Wibowo, Syahputra (2017) Analisis Dinamika Molekuler Kompleks Scavenger AOC ( Aspirin- Ovalbumin-Caffeine ) Pada Variasi pH Asam. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kestabilan kompleks protein scavenger AOC (Aspirin-Ovalbumin-Caffeine) dipengaruhi oleh pH. Datamining dilakukan untuk mendapatkan 1OVA (ovalbumin) dan caffeine (ID 2519) serta aspirin (ID 2244). Preparasi data menggunakan PyRx dan Discovery Studio 2016 Client. Docking menggunakan PatchDock, sedangkan refinement menggunakan FireDock. Analisis interaksi reseptor-ligan menggunakan LigPlus dan Discovery Studio 2016 Client. Simulasi dinamika molekuler menggunakan YASARA dengan waktu running 4000 ps. Hasil analisis nilai energi potensial dari kompleks AOC menunjukkan kestabilan pada pH 1,5 , 2 dan 2,5 sedangkan pH 1 mengalami fluktuasi pada 2125 ps. Nilai energi ikat ligan menunjukkan motif yang sama dengan perbedaan pada pH 1. Korelasi antara energi potensial dan energi ikat ligan dengan motif sama menunjukkan terdapatnya perubahan konformasi protein ketika ligan berada pada situs penambatan di reseptor protein. RMSD serta RMSF residu yang terukur menunjukkan terjadinya perenggangan ikatan ligan dan residu reseptor dari 0 ps hingga 4000 ps, akan tetapi tidak terdapat pelepasan ligan selama simulasi pada tahap inisiasi awal hingga akhir. Hasil dari visualisasi movie menunjukkan kondisi kestabilan pada kompleks AOC di pH 2 yaitu tidak terdapatnya perubahan struktur konformasi protein secara signifikan dan ligan masih terikat pada reseptor. Hasil dari analisa keseluruhan menunjukkan bahwa kompleks AOC lebih stabil pada pH 2 dibandingkan dengan variasi pH lainnya.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2017/32/051700964 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 07 Feb 2017 10:53 |
| Last Modified: | 28 Mar 2022 03:33 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/155284 |
Preview |
Text
SYAHPUTRA WIBOWO.pdf Download (3MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |