Optimasi Desain Kandidat Primer Parasit Toxocara Cati Dengan Metode PCR Dengan Target Gen COX1 Dan ND5 Pada Kucing Di Malang

Novita Y.P, Ni Kadek and drh. Reza Yesica, M.Sc (2024) Optimasi Desain Kandidat Primer Parasit Toxocara Cati Dengan Metode PCR Dengan Target Gen COX1 Dan ND5 Pada Kucing Di Malang. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Toxocara cati merupakan parasit obligat ekstraseluler yang termasuk dalam filum Nematoda. Spesies Toxocara cati menyebabkan penyakit toksokariosis yang bersifat zoonosis. Infeksi pada kucing mengakibatkan diare, hypoalbunemia, anoreksia, dan abdomen tampak menggantung yang penularan dapat melalui rute ingesti dan transmamary. Metode penelitian ini menggunakan sampel cacing dewasa dan feses kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan feses dan Polymerase Chain Reaction (PCR). Primer merupakan komponen penting dalam pelaksanaan metode PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan hasil kandidat desain primer terbaik secara in silico menggunakan primer BLAST di NCBI (National Center for Biotechnology Information). Gen target penelitian menggunakan gen COX1 dan ND5 yang termasuk DNA mitokondria sebagai cetakan (template). Kriteria desain primer yang optimum didasarkan pada parameter panjang primer, Tm (temperature melting), GC%, struktur sekunder, dan kespesifikan hasil BLAST. Hasil penelitian berhasil menujukkan sepasang desain primer forward TCnd5R 5’-ACTGCTGGCCTTGTATTGGT-3’, dan reverse, gen TCnd5F 5’-ACACAGAACGCCTAAACCTCA-3’ dapat mengamplikasi Toxocara cati dengan hasil skoring pita bersih dan jelas sebesar 550 bp pada suhu 53◦C serta hasil filogenetik yang telah spesifik terhadap Toxocara cati.

English Abstract

Toxocara cati is an extracellular obligate parasite that belongs to the phylum Nematoda. Toxocara cati species cause the zoonotic disease toxocariosis. Infection in cats results in diarrhea, hypoalbunemia, anorexia, and a hanging abdomen that can be transmitted through ingestion and transmamary routes. This research method uses adult and fecal worm samples followed by fecal examination and Polymerase Chain Reaction (PCR). Primer is an important component in the implementation of PCR method. This study aims to obtain the results of the best primer design candidates in silico using BLAST primers at NCBI (National Center for Biotechnology Information). The target genes used COX1 and ND5 genes which include mitochondrial DNA as templates. Optimum primer design criteria are based on primer length parameters, Tm (melting temperature), GC%, secondary structure, and specificity of BLAST results. The results showed that a pair of primer design TCnd5R forward 5'-ACTGCTGGCCTTGTATTGGT-3', and reverse, TCnd5F gene 5'-ACACAGAACGCCTAAACCTCA-3' can amplify Toxocara cati with a clean and clear band score of 550 bp at 53◦C and phylogenetic results that have been specific to Toxocara cati.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0524130050
Uncontrolled Keywords:	desain primer, gen COX1, gen ND5, PCR, Toxocara cati.
Divisions:	Fakultas Kedokteran Hewan > Kedokteran Hewan
Depositing User:	Endang Susworini
Date Deposited:	04 Mar 2024 06:07
Last Modified:	04 Mar 2024 06:07
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/216528

Text (DALAM MASA EMBARGO) Ni Kadek Novita.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB)

Actions (login required)

View Item