Balladona, FretaKirana (2015) Konfirmasi Gen Yang Mencirikan Ekspresi Antosianin Pada Buncis (Phaseolus Vulgaris L.). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Menurut data statistik produksi tanaman sayuran buncis di Indonesia pada tahun 2012-2013 berkisar 322.145-327.378 ton dan rata-rata hasil sayuran buncis pada tahun 2013 meningkat 5,23 ton (BPS, 2014). Akan tetapi, peningkatan permintaan buncis dari luar negeri membuat beberapa varietas lokal tersisih karena varietas introduksi yang mana berasal dari luar negeri tersebut memiliki kandungan gizi yang lebih banyak seperti kandungan antosianin (Rubyogo et al., 2007). Maka dari itu, salah satu cara untuk meningkatkan kualitas varietas lokal tersebut adalah dengan menciptakan suatu varietas baru yang mengandung antosianin, untuk melengkapi varietas lokal yang telah ada. Persilangan antara varietas lokal dan varietas introduksi (Purple Queen) yang dilakukan oleh Oktarisna et al. (2013). Pada identifikasi awal secara fenotipik persilangan tersebut memiliki hasil perbandingan nisbah 3:1 yang menunjukkan adanya gen tunggal dominan yang mengendalikan karakter warna polong pada hasil persilangan tanaman buncis. Namun identifikasi secara fenotipik memiliki beberapa kelemahan yaitu terdapat beberapa gen yang belum terekspresi, seperti: beberapa hasil persilangan tersebut tidak memiliki warna ungu seperti yang diharapkan. Maka dari itu, perlu dilakukan identifikasi molekuler pada tetua dan hasil persilangan buncis tersebut. Salah satu metode penanda molekuler adalah dengan menggunakan metode SSR (Simple Sequence Repeat). SSR memiliki beberapa kelebihan, yaitu : SSR memiliki susunan yang kodominan, dapat digunakan untuk multialel dan dapat dilakukan dalam penelitian di laboraturium melalui primer sequence yang telah dipublikasikan (Hale, 2003). Dalam hal ini, primer produksi antosianin spesifik untuk buncis belum ditemukan, sehingga perlu adanya penelitian dan pengembangan penanda DNA gen atosianin pada buncis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengonfirmasi keberadaan gen antosianin pada beberapa aksesi buncis berdasarkan penanda gen antosianin melalui pendekatan tetua dengan keturunan berikutnya menggunakan penanda molekuler mikrosatelit (SSR). Hipotesis dalam penelitian ini adalah primer dapat digunakan sebagai penanda gen antosianin yang dikonfirmasi melalui polimorfisme pita DNA pada seluruh aksesi buncis dan kecenderungan monomorfisme pada tetua buncis Purple queen dan keturunannya. Penelitian ini telah dilaksanakan di Laboraturium Bioteknologi Fakultas Pertanian, Universitas Brawijaya pada Bulan Februari hingga Mei 2015. Alat yang digunakan meliputi PCR, microwave, pH meter, timbangan analitik, elektrophoresis apparatus, spatula, mikropipet, centrifuge, tip, spatula, timer, magnetic stirrer, gelas ukur 1 liter, gelas beaker, dan gel doc imaging. Bahan yang digunakan meliputi 10 isolat DNA tanaman buncis persilangan varietas introduksi dengan varietas lokal Surakarta, tiga primer mikrosatelit spesifik antosianin (MdMYB9, MdMYB12 dan MdMYB17) tris, HCl, ethanol 70 %, EDTA, H2O, NaCl, dan kloroform. Penelitian ini menggunakan analisis penanda molekuler viii dengan menggunakan SSR (Simple Sequence Repeat). Pelaksanaan penelitian ini meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA serta separasi hasil amplifikasi. Pengamatan dilakukan dengan melihat panjang pita DNA polimorfik pada mikrosatelit antosianin (MdMYB9: 329 bp, MdMYB12: 152 bp dan MdMYB17: 205 bp (Chagne et al.,2007) dan dianalisa secara deskriptif dengan melihat perbandingan pola pita yang mencirikan kandungan antosianin. Berdasarkan hasil amplifikasi terlihat bahwa dari ketiga primer tersebut bersifat polimorfis dan ada beberapa yang memiliki lebih dari satu alel. Hal ini membuktikan bahwa primer spesifik SSR antosianin tersebut dapat dikonfirmasi pada buncis. Namun, tidak hanya melihat dari kesesuaian marka yang digunakan melainkan juga kesesuaian dengan kemunculan alel pada aksesi buncis tersebut. Kemudian, ditinjau dari panjang pita DNA menunjukkan bahwa tidak ada alel yang menunjukkan panjang sesuai informasi yang tertera pada (Chagne et al., 2007). Hal ini dikarenakan informasi primer pada penelitian tersebut berasal dari aksesi apel. Sedangkan ditinjau dari kekerabatan antara apel dan buncis sangat jauh. Sehingga, tidak dapat dikonfirmasi dengan tepat panjang alel gen antosianin tersebut. Penggunaan SSR antar spesies yang telah dibahas sebelumnya tidak menutup kemungkinan, namun pada tingkat keberhasilan pada penggunaan primer tersebut lebih tinggi jika jarak kekerabatan tanaman tersebut semakin dekat. Sehingga dalam penelitian ini, berdasarkan panjang pita DNA yang ditinjau pada Purple Queen dan Gogo Kuning (tertua) sama dengan keturunannya GK x PQ, PQ x GK, PQ x GI, GI x PQ dan GK x CS. Panjang pita DNA yang paling sesuai dan mendekati antara tetua dan keturunannya adalah pada primer MdMYB9.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2015/668/ 051507661 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 631 Specific techniques; apparatus, equipment materials > 631.5 Cultivation and harvesting |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Budidaya Pertanian |
| Depositing User: | Kustati |
| Date Deposited: | 20 Oct 2015 09:37 |
| Last Modified: | 20 Oct 2015 09:37 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/130697 |
Actions (login required)
 |
View Item |