WimaArfatusSyahreny (2016) Optimalisasi Pcr Dengan Enzim Restriksi Alui Pada Rna Peridinin Chlorophyll Protein (Pcp) Mikroalga Laut Chlorella Vulgaris Yang Dikultur Secara In Vivo. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Chlorella vulgaris merupakan salah satu mikroalga laut penghasil pigmen. Peridinin Chlorophyll protein (PCP) ialah pigmen yang berperan dalam mengumpulkan cahaya untuk fotosintesis. Peridinin memiliki peran yang sangat penting yaitu sebagai zat antioksidan yang mampu melindungi sel dari bahaya radikal bebas. Dengan manfaatnya yang demikian penting, memicu permintaan pasar yang semakin bertambah sehingga memungkinkan untuk PCP ini dapat dikembangkan. Teknik yang dapat digunakan ialah menggunakan PCR disertai dengan bantuan enzim restriksi endonuklease agar dapat memotong RNA PCP pada mikroalga Chlorella vulgaris dengan panjang 310 pasang basa. Sehingga untuk mengetahui kecocokan situs pemotongan enzim restriksi terhadap target, dilakukan penelitian ini. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pakan Alami, Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP) Situbondo, Laboratorium Genetik dan Biomolekul Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang, Laboratorium Lingkungan dan Bioteknologi Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dan Laboratorium Biosains Universitas Brawijaya pada bulan Maret – Juni 2016. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif dan eksploratif. Data yang diambil meliputi data primer dan data sekunder. Sampel alga hasil kultur setelah dipanen kemudian diisolasi untuk mendapatkan RNA total. Selanjutnya isolat RNA diukur konsentrasi RNA total menggunakan NanoPhotometer. Isolat RNA kemudian di RT – PCR dengan menggunakan primer initiated (5’ – GCATGAAGCCACTTCGAAAC – 3’), primer adapter (5’ – CTCGTTGCTGGCTTTGATG – 3’), dan primer nested (5’ – TAACGCTGGGATGCTTTGAC – 3’). Pemotongan PCP menggunakan enzim restriksi AluI dengan proses inkubasi pada suhu 37˚C selama 4 jam . Untuk visualisasi hasil RT – PCR dan inkubasi dilakukan elektroforesis. Sampel isolat RNA yang digunakan dilakukan pengulangan sebanyak 4 kali dan ditandai sebagai C1, C2, C3 dan C4 untuk mengetahui apabila terjadi perbedaan hasil amplifikasi cDNA dan hasil pemotongan enzim. Parameter kualitas air yang diukur antara lain suhu, derajat keasaman (pH), dan salinitas. Kegiatan kultur Chlorella vulgaris yang ada di BPBAP Situbondo, dengan suhu berkisar antara 20 0 – 22 0 C pada skala laboratorium, dan suhu pada skala intermediet berkisar antara 24 0 – 26 0 C. pH kultur pada skala laboratorium yaitu 8, sedangkan pada skala intermediet sebesar 7 – 8. Salinitas pada skala laboratorium berkisar 35 ppt, sedangkan pada skala intermediet sebesar 34 ppt. Pada puncaknya kelimpahan kultur Chlorella vulgaris skala laboraturium dengan wadah toples mencapai 664 x 10 4 sel/ml, kemudian dengan wadah carboy puncaknya mencapai 764 x 10 4 sel/ml. Selanjutnya puncak kelimpahan kultur Chlorella vulgaris skala intermediet dengan wadah bak fiber 368 x 10 4 sel/ml. Pengukuran konsentrasi RNA total pada isolat Chlorella vulgaris diperoleh hasil 12,8 μg/ml. Berdasarkan visualisasi hasil amplifikasi isolat RNA Chlorella v ulgaris, pita DNA yang terbentuk memiliki panjang 500 bp. Rekomendasi melting temperature (Tm) yaitu 51,8 o C . Namun dalam penelitian ini, dilakukan perlakuan gradient suhu untuk mendapatkan hasil amplifikasi yang optimal, dengan menggunakan 6 level suhu yang berbeda yaitu pada suhu 44°C, 48°C, 50°C, 52°C, 55°C, dan 58°C. Dalam penelitian ini, suhu penempelan primer ( annealing ) yang optimal yaitu pada suhu 52 o C. Dalam proses RT – PCR pada penelitian ini, dilakukan running sebanyak 2 kali dengan running yang pertama menggunakan primer initiated dan primer adapter dan pada running kedua digunakan primer nested . Pada elektroforegram hasil pemotongan oleh enzim AluI menunjukkan hasil pemotongan tepat pada ukuran 310 bp di keempat ulangan sampel yang merupakan target basa PCP Chlorella vulgaris dengan tipe pemotongan situs tidak spesifik.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FPR/2016/604/051608157 |
| Subjects: | 300 Social sciences > 333 Economics of land and energy > 333.9 Other natural resources > 333.91 Water and lands adjoining bodies of water |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Manajemen Sumberdaya Perairan |
| Depositing User: | Sugiantoro |
| Date Deposited: | 08 Sep 2016 09:19 |
| Last Modified: | 20 Oct 2021 13:02 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/135340 |
Preview |
Text
ARTIKEL_SKRIPSI-WIMA_ARFATUS_SYAHRENY-125080101111023-MSP.pdf Download (2MB) | Preview |
Preview |
Text
LAPORAN_SKRIPSI-WIMA_ARFATUS_SYAHRENY-125080101111023-MSP.pdf Download (4MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |