"Evaluasi Hasil Isolasi DNA dari Jaringan Terfiksasi Formalin dan Jaringan Segar Hepar Dari Ayam Broiler"

Akbar, Andi Tri Rakhmat (2021) "Evaluasi Hasil Isolasi DNA dari Jaringan Terfiksasi Formalin dan Jaringan Segar Hepar Dari Ayam Broiler". Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ayam broiler memiliki peran yang penting dalam ketersediaan daging untuk memenuhi kebutuhan nutrisi masyarakat dan kesejahteraan dari para peternak ayam. Ada banyak hal yang perlu diperhatikan dalam manajemen peternakan ayam, terutama pada kesehatan ternak ayam. Ternak ayam yang sakit dan mati akan memberikan kerugian ekonomi. Pendekatan molekuler akan membantu dalam seleksi bibit ayam resisten penyakit dan juga dalam diagnosa penyakit. Tahap paling awal dalam biologi molekuler adalah ekstraksi DNA. Hasil dari ekstraksi DNA tergantung dari kondisi sampel setelah dikoleksi, sehingga bergantung pada metode preservasi jaringan sebelum ekstraksi dimulai. Pada umumnya metode yang digunakan dalam preservasi jaringan sampel ekstraksi adalah dengan menggunakan freezer -20°C. Namun pendinginan dapat menyebabkan kristalisasi air yang berakhir ke pergeseran cairan, tekanan osmosis dan perubahan pH. Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil konsentrasi, kemurnian DNA serta hasil elektroforesis pita DNA pada dua sampel dengan proses preservasi berbeda. Proses preservasi jaringan sebelum ekstraksi DNA menggunakan sampel terfiksasi Formalin NS 10%, dimana formalin adalah larutan fiksatif yang dapat menjaga struktur sel namun dapat mempengaruhi adanya ikatan protein dengan DNA. Pada penelitian ini dibandingkan metode penyimpanan sampel hepar pada suhu -20°C dan Formalin NS 10%. Kedua sampel di ekstraksi dengan ThermoScientific GeneJET Genomic DNA Purification Kit. Hasil ekstraksi kemudian di uji secara kuantitatif dengan uji Nanodrop untuk mendapatkan kemurnian dan konsentrasi isolat DNA. Untuk uji kualitatif didapatkan dari visualisasi pita hasil gel electrophoresis. Data hasil uji Nanodrop kemudian di analisis menggunakan uji T (Independent samples T-test) dan analisis visualisasi pita hasil uji gel elektroforesis pada UV-transluminator. Berdasarkan pada uji T (independent sample T-test) tidak terdapat perbedaan yang signifikan pada nilai kemurnian λ 260/280 nm dan Konsentrasi DNA dan terdapat perbedaan yang signifikan pada nilai kemurnian λ 260/230 nm pada kedua metode penyimpanan. Hasil elektroforesis dengan gel agarose 0.8% menunjukkan visualisasi pada kelompok sampel hepar dengan efek smearing sedangkan pada kelompok sampel hepar terfiksasi formalin tidak muncul pita DNA. Oleh karena itu formalin dapat digunakan sebagai larutan fiksatif jaringan isolasi DNA dengan kemurnian dan konsentrasi yang cukup baik namun dengan penurunan kualitas DNA.

English Abstract

Broiler Chicken have a major role in meat availability to fulfill people nutrition needs and the economical welfare of chicken farmers. There are many concerns in chicken farm management especially in health management. Sick and dead chicken will impact the farmer financially. Molecular approach helps in the selection of disease resistant chickens, and also significantly increase the accuracy of disease diagnosis. The very first step in every molecular technique are DNA extractions. The result of DNA extraction depends on the condition of the sample after it is collected, so it depends on the method of preserving the tissue before the extraction begins. In general, the method used in the preservation of the extraction sample tissue is to use a freezer of -20 ° C. However, cooling can cause water crystallization which results in fluid shifts, osmotic pressure and changes in pH. The purpose of this study was to compare DNA purity and concentration, also DNA band expression after different preservation method. The tissue preservation process before DNA extraction used 10% formalin NS as a fixative maintain cell structure but can affect the presence of protein-to-DNA binding. This research will compare the liver storage method at -20 ° C and 10% NS Formalin in the DNA extraction process. Both samples were extracted with ThermoScientific GeneJET Genomic DNA Purification Kit. The extraction results were then tested quantitatively with the Nanodrop test to obtain the purity and concentration of DNA isolates. The qualitative test was obtained from the visualization of the gel electrophoresis result band. The result data from Nanodrop test were analyzed using the T test (Independent samples T-test) and visualization analysis of the band from gel electrophoresis on the UV-transluminator. Based on the independent sample T-Test there are no significant differences between the purity on λ 260/280 nm and DNA concentration but significant difference at λ 260/230 nm purity of both fixative methods. Electrophoresis result with 0.8% agarose gel shows visualization in fresh liver samples with smearing effect but no DNA band in the formalin fixed tissue. The conclusion of the research, formalin is a viable alternative for DNA isolation with relatively good purity and concentration but low DNA quality

Other obstract

-

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052113
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry
Divisions:	Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan
Depositing User:	Unnamed user with username rizky
Date Deposited:	22 Oct 2021 06:42
Last Modified:	27 Sep 2024 07:01
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/184670

Text Andi Tri Rakhmat Akbar.pdf Download (1MB)

Actions (login required)

View Item