Analisis Keragaman Genetik Ikan Lemuru (Sardinella Lemuru) Di Fishing Ground Perairan Selatan Jawa Timur Berdasarkan Sekuen D-Loop DNA Mitokondria

Ikhsani, Siva Nur (2017) Analisis Keragaman Genetik Ikan Lemuru (Sardinella Lemuru) Di Fishing Ground Perairan Selatan Jawa Timur Berdasarkan Sekuen D-Loop DNA Mitokondria. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Hasil tangkapan ikan lemuru di Perairan Jawa Timur khususnya Selat Bali terus mengalami fluktuasi yang cenderung menurun. Hal ini diduga akibat perilaku overfishing dan migrasi ikan lemuru ke perairan yang lebih sesuai dengan habitatnya. Pendekatan secara molekuler dapat digunakan untuk menduga perilaku migrasi dari ikan lemuru karena adanya masukan genetik individu antar populasi yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik ikan lemuru di Perairan Selatan Jawa Timur menggunakan teknik DNA sekuensing. Melalui informasi tentang keragaman genetik ikan lemuru di fishing ground Perairan Selatan Jawa Timur dapat digunakan untuk mengetahui apakah ikan lemuru berasal dari stok yang sama. Pengambilan sampel ikan lemuru dilakukan pada Maret dan April 2017 sebanyak total 20 sampel ikan dari Perairan Selatan Jawa Timur di titik fishing ground Perairan Prigi, Malang Selatan dan Puger. Analisis genetik pada penelitian ini menggunakan metode DNA sekuensing dengan lokus tujuan d-loop yang diamplifikasi dengan primer CRK (5’-AGCTC AGCGC CAGAG CGCCG GTCTT GTAAA-3’) dan CRE (5’ CCTGAAGTAGGAACCAGATG-3’). Sekuen d-loop DNA mitokondria digunakan sebagai lokus tujuan untuk menganalisis keragaman genetik lemuru karena memiliki laju mutasi yang sangat tinggi, sehingga dapat digunakan untuk melihat variasi struktur genetik ikan lemuru dari Perairan Selatan Jawa Timur. Kekerabatan diantara tiga populasi ikan lemuru dilihat dengan analisis filogenetik dan jarak genetik menggunakan software MEGA 6 dengan metode Neighbor joining model Kimura 2-parameter pada replikasi bootstrap 1000. Analisis keragaman genetik untuk mengetahui keragaman haplotipe dan nukleotida serta aliran gen yang terjadi antar populasi Ikan lemuru dengan software DnaSP 5. Penelitian ini menghasilkan panjang fragmen DNA sekitar 651 bp. Secara keseluruhan keragaman genetik ikan lemuru sangat tinggi dengan total variasi haplotipe sebanyak 16 dari 20 sampel yang diteliti. Nilai keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida berturut-turut 0,97 dan 0,02. Keragaman genetik yang tinggi tersebut juga diperkuat dengan nilai aliran gen (Nm) sebesar 2,17 yang menunjukkan bahwa ada masukan genetik yang tinggi antar populasi ikan lemuru. Aliran gen yang tinggi mengindikasikan bahwa ikan lemuru yang bermigrasi menyebabkan pertukaran gen spesies antar populasi. Tingginya keragaman genetik tersebut memberikan informasi bahwa komposit genetik ikan lemuru dari Perairan Selatan Jawa Timur sangat bervariasi sehingga peluang untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan juga tinggi. Kesimpulan yang didapatkan dari penelitian ini menunjukkan bahwa ada kemungkinan ikan lemuru dari tiga Perairan Selatan Jawa Timur berasal dari stok yang sama.

English Abstract

Lemuru catch in East Java waters, especially Bali Strait continues to decline. This is probably due to the migration of lemuru to more suitable waters with their habitat. A molecular approach can be used to estimate the migration of lemuru fish because migratory behavior allows for individual genetic input between different populations. This study aims to determine the genetic diversity of lemuru from Southern waters of East Java using sequencing DNA techniques and confirm whether lemuru populations from all three fishing ground come from the same stock. The results of molecular analysis at the locus of mitochondrial d-loop DNA with CRK and CRE primers result in a DNA fragment length of about 651 bp. Overall genetic diversity of lemuru is very high with total haplotype variation as 16 of 20 samples. The values of haplotype diversity (hd) and nucleotide diversity (π) were 0.97 and 0.02, respectively. The high genetic diversity is also reinforced by a gene flow value (Nm) of 2.17 indicating that there is high genetic input between lemuru populations. The high genetic diversity lemuru indicate opportunities to adapt to a changing environment is also high. This study indicated that there is a possibility of lemuru from three fishing ground South East Java waters come from the same stock.

Item Type: Thesis (Sarjana)
Identification Number: SKR/FPR/2017/886/051711961
Uncontrolled Keywords: ikan lemuru, d-loop, keragaman genetik, pendugaan stok, migrasi
Subjects: 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.2 Commercial fishing, whaling, sealing > 639.27 Fishing for specific kinds of fishes > 639.274 5 Fishing for specific kinds of fishes (Clupeomorpha)
Divisions: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan
Depositing User: Kustati
Date Deposited: 18 Dec 2017 01:03
Last Modified: 20 Oct 2020 15:33
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/7121
Full text not available from this repository.

Actions (login required)

View Item View Item