Setiawan, Aditya (2017) Analisa Kekerabatan Sapi Jaliteng (Jawa Bali Banteng) Melalui Identifikasi Gen D-Loop (Displacement Loop) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Sapi Jaliteng merupakan hasil kawin silang dari Banteng Jawa dengan Sapi Bali. Kekerabatan antar spesies dapat digunakan sebagai langkah awal dalam peningkatan mutu genetik. Analisis DNA mitokondria merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik melalui gen D-Loop (Displacement Loop).Penelitian ini bertujuan untuk menentukan hubungan kekerabatan Sapi Jaliteng dengan Banteng Jawa dan Sapi Bali berdasarkan identifikasi gen D-Loop dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). DNA diisolasi menggunakan Qiagen Qiaamp Mini Kit melalui sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian gen D-Loop dalam DNA mitokondria diamplifikasi dengan menggunakan teknik PCR dengan primer Forward (Primer_1_F) „GCATCTTGAGCACCAGCATA‟ dan Reverse (Primer_1_R) „GGGCCTGCGCTTATATATTG‟, kemudian dilakukan uji kualitas PCR, purifikasi PCR, dan dilakukan sekuensing produk PCR serta analisa data dengan menggunakan software BioEdit dan NCBI BLAST.Hasil penelitian menunjukkan adanya mutasi tranversi pada urutan nukleotida ke-205 dan insersi pada urutan nukleotida ke-207 sampel Sapi Bali terhadap Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 dan JQ002668.1. Sampel Sapi Jaliteng menunjukkan adanya gap pada urutan nukletoda ke-276 dan 277. Analisa pohon filogenetik dan pairwise distancemenunjukkan Sapi Jaliteng memiliki jarak genetik 0.000 terhadap Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 dan JQ002668.1 serta memiliki jarak genetik 0.006 terhadap Sampel DNA Sapi Bali, maka dapat disimpulkan bahwa Sapi Jaliteng lebih berkerabat dengan Banteng Jawa dibandingkan dengan Sapi Bali.
English Abstract
Jaliteng cow is the result of interbreeding of Javan Bull with Bali Cattle. Genetic lineage between species can be used as an initial step to increase genetic quality. Genetic similiarity between species and individuals can be seen by use of genetic analysis. Mitochondrial DNA analysis is one way to that can be used to know genetic diversity through gene D-Loop (Displacement Loop). The preemience of this gene is to be able to determine the genetic lineage between individual in one family as well as having genetic diversity specific, so that it can be revealed that they have had different intraspecies in phylogenetic. This research was aimed to determine a connection based on D-Loop genes using PCR (Polymerase Chain Reaction) method. DNA was isolated using Qiagen Qiaamp Mini Kit through a blood, sample, then the quantity of DNA was amplified by PCR methods using primer Forward (Primer_1_F) ‟GCATCTTGAGCACCAGCATA‟ and Reverse (Primer_1_R) „GGGCCTGCGCTTATATATTG‟ and then testing the quality product of PCR, purifying PCR product, and the PCR product has sequenced also data analysis using softwareBioEdit and NCBI BLAST.The result of this research shown a tranversion mutation at the 205th base of Bali cattle nucleotid that compared with Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 and JQ002668.1. Jaliteng sample shown gap at the 276-277th base.Filogenetic tree and pairwise distance analysis shown that Jaliteng cow has 0.000 genetic distance by Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 and JQ002668.1 and has 0.006 genetic distance by DNA sample of Bali Cattle.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FKH/2017/134/051709455 |
| Uncontrolled Keywords: | Displacement Loop, DNA Mitokondria, Jaliteng, PCR, Pairwise Distance |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 636 Animal husbandry > 636.08 Specific topics in animal husbandry > 636.082 Breeding > 636.082 1 Genetics |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan |
| Depositing User: | Yusuf Dwi N. |
| Date Deposited: | 17 Oct 2017 08:25 |
| Last Modified: | 08 Dec 2020 04:34 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/3854 |
Actions (login required)
 |
View Item |