Mia, Agatha (2015) Studi Desain Protein Transcription Activatorlike Effector (Tale) 1 Dan 2 Sebagai Detektor Sekuen Dna Strain Hpv Tipe 16 Dan 18. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kanker serviks dapat disebabkan oleh infeksi virus HPV tipe 16 dan 18 namun dapat dihindari dengan melakukan deteksi awal atau screening pada wanita. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain protein Transcription Activator-Like Effector (TALE) sebagai detektor dari HPV 16 dan 18 dengan cara mencari sekuen target DNA HPV 16 dan 18 beserta konstruksi protein TALE tersebut. Metode yang dilakukan adalah analisa sekuen target HPV 16 dan 18 dengan software MEGA, konstruksi protein TALE pada plasmid pSB1C3, PCR, Golden Gate Cloning, dan elektroforesis. TALE yang dikonstruksi adalah 2 macam protein TALE, yaitu TALE 1 dan TALE 2, yang memiliki susunan basa DNA yang berbeda. Konstruksi TALE dilakukan dengan Golden Gate Cloning menggunakan GATE Assembly Kit. Sekuen target DNA diperoleh dari hasil alignment software MEGA yang terdiri dari 14 bp pada masing-masing TALE dengan Timin (T) pada ujung-ujung sekuen. Kemudian konstruksi TALE diperoleh dari tim Freiburg yang memiliki 6 bagian yang dapat mengkode protein TALE. Hasil yang didapatkan dari konstruksi adalah pita DNA sebesar 3kbp pada gel agarosa melalui elektroforesis.
English Abstract
Cervical cancer is caused by infection of HPV types 16 and 18. However, it could be prevent by screening and early detection. This research was aimed to design a Transcription Activator-Like Effector (TALE) protein as a detector for HPV 16 and 18 by screened for specific DNA target sequences. DNA target of HPV types 16 and 18 was analyzed by MEGA 5.1 software, pSB1C3 plasmid was used for TALE constructing protein followed by PCR analysis, Golden Gate Cloning using GATE Assembly Kit, and agarose gel electrophoresis. Constructed two TALE protein were TALE 1 & TALE 2 which contained different spesific target sequences. DNA target sequences of HPV types 16 and 18 were obtained by DNA alignment using MEGA 5.1 software resulting 14 bp for each TALEs contained timine (T) in each target sequences. Then the TALE construction were acquired from Freiburg team that had 6 parts, coding sequences for building the TALE protein. The result from TALE protein construction was showed by several bands emerged in electrophoresis gel agarose in 3 kbp.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2015/122/ 051502563 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Kustati |
| Date Deposited: | 02 Apr 2015 09:23 |
| Last Modified: | 02 Apr 2015 09:23 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/154143 |
Actions (login required)
 |
View Item |