Kusumasari, Andini (2014) Identifikasi Lamun Menggunakan Dna Kloroplas Gen Rbcl (Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase) Dan Gen Matk (Megakaryocyte-Associated Tyrosine Kinase) Dari Perairan Kabupaten Malang Dan Kabup. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Semakin pesatnya kegiatan perikanan seperti eksploitasi berlebihan melalui penggunaan lahan, pengerukan pertambangan, aktivitas perkapalan dan kegiatan perikanan lainnya menyebabkan lamun rentan terhadap kerusakan. Dampak dari kegiatan perikanan umumnya berupa hancurnya padang lamun sehingga menjadi potongan daun lamun yang mengambang di permukaan perairan sehingga sulit untuk diidentifikasi secara morfologi. Oleh karena itu, DNA barcoding dapat dimanfaatkan dalam penelitian ini untuk identifikasi lamun. DNA barcode sebagai cara untuk mengidentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakan wilayah gen yang paling efektif untuk identifikasi spesies. Wilayah gen yang digunakan dalam standar barcode untuk hampir semua kelompok hewan adalah COI. Gen COI terbukti efektik dalam mengidentifikasi burung, kupu-kupu, ikan dan banyak kelompok hewan lainnya. Namun gen COI bukan merupakan barcode yang efektif pada tumbuhan karena rendahnya tingkat perubahan sekuen dan variabilitas yang rendah antar spesies, tapi dua gen di kloroplas, matK dan rbcL, telah disetujui sebagai daerah barcode untuk tanaman termasuk pada lamun. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk identifikasi spesies lamun di perairan Kab. Malang dan Kab. Lamongan secara molekuler, menentukan hubungan filogenetik dan menentukan gen yang efektif untuk analisis hubungan filogenetik. Metode yang digunakan untuk identifikasi molekuler meliputi koleksi sampel, ekstraksi yang bertujuan untuk mengisolasi DNA, PCR untuk memperbanyak DNA, elektroforesis untuk visualisasi amplifikasi DNA, sequencing dan analisis identifikasi. Sampel yang berhasil di koleksi berjumlah 21, delapan individu dari spesies Thalassia hemprichii yang diambil dari Pantai Sendang Biru, tujuh individu dari spesies Thalassia hemprichii yang diambil dari Pantai Balekambang, satu individu dari spesies Syringodium isoetifolium yang diambil dari Pantai Kondang Merak dan 5 sampel dari spesies Enhalus acoroides yang diambil dari perairan Paciran. Hasil identifikasi secara morfologi menunjukkan hasil yang sama dengan identifikasi secara molekuler bahwa sampel yang ditemukan merupakan spesies Thalassia hemprichii, Syringodium isoetifolium dan Enhalus acoroides. Hasil konstruksi pohon menunjukkan bahwa pada gen rbcL dan gen matK terdapat tiga spesies lamun T. hemprichii, E. acoroides dan S. isoetifolium yang diklasifikasikan dalam dua famili yaitu Hydrocharitaceae dan Cymodoceaceae ‘complex’. Penggunaan gen rbcL dan gen matK sangat efektif pada spesies lamun, namun diantara kedua gen tersebut gen matK lebih informatif dibandingkan dengan gen rbcL
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FPR/2014/187/051404230 |
| Subjects: | 300 Social sciences > 338 Production > 338.3 Other extractive industries > 338.37 Products > 338.372 Products of fishing, whaling, hunting, trapping |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 06 Aug 2014 13:41 |
| Last Modified: | 07 Jun 2020 05:47 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/133485 |
Actions (login required)
 |
View Item |