SariHandayani (2008) Evaluasi Keragaman Genetik Plasma Nutfah Tebu Asli (Saccharum officinarum L.) Asal Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler Mikrosatelit. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Tebu atau Saccharum officinarum adalah salah satu spesies tanaman yang merupakan bahan penghasil gula ( cane sugar ) di dunia selain gula bit ( beet sugar ). Indonesia merupakan salah satu negara penyedia plasma nutfah tebu dengan jumlah yang melimpah, sehingga Indonesia disebut sebagai pusat asalusul tanaman ( centre of origin) dan pusat penyebaran tanaman ( centre of diversity). Hal ini merupakan modal dasar dalam pengembangan dan pemuliaan tanaman tebu. Evaluasi keragaman genetik plasma nutfah sangat berguna dalam seleksi materi genetik dan menentukan arah pemuliaan sebelum digunakan untuk program pemuliaan. Evaluasi keragaman genetik plasma nutfah tanaman dapat dilakukan berdasarkan karakteristik morfologi, sitologi, biokimia, dan molekuler. Karakteristik morfologi dapat dengan mudah diamati menggunakan penanda morfologi, namun beberapa karakter tanaman cenderung dipengaruhi oleh lingkungan sehingga mengurangi keakuratan. Dengan semakin berkembangnya ilmu pengetahuan, kekurangan penanda morfologi dalam pemuliaan tanaman bisa diatasi, yakni ketika awal tahun 1980-an telah ditemukan teknologi molekuler (penanda molekuler) yang berbasis pada DNA. Penanda molekuler berbasis DNA pada saat ini, yang telah digunakan secara luas adalah SSR ( Simple Sequence Repeat) atau mikrosatelit. Penanda ini sangat berguna sebagai markah genetik karena bersifat mudah dan ekonomis dalam pangaplikasiannya karena menggunakan proses PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan satu metode isolasi DNA yang tepat dari 6 metode isolasi DNA yang diuji, mengetahui hubungan kekerabatan dan keragaman genetik plasma nutfah tebu asli (Saccharum officinarum) asal Indonesia melalui sidik jari DNA menggunakan penanda molekuler mikrosatelit. Penelitian ini dilaksanakan di laboratorium Biologi Molekuler–Bioteknologi, Pusat Penelitian dan Perkebunan Gula Indonesia (P3GI) Pasuruan, Jawa Timur selama bulan Juli 2007 sampai dengan bulan Januari 2008. Pelaksanaan penelitian ini meliputi (1) optimasi enam metode isolasi DNA dan pemilihan satu metode isolasi yang terbaik (2) isolasi DNA menggunakan metode Philsurin Laboratorium dengan modifikasi, (3) karakterisasi kualitatif dan kuantitatif DNA, (4) optimasi program reaksi PCR menggunakan enam pasang primer mikrosatelit, (5) aplikasi PCR, (6) visualisasi hasil aplikasi PCR (7) interpretasi data dilakukan dengan mentransfer data kualitatif berdasarkan penanda mikrosatelit kedalam bentuk biner, yang selanjutnya dilakukan penghitungan koefisien kesamaan genetik berdasar koefisien kesamaan Jaccard. Hasil perhitungan digunakan untuk pengelompokan dan penyusunan dendogram berdasarkan metode pengelompokan Unweighted Pair Group Method with Arithmatic mean (UPGMA). Analisa tersebut dilakukan dengan bantuan program NTSYSpc-2.02i ( Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System versi 2.02i ). Dari penelitian yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa (1) Metode Philsurin Laboratorium Modifikasi 2 dipilih sebagai metode baku isolasi DNA pada penelitian ini dari enam metode isolasi DNA yang diuji, (2) Hasil analisis kesamaan genetik Jaccard berdasarkan penanda molekuler mikrosatelit menunjukkan bahwa 26 klon tebu asli ( Saccharum officinarum L.) asal Indonesia mempunyai keragaman genetik yang tinggi, (3) Hubungan kekerabatan 26 klon tebu asli ( Saccharum officinarum L.) asal Indonesia terbagi menjadi 3 kelompok. Kelompok pertama terdiri dari klon-klon tebu yang berasal dari daerah timur Indonesia yaitu Sulawesi, Kalimantan, Maluku, dan Irian Jaya. Kelompok kedua terdiri dari klon-klon yang sebagian besar berasal dari Jawa kemudian dari Maluku, Sumbawa dan Banjarmasin. Kelompok ketiga kelompok tebu spesies liar ( S.robustum dan Erianthus ) yang berasal dari Kalimantan.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2008/240/050802324 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Agroekoteknologi |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 27 Aug 2008 10:06 |
| Last Modified: | 27 Aug 2008 10:06 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/127848 |
Actions (login required)
 |
View Item |