Yuliantoro, Ilham (2014) Pencarian Motif Sekuens Dna Dengan Algoritmaprefixspan Untuk Diagnosa Penyakit Kanker Payudara. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Di negara maju kanker menjadi penyebab kematian kedua setelah penyakit jantung. Salah satu jenis kanker yang sering mengakibatkan kematian adalah kanker payudara. Menurut WHO, pada tahun 2000 diperkirakan 1,2 juta wanita terdiagnosis kanker payudara dan lebih dari 700,000 meninggal karenanya. Salah satu algoritma yang mampu digunakana dalam diagnosa penyakit kanker payudara dalam proses pecarian motif sekuens DNA adalah prefixspan yang merupakan algoritma yang tergolong dalam Sequential Pattern Mining. Prefix-Projected Sequential Pattern Growth (PrefixSpan) adalah algoritma yang memakai pendekatan pengembangan sequence untuk mencari sequential pattern. PrefixSpan akan mencari frequent sequence satu elemen dan kemudian mengembangkan sequence-sequence tersebut dengan cara menambahkan elemen satu persatu. Dalam penelitian ini digunakan Exon ke-7 dari 20 gen DNA TP 53 penderita kanker payudara. Uji coba pengaruh minimum support dilakukan dengan melakukan pengujian minimum support dari 2, 4 hingga 12 untuk dilakukan pengamatan terhadap nilai lift rasio dari motif yang dihasilkan. Hasil Ujicoba yang dilakukan menunjukkan pengaruh bahwa semakin besar minimum support maka berdampak kurang baik terhadap motif yang dihasilkan untuk uji coba pada 20 data.Namun akurasi motif yang dihasilkan dalam uji coba ini mencapai rata-rata 100%. Hal ini menunjukkan algoritma prefixspan mampu dan cukup baik dalam melakukan pencarian motif sekuens DNA untuk deteksi penyakit kanker payudara.
English Abstract
In developed countries, cancer is the second number that cause of death after heart disease. One type of cancer that effect to death is breast cancer. Acording to WHO, in 2000, 1.2 million women are diagnosed with breast cancer and more than 700,000 women die from it. One of the algorithms that can be used to find the pattern is prefixspan which is belonging to Sequential Pattern Mining. PrefixSpan ( Prefix - Projected Sequential Pattern Growth ) is an algorithm that use the concept of sequence to searh of sequential pattern. PrefixSpan will finde frequent sequences of the elements and then develop it by adding elements one by one . This study is use 20 DNA TP 53 of breast cancer patients in Exon 7 . Trial of this study are usethe conducted of minimum support which is use minimum support 2 , 4 until 12 for observe the valueof liftratio from the generated motifs . The Tests that has been done is show that a high minimum support give the bad effect in the lift ratio of the resulting motifs for trial on 20 data. However, the accuracy of the resulting motif are reaches 100 % . This is shows that prefixspan algorithm is capable in searching DNA sequence motifs for the detection of breast cancer .
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FTIK/2014/71/051402832 |
| Subjects: | 000 Computer science, information and general works > 005 Computer programming, programs, data |
| Divisions: | Fakultas Ilmu Komputer > Teknik Informatika |
| Depositing User: | Hasbi |
| Date Deposited: | 23 May 2014 10:18 |
| Last Modified: | 20 Oct 2021 06:42 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/146109 |
Preview |
Text
1._SKRIPSI.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |