YuniDiahWulandari (2007) Analisis Keragaman Genetik Tebu (Saccharum sp.) hibrida berdasarkan penanda molekuler mikrosatelit dan morfologi. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Indonesia sebagai pusat penyebaran plasma nutfah tebu merupakan modal dasar dalam pengembangan dan pemuliaan tanaman tebu. Disebabkan banyaknya jumlah plasma nutfah, maka diperlukan adanya suatu metode untuk dapat mengenali, membedakan dan mengelompokkan antar varietas yang dapat dilakukan berdasarkan sifat-sifat morfologi dan agronominya, pola pita enzimnya dan berdasarkan DNAnya. Penggunaan penanda molekuler dilakukan untuk penataan dan pengelompokan klon-klon tebu bermanfaat dalam melengkapi sekaligus memperkuat sistem klasifikasi yang didasarkan pada karakter morfologi tanaman yang selama ini sudah ada. Salah satu marka molekuer yang saat ini telah banyak digunakan adalah Simple Sequence Repeats (SSRs) atau yang biasa disebut mikrosatelit. Penanda mikrosateli telah banyak digunakan dalam sidik jari DNA untuk mendeteksi variasi genetik dan identifikasi varietas, pemetaan gen dan informasi tetua persilangan. Penanda mikrosatelit bersifat multialelik dan reproducible (mudah diulang-ulang) dan kodominan yang dapat membedakan jumlah allel per lokus dengan cepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda morfologi dan penanda mikrosatelit, dan mengetahui hubungan kekerabatan 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda morfologi dan penanda mikrosatelit. Hipotesis yang diajukan adalah diduga terdapat keragaman genetik antara 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda morfologi dan penanda mikrosatelit, dan diduga terdapat hubungan kekerabatan antara 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda morfologi dan penanda mikrosatelit. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan September 2006 di kebun koleksi dan laboratorium bioteknologi P3GI Pasuruan Jawa Timur. Terdapat dua pengamatan yaitu berdasarkan penanda morfologi dan mikrosatelit. Berdasarkan penanda morfologi penelitian dilaksanakan di kebun koleksi dengan mengamati 32 karakter morfologi sebagai parameter pengamatan yaitu daun, ruas, buku ruas dan mata berdasarkan pedoman identifikasi varietas tebu (Sastrowiyono, 1987) dan Seri Pedoman P3GI-5 (Sastrowiyono, 1996). Pengamatan dilakukan terhadap 2 tanaman tiap klon yang berumur 1 tahun. Sedangkan pengamatan molekuler dilakukan dengan menganalisa DNAnya, yang meliputi ekstraksi DNA berdasar metode CTAB Saghai maroof et. al., dengan modifikasi, uji kualitas (elektroforesis) DNA dan kuantitas (spektrofotometri) DNA, optimasi program reaksi PCR, amplifikasi DNA dengan menggunakan lima pasang primer mikrosatelit serta elektroforesis dan visualisasi hasil PCR. Analisa data dilakukan dengan mentransfer data kualitatif berdasarkan penanda mikrosatelit dan morfologi ke dalam bentuk biner. Selanjutnya dilakukan penghitungan koefisien kesamaan genetik berdasar koefisien kesamaan Jaccard. Selanjutnya dilakukan pengelompokan dan penyusunan dendogram berdasarkan metode pengelompokan Unweighted Pair Group Method with Arithmatic mean (UPGMA). Analisa tersebut dilakukan dengan bantuan program NTSYSpc-2.02i (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System versi 2.02i). Dari penelitian yang dilakukan, dapat disimpulkan bahwa keragaman genetik 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda morfologi adalah cukup tinggi. Hubungan kekerabatan 22 klon tebu hibrida paling rendah sebesar 41% pada klon Y 2266 dan IJ 76-564, dan paling tinggi 75% pada klon BL 505 dan COIMB 423. Keragaman genetik 22 klon tebu hibrida berdasarkan penanda mikrosatelit adalah cukup rendah. Hubungan kekerabatan 22 klon tebu hibrida paling rendah 50% pada klon Q 81 dan CP 61-37, dan paling tinggi 100% pada klon BT 1562 dan BO 382 serta pada klon PR 1117 dan PS 41.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2007/050701597 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Agroekoteknologi |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 10 Jul 2007 00:00 |
| Last Modified: | 21 Oct 2021 02:54 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/127434 |
Preview |
Text
050701597.pdf Download (4MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |