Identifikasi Spesies Tilapia Penangkaran di Ranu Klakah berdasarkan Wilayah Kontrol DNA Mitokondria

Valerie, Imelda and Dr. Yuni Kilawati, S.Pi, M.Si (2022) Identifikasi Spesies Tilapia Penangkaran di Ranu Klakah berdasarkan Wilayah Kontrol DNA Mitokondria. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ranu Klakah merupakan danau yang berada di Kabupaten Lumajang, Jawa Timur. Danau dengan luas 22 hektar ini telah banyak dimanfaatkan untuk berbagai kegiatan seperti tempat wisata, sumber air baku, dan kegiatan budidaya dengan sistem Keramba Jaring Apung (KJA). Pesatnya aktivitas di badan air Ranu Klakah selain memberikan dampak positif juga menyebabkan perubahan kondisi lingkungan perairan yang dapat berakibat pada perubahan komposisi spesies. Ikan tilapia merupakan salah satu spesies ikan air tawar yang memiliki nilai ekonomis penting dalam perikanan budidaya dan banyak dipasarkan karena mengandung gizi yang cukup, warna daging yang bersih dan rasa dagingnya yang khas. Di beberapa wilayah terdapat spesies ikan yang berbeda tetapi dipasarkan secara bersama sehingga perlu adanya identifikasi spesies secara molekuler menggunakan DNA mitokondria. Kelebihan dari mtDNA yaitu memiliki ukuran lebih kecil, jumlah salinannya banyak dan hanya diwariskan secara maternal atau hanya melalui garis ibu. Penelitian ini bertujan untuk mengidentifikasi spesies tilapia penangkaran dan menganalisis kualitas air di Ranu Klakah, Lumajang, Jawa Timur. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Hidrobiologi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dan di Laboratorium Sentral Ilmu Hayati (LSIH), Universitas Brawijaya pada bulan Mei – Agustus 2022. Metode identifikasi yang digunakan yaitu secara morfologi dan molekuler dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan gen COI DNA mitokondria. Sebanyak 25 ikan tilapia dikoleksi dan diamati morfologinya. Ikan dengan perbedaan morfologi selanjutnya diambil dagingnya untuk kegiatan ekstraksi DNA, lalu diamplifikasi dengan teknik PCR, selanjutnya di visualisasi pada tahap elektroforesis, kemudian di sekuensing sehingga diperoleh data berupa elektroferogram, Setelah itu dianalisis menggunakan software BioEdit dan dibandingkan dengan sekuen pada GenBank dan dianalisis filogenetik. Sampel air diambil dari inlet, KJA dan outlet untuk dilakukan analis kualitas air. Parameter yang diukur yaitu suhu, pH, DO,amonia, nitrat, nitrit dan BOD selanjutnya dibandingkan dengan kriteria untuk kegiatan budidaya ikan. Hasil identifikasi BLAST ditemukan sampel yang memiliki kemiripan dengan spesies Oreochromis aureus x Oreochromis niloticus dan Oreochromis niloticus. Sedangkan hasil analisis filogenetik hanya menghasilkan sampel ikan yang memiliki kemiripan dengan Oreochromis niloticus dan strain lain yang belum terdapat pada GenBank. Hasil pengukuran parameter kualitas air (suhu, pH, DO, nitrit, amonia) yang diperoleh setiap pengamatan menunjukkan kisaran parameter yang masih cukup mendukung pertumbuhan ikan nila. Suhu air berada pada kisaran 27°C – 28 °C, kadar pH pada perairan yaitu 7, DO berkisar antara 11,8 mg/L – 13,3 mg/L, kadar nitrit 0 mg/L, kadar amonia <0.15. Sedangkan untuk parameter BOD di KJA tergolong tercemar rendah dengan kadar 3,1 mg/L yang melebihi baku mutu, dan kadar nitrat melebihi baku mutu yaitu berkisar 25-50 mg/L.

English Abstract

Ranu Klakah is a lake located in Lumajang Regency, East Java. The lake with an area of 22 hectares has been widely used for various activities such as tourist attractions, raw water sources, and cultivation activities with a floating net cages (KJA) system. The rapid activity in the Ranu Klakah water body in addition to having a positive impact also causes changes in aquatic environmental conditions that can cause changes in species composition because fish are susceptible to environmental changes. Tilapia is a species of freshwater fish that has important economic value in aquaculture and is widely marketed because it contains adequate nutrition, clean flesh color and distinctive meat taste. In some areas there are different fish species but marketed together so that it is necessary to identify molecular species using mitochondrial DNA. The advantages of mtDNA are that it is smaller in size, has many copies and is only inherited maternally or only through the maternal line. This research aims to identify captive tilapia species and analyze water quality at Ranu Klakah, Lumajang, East Java. This research was carried out at the Hydrobiology Laboratory, Faculty of Fisheries and Marine Sciences and at the Central Laboratory of Biological Sciences (LSIH), Universitas Brawijaya in May – August 2022. The identification method used was morphologically and molecularly with PCR (Polymerase Chain Reaction) technique using genes C01 Mitochondrial DNA. A total of 25 tilapia fish were collected and their morphology observed. Fish with morphological differences were then taken for meat for DNA extraction activities, then amplified using the PCR technique, then visualized at the electrophoresis stage, then sequenced so that data was obtained in the form of an electropherogram. After that, it was analyzed using BioEdit software and compared with the sequences on GenBank and phylogenetic analysis. Water samples were taken from the inlet, cage and outlet for analysis of water quality. The parameters measured were temperature, pH, DO, ammonia, nitrate, nitrite and BOD and then compared with the criteria for fish farming activities. The results of BLAST identification found samples that had similarities with the species Oreochromis aureus x Oreochromis niloticus and Oreochromis niloticus. Whereas the results of phylogenetic analysis only show fish samples that had similarities with Oreochromis niloticus and other strain which has not been added in GenBank. While the results measurement of water quality parameters (temperature, pH, DO, nitrite, ammonia) obtained by each observation showed a range of parameters that were still sufficient to support the growth of tilapia. The water temperature is in the range of 27°C – 28°C, pH levels in the waters are 7, DO ranges from 11.8 mg/L – 13.3 mg/L, nitrite levels are 0 mg/L, ammonia levels are <0.15. Meanwhile, the BOD parameter in the KJA is classified as low polluted with levels of 3.1 mg/L which exceeds the quality standard, and nitrate levels exceeds the quality standard, which is in the range of 25-50 mg/L.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522080280
Subjects:	300 Social sciences > 333 Economics of land and energy > 333.9 Other natural resources > 333.95 Biological resources > 333.956 Fishes
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Manajemen Sumberdaya Perairan
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	04 Apr 2023 02:59
Last Modified:	04 Apr 2023 02:59
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/197885

Text (DALAM MASA EMBARGO) Imelda Valerie.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (5MB)

Actions (login required)

View Item