Formulasi Komposisi PCR Kit Beserta Proses Optimasinya dalam Pengujian DNA Babi pada Sampel Daging Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction Konvensional

Helina Soeprajitno, Johanna and Dr. Ir. Joni Kusnadi, M.Si and Feronika Heppy S, STP, MP, Ph.D (2023) Formulasi Komposisi PCR Kit Beserta Proses Optimasinya dalam Pengujian DNA Babi pada Sampel Daging Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction Konvensional. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Salah satu teknik sederhana yang dapat digunakan untuk mendeteksi kehalalan adalah Polymerase Chain Reaction (PCR) yang disertai dengan uji lanjutan menggunakan elektroforesis. Beberapa komponen PCR yang dibutuhkan di antaranya adalah template DNA, primer forward dan reverse, ddH2O, dan master mix (DNA polimerase, dNTP, MgCl2, buffer). Penggunaan master mix komersial terkadang tidak dapat memberikan hasil yang maksimal, seperti ditunjukkan dengan terbentuknya smear pada pita hasil elektroforesis. Hal ini dapat terjadi karena amplifikasi yang tidak berjalan maksimal selama proses PCR. Salah satu solusi yang dapat dilakukan adalah dengan membuat formulasi PCR kit menggunakan komponen-komponen PCR yang terpisah (tidak dalam bentuk master mix), seperti dengan cara menambahkan template DNA, primer forward dan reverse, ddH2O, DNA polimerase, dNTP, MgCl2, dan buffer secara terpisah. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan agar nantinya dapat diperoleh proses amplifikasi yang maksimal, serta data hasil elektroforesis yang lebih baik dan tidak menunjukkan hasil smear dengan menggunakan formulasi komposisi PCR kit sendiri. Apabila berhasil, PCR kit tersebut dapat digunakan untuk meningkatkan kualitas hasil dari proses PCR konvensional dalam rangka mendeteksi kehalalan suatu produk pangan. Penelitian dilakukan dengan melakukan ekstraksi DNA babi menggunakan metode chloroform-isoamylalcohol (CI), melakukan formulasi (terdiri dari 1 formulasi master mix komersial dan 4 formulasi buatan sendiri) dan mengoptimasi PCR kit buatan sendiri, pelaksanaan proses PCR dan elektroforesis, serta membandingkan hasil antara penggunaan PCR kit komersial dengan PCR kit buatan sendiri. Hasil formulasi terbaik yang diperoleh dari penelitian ini adalah formulasi buatan sendiri yang dimodifikasi dari literatur Waters dan Shapter (2014), yang ditunjukkan dengan terbentuknya pita DNA yang tebal, dengan smear paling tipis dibandingkan dengan formulasi lainnya.

English Abstract

A simple technique that can be used to detect halal is the Polymerase Chain Reaction (PCR) which is accompanied by an advanced test using electrophoresis. Some of the PCR components needed are DNA templates, forward and reverse primers, ddH2O, and master mix (DNA polymerase, dNTP, MgCl2, buffer). The use of commercial master mix sometimes cannot give maximum results, as indicated by the formation of smears on the electrophoresis result bands. This can happen because the amplification does not run optimally during the PCR process. One of the possible solution is to make a PCR kit formulation using separate PCR components (not in the form of a master mix), such as adding DNA templates, forward and reverse primers, ddH2O, DNA polymerase, dNTP, MgCl2, and buffers separately. This research was conducted with the aim of obtaining the maximum amplification process, as well as better electrophoresis data results and not showing smear results using the formulation of the PCR kit composition itself. If successful, the PCR kit can be used to improve the quality of results from conventional PCR process in order to detect the halal of a food product. The research was carried out by extracting porcine DNA using the chloroform-isoamylalcohol (CI) method, formulating (consisting of 1 commercial master mix formulation and 4 homemade formulations) and optimizing homemade PCR kits, carrying out PCR and electrophoresis processes, and comparing the results between the use of commercial PCR kits and homemade PCR kits. The best formulation results obtained from this study were homemade PCR kit formulations modified from the literature Waters and Shapter (2014), which were indicated by the formation of thick DNA bands, with the thinnest smears compared to other formulations.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	052310
Uncontrolled Keywords:	Deteksi Halal, DNA Babi, Formulasi, PCR Kit, PCR Konvensional, Conventional PCR, Formulation, Halal Detection, PCR Kit, Porcine DNA
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Teknologi Industri Pertanian
Depositing User:	Annisti Nurul F
Date Deposited:	17 Jan 2024 06:08
Last Modified:	17 Jan 2024 06:08
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/211450

Text (DALAM MASA EMBARGO) Johanna Helina Soeprajitno.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (2MB)

Actions (login required)

View Item