimiliki oleh varian porang yang berasal dari Blitar I, Jember I, dan Madiun I, (2) bertangkai daun hijau dan bercorak prismatik kecil yang dimiliki oleh varian porang dari daerah Blitar 2, Madiun 2, dan Nganjuk I, dan kelompok (3) bertangkai daun hijau dan tangkai daun bercorak prismatik besar bergaris yang dimiliki varian dari Jember 2 dan Nganjuk 2. Berdasarkan analisis kandungan glukomanan didapatkan hasil bahwa kandungan glukomanan tertinggi dimiliki oleh varian porang yang berasal dari daerah Blitar 2 yaitu sebesar 5,47 %, dan kandungan glukomanan terendah dimiliki oleh varian porang yang berasal dari Madiun 2 yaitu sebesar 0,23 %. Perbedaan kandungan glukomanan dari berbagai varian porang yang diamati ini terjadi karena adanya perbedaan umur panen tanaman porang yang diamati. Amplifikasi menggunakan primer AkCSLA1288R dan AkCSLA680F memperlihatkan bahwa amplikon terletak pada ukuran 300 bp. Analisis selanjutnya menggunanakan teknik RFLP dengan enzim restriksi HaeIII memperlihatkan pita hasil pemotongan yang bersifat monomorfik karena semua isolat porang yang diuji menghasilkan potongan pita pada ukuran yang sama yaitu pada ukuran 1000 bp dan 2000 bp, dan polimorfik karena hanya sampel tertentu yang menghasilkan pita pada ukuran-ukuran tertentu. Terdapat delapan pita yang bersifat polimorfis, yaitu pita yang terletak pada 100 bp, 150 bp, 170 bp, 190 bp, 200 bp, 250 bp, 350 bp, dan 400 bp. Hal ini menunjukkan bahwa teknik PCR-RFLP yang dilakukan pada sekuen gen CslA pengkode glukomanan menggunakan primer AkCSLA1288R dan AkCSLA680F dan enzim restriksi HaeIII dapat menunjukkan keragaman genetik pada varian porang yang diuji. Hasil analisis clustering menggunakan dendogram hubungan kekerabatan dapat dibagi menjadi 3 kelompok. Kelompok I tersiri dari 3 varian porang, yaitu Jember 1, Blitar 1, dan Madiun 1.kelompok II terdiri dari 3 varian porang yaitu Jember 2, Nganjuk 2, dan Nganjuk 1. Kelompok III hanya terdiri dari 1 varian porang saja yaitu Blitar 2. Pengelompokan berdasarkan analisis ciri genetik ini sejalan dengan karakteristik morfologinya. Pada kelompok yang memiliki jarak genetik terdekat di kelompok I memiliki ciri morfologi corak tangkai daun berbentuk prismatik besar dan warna daging umbi oranye kekuningan. Pada varian yang memiliki jarak genetik terdekat kedua yaitu Jember 2 dan Nganjuk 2 memiliki ciri morfologi corak tangkai daun berbentuk prismatik dan daging umbi berwarna oranye.
English Abstract
The aims of this study to determine the morphological characteristics, the content of glucomannan, and clustering analysis porang variants derived from several areas, Blitar, Madiun, Jember, and Nganjuk based on CslA sequence gene that encode glucomannan. Porang morphological features of plants obtained from four regions showed variation. It is seen from the stalk leaves pattern differences. Based on the differences in style petiole pattern of porang observed in plants can be classified into three groups, (1) green leaves and large prismatic patterned owned by porang variants derived from Blitar I, Jember I, and Madiun I, (2) green leaves and green and small prismatic pattern from Blitar 2, Madiun 2, and Nganjuk I, and group (3) green leaf and stripes and large prismatic pattern from Jember 2 and Nganjuk 2. Based on the analysis of the content of glucomannan showed that the highest content of glucomannan owned by porang variants derived from Blitar region 2 is 5.47%, and the lowest content of glucomannan is porang variants derived from Madiun 2 is 0.23%. Differences in the content of glucomannan porang variants observed is due to differences in crop harvesting porang observed. Amplification using AkCSLA1288R and AkCSLA680F priers showed that amplicon is in the 300 bp. Molecular analysis using RFLP marker with restriction enzyme HaeIII showed that ribbon cutting results are monomorphic, for all isolates tested porang produce band at the same size at 1000 bp and 2000 bp, and polymorphic because only certain samples that produce the band on the certain size. There are eight bands that are polymorphic, the bands located at 100 bp, 150 bp, 170 bp, 190 bp, 200 bp, 250 bp, 350 bp, and 400 bp. This indicates that the PCR-RFLP technique performed on the CSLA encode glucomannan using AkCSLA1288R and AkCSLA680F primer and HaeIII restriction enzyme can indicate genetic diversity in porang variants tested. Results of analysis using clustering dendogram kinship can be divided into 3 groups. Group I porang tersiri of 3 variants, Jember I, Blitar 1, and Madiun 1. Group II consists of 3 variants Jember porang 2, Nganjuk 2, and Nganjuk 1. Group III consists of only one variant that is Blitar 2. Grouping based on the analysis of genetic traits is consistent with the morphologic characteristics. In the group with closest genetic distance in group I had a morphological pattern of the prismatic-shaped petiole and tuber flesh color yellowish orange. In the variant that has the closest genetic distance of both the Nganjuk 2 and Jember 2 has a characteristic morphological pattern prismatic shaped petiole and tuber flesh is orange.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/584.64/PRI/a/041308973 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 584 Liliopsida (Monocotyledons) > 584.6 Cyclanthales, Arales, Pandanales, Typhales |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 06 Feb 2014 17:09 |
| Last Modified: | 06 Feb 2014 17:09 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157819 |
Actions (login required)
 |
View Item |