VeraMonikaSuryoLaksana (2008) Analisis SSR (Simple Sequence Repeat) hasil amplifikasi DNA Genom pada kedelai (Glycine max Merr.) tahan dan peka terhadap CPMMV (Cowpea Mild Mottle Virus). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kedelai merupakan salah satu bahan pangan penting setelah beras karena hampir 90% digunakan sebagai pangan (Balitkabi, 2004). Kebutuhan kedelai pada tahun 2004 mencapai 2,02 juta ton, sedangkan produksi dalam negeri baru 0,71 juta ton dan kekurangannya sebesar 1,31 juta ton diimpor. Hanya sekitar 35% dari total kebutuhan dapat dipenuhi dari produksi dalam negeri. Serangan hama dan penyakit pada kedelai merupakan kendala utama dalam meningkatkan produksi kedelai. Penyakit belang samar yang disebabkan oleh Cowpea Mild Mottle Virus (CPMMV) telah dinyatakan sebagai salah satu kendala utama upaya peningkatan dan stabilitas hasil kedelai di Indonesia. Dengan demikian pembentukan varietas kedelai tahan CPMMV dan berdaya hasil tinggi perlu dilakukan sehingga kehilangan atau penurunan hasil akibat serangan virus dapat dihindari. Dalam merakit varietas kedelai tahan CPMMV diperlukan sumber gen tahan sebagai tetua persilangan. Pendugaan keberadaan gen tahan pada tanaman tetua dapat diketahui dengan menggunakan marka molekuler. Simple Sequence Repeat (SSR) merupakan satu dari beberapa marka molekul yang dapat digunakan sebagai penanda tersebut. Sebagai langkah awal pendugaan marka SSR diperlukan pemilihan sepasang primer yang digunakan dalam amplifikasi sekuen DNA. Sepasang primer spesifik yang digunakan diharapkan dapat mengamplifikasi sekuen mikrosatelit dimana akan menampakkan variasi pada setiap karakter individu tetua. Fragmen-fragmen yang muncul sebagai hasil dari amplifikasi DNA tetua dan yang memberikan variasi yang konsisten berhubungan dengan suatu karakter tanaman yang diuji (baik tahan/peka) ialah fragmen yang dapat disebut marker yang diduga (Putative marker). Tujuan penelitian ialah untuk mengetahui Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui putative marka molekuler sebagai hasil amplifikasi PCR berdasarkan analisa SSR yang dapat digunakan sebagai tetua tahan dan peka CPMMV (Cowpea Mild Mottle Virus). Hipotesis penelitian ialah terdapat putative marka Simple Sequence Repeat (SSR) pada tetua tahan dan peka CPMMV (Cowpea Mild Mottle Virus). Penelitian ini dilaksanakan di Balitkabi (Balai Penelitian Tanaman Kacangkacangan dan Umbi-Umbian) dan Laboratorium UPT Sentral Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya, Malang. Penelitian dilaksanakan mulai bulan Oktober sampai Desember 2007. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini ialah : elektroforesis, PCR, erlenmeyer, sentrifuge, gelas ukur, tabung ukur, oven, micropippete, handsprayer, autoclave, baki perendaman, sarung tangan, refrigerator, mortar, magnetic stirer, UV Transilluminator, spatula, kotak es, gunting, dan kamera digital. Bahan yang digunakan ialah tanaman kedelai yang peka CPMMV yaitu Panderman dan Burangrang, kedelai tahan CPMMV yaitu MLG 0268 dan MLG 0021, Gel agarose, "PROMEGA" PCR reaction kit, Qiagen DNeasy Kit, akuades, alkohol, Etidium Bromide, microcentrifuge tubes, micropipete tips, collection tubes, nitrogen cair, Blue Loading Buffer Pack, larutan buffer TAE, es batu dan 30 pasang primer. Analisis data dari primer sebanyak 30 pasang dilakukan berdasarkan ada atau tidak adanya fragmen DNA. Data tersebut kemudian diterjemahkan kedalam data biner berdasarkan keberadaan pita. Pita yang muncul akan mendapat skor 1, sedangkan pita yang tidak muncul akan mendapat skor 0. Analisis juga dilakukan berdasarkan ada tidaknya fragmen polimorfik yang konsisten terhadap suatu individu dan berat molekul dari fragmen yang berhasil teramplifikasi baik dari tetua tahan maupun tetua peka. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini ialah terdapat 25 primer (96,67%) dapat mengamplifikasi, empat primer (13,33%) dapat mengamplifikasi sebagian individu tanaman dan satu primer (3,33%) tidak dapat mengamplifikasi DNA semua individu tanaman dari total 30 primer yang digunakan. Dari 25 primer yang berhasil mengamplifikasi, terdapat enam primer yang menghasilkan fragmen polimorfis, enam primer yang menghasilkan fragmen polimorfis dan konsisten terhadap suatu karakter dan enam primer yang menghasilkan frag men monomorfis. Ke enam primer yang berhasil mengamplifikasi fragmen polimorfis dan konsisten terhadap suatu karakter ialah primer AT14, ATT31, ATT9, AT28, ATT14 dan ATT21. Berat molekul dari primer yang menghasilkan polimorfis yaitu AT14 menampakan ukuran 100 bp dan 350 bp untuk tanaman tahan. Sedangkan pada tanaman peka (Panderman dan Burangrang) memiliki ukuran fragmen 300 bp. Amplifikasi menggunakan primer ATT31 memperlihatkan ukuran fragmen dari tanaman peka ialah 200 bp dan tanaman tahan memiliki ukuran 350 bp. Pada primer ATT9 memperlihatkan bahwa pita tanaman tahan memiliki ukuran 200 bp dan 450 bp sedangkan tanaman peka memiliki ukuran 350 bp. Primer AT28 berhasil mengamplifikasi pita pada tanaman tahan dengan ukuran 250 bp dan tanaman peka memiliki ukuran 100 bp dan 300 bp. Pada primer ATT14, tanaman peka menujukan pita profil dengan ukuran 350 bp dan tanaman tahan ukuran 300 bp. Pada primer ATT21, tanaman peka menunjukan profil pita dengan ukuran 300 bp sedangkan tanaman tahan memiliki ukuran profil pita 350 bp. Fragmen-fragmen yang teramplifikasi dan memberikan variasi yang konsisten berhubungan dengan suatu karakter tanaman yang diuji (baik tahan/peka) ialah fragmen yang dapat disebut marker yang diduga (Putative marker). Kesimpulan dari penelitian ini ialah terdapatnya beberapa putative marka SSR yang mencirikan karakter tetua tanaman kedelai tahan dan peka CPMMV (Cowpea Mild Mottle Virus) yaitu yang berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer AT14, ATT31, ATT9, AT28, ATT14 dan ATT21.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2008/107/050801207 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Agroekoteknologi |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 23 Apr 2008 09:00 |
| Last Modified: | 21 Oct 2021 06:28 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/127706 |
Preview |
Text
050801207.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |