RisnaPalupi (2008) Pairwise Alignment Pada Sequence Primer Protein Menggunakan Algoritma Genetik. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Bioinformatika adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisa informasi biologi. Pairwise alignment merupakan salah satu persoalan yang terdapat dalam bioinformatika, yaitu suatu teknik penyusunan dua buah sequence sehingga memiliki posisi yang sejajar antara sequence yang pertama dan sequence yang kedua (Gondro et.al., 2007). Dalam skripsi ini akan dibangun aplikasi yang dapat menghasilkan pairwise alignment menggunakan algoritma genetik. Terdapat dua metode mutasi yang digunakan yaitu mutasi horisontal dan mutasi gap dan probabilitas crossover yang digunakan yaitu 0,5 dan 0,6, serta menggunakan probabilitas mutasi 0,2. Dalam skripsi ini terdapat dua pengujian yaitu pengujian kinerja algoritma genetik menggunakan inisialisasi populasi non-guidance dan guidance. Pengujian kedua yaitu pengujian pairwise alignment menggunakan seluruh sequence dari database. Hasil dari pengujian pertama menunjukkan bahwa nilai fitness yang dihasilkan dari non-guidance tidak stabil sedangkan dari guidance lebih stabil dalam hal rentang nilainya. Dari pengujian tersebut nilai fitness yang maksimum diperoleh menggunakan probabilitas crossover 0,6 dan mutasi horisontal. Hasil dari pengujian kedua menunjukkan bahwa pairwise alignment konvergen pada saat jumlah generasi mencapai 50000. Jadi pairwise alignment sequence primer protein ini dapat cukup memaksimalkan kesamaan antar sequence -nya tetapi membutuhkan jumlah generasi yang tinggi dan akhirnya memberikan cost waktu yang besar.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2008/274/050803626 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 510 Mathematics |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Matematika |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 01 Dec 2008 09:40 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 05:33 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/151936 |
Preview |
Text
050803626.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |