Analisis keragaman genetik ikan sili (Macrognathus aculeatus) berdasarkan DNA mitokondria region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) di Desa Gampingan, Kecamatan Pagak, Kabupaten Malang.

Siamiaji, Resang Hanan and Wahyu Endra Kusuma,, S.Pi, MP, D.Sc and Aulia Rahmawati,, S.P., M.Sc. (2023) Analisis keragaman genetik ikan sili (Macrognathus aculeatus) berdasarkan DNA mitokondria region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) di Desa Gampingan, Kecamatan Pagak, Kabupaten Malang. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan sili (Macrognathus aculeatus) merupakan salah satu ikan asli penghuni perairan indonesia. Sungai Brantas merupakan salah satu habitat hidup ikan sili, sayangnya keberadaan ikan sili di sungai Brantas sudah mulai sulit ditemui. Analisis keragaman genetik merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk mengetahui kondisi populasi dari suatu spesies organisme yang menempati suatu habitat. Hasil dari penelitian ini nantinya dapat menggambarkan bagaimana kondisi populasi dari ikan sili yang ada di aliran Sungai Brantas yang ada di Kabupaten Malang. Harapannya hasil yang diperoleh dari hasil penelitian ini nantinya dapat digunakan sebagai dasar kegiatan domestikasi dan konservasi ikan sili yang ada di aliran Sungai Brantas di Kabupaten Malang. Penelitian ini dilaksanakan mulai dari bulan Desember 2022 hingga Maret 2023 di Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumberdaya Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dan Laboratorium Ekologi dan Diversitas Hewan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya, Kota Malang. Sampel spesimen ikan sili yang digunakan berasal dari aliran Sungai Brantas yang ada di Desa Gampingan, Kecamatan Pagak, Kabupaten Malang. Sampel diambil menggunakan metode random sampling sebanyak 10 sampel. DNA target yang digunakan dalam penelitian ini adalah DNA Mitokondria Region Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) yang diperoleh dari proses amplifikasi menggunakan Primer Universal FishF1R1. Sequencing yang dilakukan menggunakan metode Dye – Terminator Sequence, Sanger. Keragaman genetik dalam penelitian ini dianalisis berdasarkan indeks keragaman dan diferensiasi genetik. Indeks keragaman yang digunakan dalam penelitian ini berupa nilai haplotipe (H), Keragaman haplotipe (Hd) dan Keragaman nukleotida (π). Data pembanding yang digunakan dalam penelitian ini adalah data M. aculeatus yang berasal dari Kabupaten Lumajang, kabupaten Mojokerto, India, China serta sepesies M. siamensis yang berasal dari Malaysia dan M. aral dari india. Nilai indeks keragaman yang diperoleh dari perhitungan menggunakan aplikasi DNAsp diperoleh nilai haplotipe (H = 4), keragaman haplotipe (Hd = 0,533) dan keragaman nucleotide (π = 0,00129). Hasil perhitungan diferensiasi genetik yang diperoleh bahwa ikan sili yang berasal dari aliran Sungai Brantas memiliki nilai terendah dengan ikan sili yang berasal dari Lumajang dengan nilai diferensiasi (-0,32353) dan tertinggi diperoleh M. aral yang berasal dari China (0,98771). Hasil interpretasi dari indeks keragaman menunjukan bahwa populasi ikan sili pada Sungai Brantas dikategorikan sebagai populasi yang baru saja mengalami penurunan populasi terlihat dari nilai keragaman nukleotida yang masih rendah dan sedang dalam tahapan pemulihan populasi yang tergambarkan pada tingginya nilai keragaman haplotipe.

English Abstract

Sili fish (Macrognathus aculeatus) is one of the native fish that inhabit Indonesian waters. The Brantas River is one of the living habitats for sili fish, unfortunately the existence of sili fish in the Brantas river is starting to be difficult to find. Analysis of genetic diversity is one method that can be used to determine the population condition of a species of organism that occupies a habitat. The results of this study will be able to describe the condition of the population of sili fish in the Brantas River in Malang Regency. It is hoped that the results obtained from this research can later be used as a basis for conservation and domestication of sili fish in the Brantas River in Malang Regency. This research was conducted from December 2022 to March 2023 at the Hydrobiology Laboratory of the Fisheries Resources Division, Faculty of Fisheries and Marine Sciences and Animal Ecology and Diversity Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Brawijaya University, Malang City. The sili fish specimen sample used came from the Brantas River in Gampingan Village, Pagak District, Malang Regency. Samples were taken using random sampling method of 10 samples. The target DNA used in this study was Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) Region Mitochondrial DNA which was obtained from the amplification process using the Universal Primer FishF1R1. Sequencing was carried out using the Dye – Terminator Sequence method, Sanger. Genetic diversity in this study was analyzed based on the index of genetic diversity and differentiation. The diversity indices used in this study were haplotype values (H), haplotype diversity (Hd) and nucleotide diversity (π). The comparative data used in this study were M. aculeatus originating from Lumajang District, Mojokerto District, India, China as well as M. siamensis species originating from Malaysia and M. aral from India. The diversity index values obtained from calculations using the DNAsp application obtained haplotype values (H = 4), haplotype diversity (Hd = 0.533) and nucleotide diversity (π = 0.00129). The results of the calculation of genetic differentiation obtained found that the sili fish originating from the Brantas River flow had the lowest value with the sili fish originating from Lumajang with a differentiation value (-0.32353) and the highest was obtained by M. aral originating from China (0.98771) . The results of the interpretation of the diversity index show that the population of sili fish in the Brantas River is categorized as a population that has recently experienced a population decline as seen from the nucleotide diversity value which is still low and is in the stage of population recovery which is illustrated by the high haplotype diversity value.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0523080643
Uncontrolled Keywords:	Macrognathus aculeatus, Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI), keragaman haplotipe, keragaman nukleotida, diferensiasi genetik.Macrognathus aculeatus, Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI), haplotype diversity, nucleotide diversity, genetic differentiation.
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.3 Culture of cold-blooded vertebrates
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	02 Jan 2024 08:25
Last Modified:	02 Jan 2024 08:25
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/205731

Text (DALAM MASA EMBARGO) Resang Hanan Siamiaji.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2025. Download (5MB)

Actions (login required)

View Item