Utomo, DidikHuswo (2011) Virtual Screening of Potential Drug-Like Inhibitors Against p53-mortalin Interaction. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Sel kanker memiliki mekanisme molekuler yang berbeda dengan sel normal. Pada beberapa sel kanker diketahui terjadi overekspresi protein mortalin yang berikatan dengan protein p53 wild type. Interaksi ini menyebabkan p53 inaktif sehingga sel kanker terus berproliferasi dan immortal. Interaksi p53-mortalin sangat penting untuk keberlangsungan sel kanker karena ketika p53 tidak berikatan dengan mortalin maka protein p53 akan ditranslokasikan ke inti dan mampu menginduksi apoptosis sel. Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi p53-mortalin secara molecular docking dan menyeleksi senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor interaksi p53-mortalin secara virtual screening. Interaksi p53-mortalin secara molecular docking akan memberikan informasi tentang struktur kompleks interaksi model 3D suatu protein. Model 3D protein p53 didapatkan dari Protein Data Bank (1AIE) sedangkan model 3D protein mortalin merupakan hasil homology modeling. Hasil interaksi menunjukkan tetramerization domain dari protein p53 diketahui berikatan dengan substrate binding domain dari mortalin dengan energi bebas -31.89 kcal/mol dan distabilkan dengan dua tipe interaksi yaitu interaksi elektrostatik dan interaksi hidrofobik. Sisi pengikatan mortalin terhadap p53 akan menjadi target dari senyawa drug-like dan dianalisis melalui proses virtual screening (PyRx 0.8). Senyawa hasil virtual screening yang berpotensi sebagai inhibitor interaksi p53-mortalin yaitu ZINC01019934, ZINC00624418 dan ZINC0064532. Kemudian ketiga senyawa dianalisis secara molecular dynamics dan diketahui bahwa senyawa ZINC01019934 memiliki potensi yang paling bagus sebagai inhibitor karena selain memiliki stabilitas ikatan yang baik dengan mortalin juga mampu mengganggu interaksi p53-mortalin.
English Abstract
Mortalin was found to be overexpressed in tumor cells and bind to p53 and this interaction was suggested to promote sequestration of p53 in the cytoplasm inhibit its activity . Therefore, one of strategy for cancer therapy is using small molecule to inhibit p53-mortalin interaction so p53 will promote cancer cell apoptosis. This study has aims to analyze the p53-mortalin interaction using molecular docking and to screen drug-like compounds that have potential as inhibitors of p53-mortalin interaction using virtual screening. The result of interaction show tetramerization domain of p53 bind to substrate binding domain of mortalin which have energy gibbs -31.89 kcal/mol and was stabilized by electrostatic interaction and hydrophobic interaction. Then substrate binding domain of mortalin will become target of drug-like compound in virtual screening process using PyRx 0.8. We found three compounds (ZINC01019934, ZINC00624418 and ZINC0064532) as inhibitor p53-mortalin interaction. Then three compounds are analyzed by molecular dynamics simulation and we know ZINC01019934 is the best inhibitor because it is not only has good stability when binding mortalin but also can disturb p53-mortalin interaction.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2011/154/051102791 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 570 Biology |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 03 Aug 2011 10:44 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 07:30 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/152608 |
Preview |
Text
051102791.pdf Download (3MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |