Nashrulloh, MaulanaMalik (2016) Pengembangan Phylogeorec 1.0 : Plugin Qgis Untuk Rekonstruksi Filogeografi Dengan Studi Kasus Filogeografi Limnonectes Di Sulawesi. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Filogeografi adalah studi yang mempelajari sejarah tentang terbentuknya suatu spesies dengan menganalisis sebaran atau distribusi geografis dari genealogical linkage dari spesies yang bersangkutan. Rekonstruksi filogeografi adalah sebuah langkah yang harus dilakukan untuk dapat memperkirakan bagaimana spesies itu berasal dan penyebarannya di suatu daerah. Seiring dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, berbagai macam aplikasi untuk keperluan rekonstruksi filogeografi mulai dikembangkan. Di sisi lain, penggunaan aplikasi Geographical Information System (GIS) yang bersifat free dan open sourceuntuk mengolah data - data informasi geografis seperti QGIS, potensinya belum dimanfaatkan dengan baik untuk kepentingan rekonstruksi filogeografi. Penelitian ini dilakukan untuk membuat plugin QGIS yang dapat memungkinkan pengguna membuat rekonstruksi filogeografi di QGIS. Plugin PhyloGeoRec ditulis menggunakan Bahasa Pemrograman Python. Plugin dapat menerima input berupa file pohon filogenetik dengan format Newick dan tabel relasional yang berisi informasi taksa dan koordinat titik sampling dengan format CSV. Model rekonstruksi filogeografi dibangun dengan memanfaatkan informasi dari kedua file tersebut dan disimpan dengan menggunakan format KML. Model yang dihasilkan dapat diamati, dianalisis, dan divisualisasi secara 2D menggunakan workspace QGIS dan secara 3D menggunakan engine Qgis2threejs. Untuk studi ini, sebagai model yang akan digunakan adalah Limnonectes di Sulawesi. Dari hasil rekonstruksi filogeografi yang didapat, diperoleh informasi adanya dua lineage genetik Limnonectes yang tersebar di Sulawesi dan hubungannya dengan collecting localities-- nya. Dari model ini juga dapat disintesis hipotesis pola distribusi dan penyebaran genetic linkage dari Limnonectes di Sulawesi, namun hipotesis ini masih harus diuji lebih lanjut.
English Abstract
Phylogeography is the study of the history of the formation of a species by analyzing the distribution or the geographic distribution of genealogical linkage of the concerned species. Phylogeography reconstruction is a step that must be done to predict how species originated and distributed in specific area. Along with the advance of science and technology, a wide variety of applications for phylogeography reconstruction purposes have been developed. On the other hand, the use of free and open source Geographical Information System (GIS) application to process geographic information data like QGIS, its potential has not been yet used optimally for phylogeography reconstruction purpose. This research has been performed to create a plugin for QGIS which allowed the users to create a phyllogeography reconstruction in QGIS. PluginPhyloGeoRec 1.0 is written in Python Programming Language. Plugin can accept phylogenetic tree file in Newick Format dan Relational Table which contain taxa information and sampling point coordinates in CSV Format. The phylogeography reconstruction model created by using informations from the both files and saved in KML format. The resulted model could be observed, analyzed, and visualized in 2D using QGIS workspace and in 3D using QGIS2threejs engine or Google Earth. For this study, Limnonectes originated from Sulawesi will be used as model. From the phylogeography reconstruction result reveals the presence of two divergent genetic lineages within Limnonectes in Sulawesi and their relationship to collecting localities. From this model, we also synthesized hypothetical distribution pattern and genetic linkage dispersal of Limnonectes in Sulawesi. However, this hypothesis must be further tested.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2016/351/051610513 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Kustati |
| Date Deposited: | 07 Nov 2016 14:52 |
| Last Modified: | 07 Nov 2016 14:52 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/154877 |
Actions (login required)
 |
View Item |