Biomodeling Interaksi Bioaktif Peptida CSN1S2 Susu Kambing Etawah dalam Penghambatan Interaksi AGE-RAGE

Hardiyanti, Ferlany (2015) Biomodeling Interaksi Bioaktif Peptida CSN1S2 Susu Kambing Etawah dalam Penghambatan Interaksi AGE-RAGE. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi penghambatan dari bioaktif peptida (CSN1S2) susu kambing peranakan etawah terhadap AGEs-RAGE secara in silico. Molekul AGE (argypirimidine, imidazole, pentosidine, dan piraline) dan sekuen RAGE diambil dari NCBI. Struktur 3-D sekuen RAGE dianalisis menggunakan Swiss Model Expasy web server. Bioaktif peptida protein susu kambing PE diperoleh dari hasil analisis sequencing MALDI-TOF. Analisis docking antara RAGE,AGE, dan bioaktif peptida CSN1S2 menggunakan HEX 8.0 dan divisualisasikan menggunakan Pymol dan Discovery Studio 4.0. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa terdapat 3 bioaktif peptida yang dapat berinteraksi dengan RAGE yaitu CSN1S2 f41-47, CSN1S2 f182-189, dan CSN1S2 f214-221, namun hanya 2 yang dapat berikatan dengan AGE yaitu CSN1S2 f41-47 dan CSN1S2 f214-221. RAGE- CSN1S2 f41-47 berinteraksi dengan argypirimidine pada asam amino ILE44 dari CSN1S2 f41-47 sedangkan RAGE-CSN1S2 f214-221 berinteraksi dengan imidazole pada asam amino ARG221 dari CSN1S2 f214-221. Hasil energi binding Argpyrimidine- RAGE yaitu ı= -221,28 kJ/mol dan energi binding RAGE- CSN1S2 f41-47 - Argypirimidine yaitu ı= -208,60 kJ/mol. Hasil energi binding Imidazole- RAGE yaitu ı= -74,57 kJ/mol dan energi binding RAGE- CSN1S2 f 214-221- Imidazole yaitu ı= -72,66 kJ/mol. Peningkatan energi binding tersebut menunjukkan bahwa CSN1S2 dapat mengurangi afinitas ikatan AGE-RAGE.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	SKR/MIPA/2015/109/051501998
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology
Divisions:	Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi
Depositing User:	Budi Wahyono Wahyono
Date Deposited:	12 Mar 2015 10:20
Last Modified:	12 Mar 2015 10:20
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/154128

Full text not available from this repository.

Actions (login required)

View Item