Kurniasari, RobitohDesi (2014) Identifikasi Synaptula (Echinodermata : Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Salah satu megabiodiversitas laut berada di kepulauan Raja Ampat. Identifikasi spesies yang terdapat di perairan Raja Ampat perlu dilakukan untuk mendapatkan data mengenai biodiversitas perairan Raja Ampat. Timun laut atau teripang merupakan salah satu organisme yang menghuni perairan Raja Ampat.Timun laut merupakan organisme yang memiliki struktur morfologi yang sulit untuk menentukan taksanya, karena timun laut merupakan cryptic species. Salah satu organisme timun laut yang merupakan spesies cryptic adalah Synaptula. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Synaptula yang dikoleksi dari perairan Raja Ampat menggunakan metode molekuler dengan marker gen COI. Peneliti mengidentifikasi Synaptula dengan alasan spesiemen tersebut masih teridentifikasi sampai tingkat genus. Metode identifikasi secara molekuler yang digunakan DNA barcoding, dengan tahapan, isolasi DNA, PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian yang telah dilakukan menunjukkan bahwa Synaptula dari Raja Ampat (UNP 101) memiliki kemiripan yang tinggi dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina. Jarak genetic Synaptula UNP 101 dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina adalah 1.3% dan nilai similaritas adalah 98.7%, sedangkan jika dibandingkan antara Synaptula UNP 101 dari Raja Ampat dengan Synaptula reciprocans jarak genetik sebesar 76.8% dan nilai similaritas sebesar 23.6%. Perbedaan hasil identifikasi berdasar karakter morfologi dan molekuler (berdasar sekuen gen COI) kemungkinan disebabkan oleh kontaminasi DNA template Synaptula oleh DNA template Plakobranchus UNP 67 dikarenakan
English Abstract
Identification of species Raja Ampat required in order to obtain marine biodiversity in Raja Ampat. Sea cucumber is one of the organism that inhabit in Raja Ampat waters. Sea cucumber is an organism that difficult to distinguish through morphological characteristic. Synaptula is one of group sea cucumber which known as cryptic species. This study aimed to identify Synaptula from Raja Ampat waters based on mitochondrial gene, cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). The results of the study that Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) is Plakobranchus ocellatus, the result is different with identification through morphological. Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) has a high similarity with Plakobranchus ocellatus species from Sulawesi and the Philippines. Genetic distance Synaptula UNP 101 with Plakobranchus ocellatus species from Sulawesi and Philippines is 1.3% ,while similarity value is 98.7%. Genetic distance Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) with Synaptula reciprocans is 76.8%, while similarity values is 23.6%. The difference in the results based on the identification of morphological and molecular charactertic may be caused by contamination DNA Plakobranchus to DNA Synaptula, contamination is likely to occur during the identification process which simultaneity.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2014/283/051405281 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 01 Sep 2014 15:23 |
| Last Modified: | 21 Oct 2021 04:46 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/153912 |
Preview |
Text
skripsi_Robitoh_Desi_Kurniasari.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |