Prayoga, Windra (2014) Aplikasi Polymerase Chain Reaction Untuk Sistem Deteksi Cepat Salmonella enterica serotipe Typhimurium Pada Karkas Ayam. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Karkas ayam merupakan komoditas bernutrisi tinggi yang banyak dikonsumsi di Indonesia. Akan tetapi karkas ayam juga merupakan media yang baik bagi pertumbuhan mikroba, termasuk bakteri patogen seperti Salmonella sp., utamanya Salmonella Typhimurium, yang berbahaya sehingga harus dideteksi dengan cepat dan tepat agar dapat dilakukan penanganan yang sesuai. Disisi lain, sistem deteksi Salmonella di Indonesia masih banyak menggunakan metode konvensional yang memiliki banyak kelemahan, diantaranya adalah membutuhkan waktu yang lama, kurang akurat, dan memiliki tingkat kesalahan cukup besar. Untuk itu diperlukan suatu sistem deteksi Salmonella berbasis molekuler yang lebih cepat, akurat, dan sederhana, demi mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian dilakukan menggunakan metode penelitian deskriptif dengan sampel berupa 30 potong karkas ayam broiler segar yang diambil dari 10 pasar tradisional di wilayah Surabaya Timur. Sampel tersebut diuji dengan 4 buah metode deteksi, dua diantaranya merupakan metode deteksi pembanding standar, yakni metode konvensional dan metode scrub, dan dua lainnya merupakan metode deteksi yang dikembangkan dan diteliti, yakni metode molekuler pra-inkubasi dan paska-inkubasi. Metode konvensional terdiri dari tahap pre-enrichment, selective enrichment, selective plating, pemilihan koloni, pewarnaan Gram, uji biokimiawi, dan uji serologi. Metode scrub, pra-inkubasi, dan paska-inkubasi dilakukan secara molekuler menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Sampel metode scrub diambil dari seluruh koloni bakteri yang tumbuh di media hasil plating, sedangkan sampel metode pra-inkubasi didapat dari hasil pembilasan sampel dengan media pepton, dan metode paska-inkubasi didapat dari hasil inkubasi sampel dalam media pepton pada suhu 37oC selama 20-24 jam. Selanjutnya dilakukan ekstraksi DNA dengan metode boiling. DNA sampel yang didapat dilakukan preparasi DNA berupa penyetaraan konsentrasi DNA dan pencampuran seluruh substansi PCR, termasuk primer S139-S141 dan primer fim1A - fim2A. Amplifikasi DNA dilakukan dengan metode PCR menggunakan mesin PCR thermocycler dan hasilnya dianalisa menggunakan elektroforesis agarosa. Hasil deteksi dibandingkan dan dipilih metode deteksi yang memiliki hasil deteksi terbaik diantara seluruh metode yang digunakan. Dari analisa terhadap hasil penelitian yang dilakukan, diketahui bahwa metode pra-inkubasi merupakan sistem deteksi Salmonella yang mampu mendeteksi lebih cepat, akurat, dan sederhana dibandingkan dengan sistem deteksi Salmonella lain yang digunakan dalam penelitian ini, yaitu metode konvensional, metode molekuler scrub, dan metode paska-inkubasi. Namun untuk mendapatkan hasil deteksi yang baik dari metode pra-inkubasi ini, diperlukan adanya penyeragaman konsentrasi dan tahap purifikasi yang baik.
English Abstract
Chicken carcass is a highly nutritious food commodity that is consumed by majority Indonesian. Unfortunately, chicken carcass also a good medium for microbial growth, including pathogen bacteria such as Salmonella sp., especially Salmonella Typhimurium. It presence in food is dangerous and must be detected as fast as possible so the food can be handled correctly. In the other hand, detection system of Salmonella sp. that used widespread in Indonesia is conventional method that has many disadvantages, such as long time to be performed, less sensitive, and has higher error degree. For that reasons, a molecular-based Salmonella detection system that faster, accurate, and simpler is needed.This study used 30 broiler chicken carcasses from 10 traditional markets in East Surabaya region. These samples were analyzed using 4 detection methods, conventional and molecular scrub method as standard reference method, the pre-incubation and post-incubation method as developed detection method. Conventional method has several steps, including pre-enrichment, selective enrichment, selective plating, colony choosing, Gram staining, biochemical test, and serological test. Scrub, pre-incubation, and post-incubation method were performed using molecular technique called Polymerase Chain Reaction (PCR). Scrub method got its samples from scrubbing all bacterial colonies that growth on medium from plating step, pre-incubation method got its samples from washing carcass sample in the peptone water, and the postincubation get it’s bacterial sample from incubating the carcass sample in peptone water 37oC for 20-24 hours. The bacterial DNA was extracted using boiling method. The obtained DNA concentration was equallified and mixed with all PCR substances, including the S139-S141 primer and fim1A-fim2A primer. Amplification was performed using PCR method and held in PCR thermocycler machine, then the PCR results were analyzed in agarose electrophoration. All of the results we re compared and the best result from the developed detection method was choosen. The result showed that pre-incubation method could detect faster, more accurate, and simpler than another Salmonella detection system that was used in this study (conventional method, molecular scrub method, and post-incubation). However, to get the good result from pre-incubation method, it’s needed a concentration equallifying and good purification system.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FTP/2014/112/051402445 |
| Subjects: | 300 Social sciences > 338 Production > 338.1 Agriculture |
| Divisions: | Fakultas Teknologi Pertanian > Teknologi Hasil Pertanian |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 22 Apr 2014 12:58 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 06:02 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/149493 |
Preview |
Text
Skripsi.pdf Download (3MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |