Pengembangan Marka SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) untuk Deteksi Produktivitas Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L)

Auliadewi, Nur and Dr. Ir. Joni Kusnadi, M.Si. and Prof. Dr. Ir. Estri Laras Arumingtyas,, M.Sc.St. (2022) Pengembangan Marka SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) untuk Deteksi Produktivitas Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Cabai rawit (Capsicum frutescens L) merupakan tanaman hortikultura yang banyak dikonsumsi masyarakat Indonesia dan kebutuhannya selalu meningkat setiap tahun, untuk memenuhi kebutuhan ini dapat dilakukan pemuliaan tanaman. Pemuliaan tanaman merupakan kegiatan menghasilkan varietas baru dengan sifat tanaman secara kuantitatif dan kualitatif lebih baik dibanding dengan varietas sebelumnya. Salah satu tahapan pemualian tanaman yaitu seleksi morfologi dimana waktu pengamatan lebih lama karena harus menunggu tanaman tumbuh dengan sempurna sehingga tanaman dapat diamati. Solusi yang dapat dilakukan untuk mempersingkat waktu pengamatan dengan seleksi marka molekuler yang didasarkan pada sifat genetik tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan marka seleksi molekuler SCAR yang digunakan untuk deteksi produktivitas tinggi dan rendah pada tanaman cabai rawit. Tahapan penelitian ini meliputi pemilihan sampel, ekstraksi DNA sampel, analisis RAPD, sekuensing pita RAPD, desain primer, dan analisis SCAR. Sampel menggunakan daun muda tanaman cabai rawit keturunan varietas Cakra Hijau G1/01 yang telah dimutasi dengan senyawa Ethyl Methane Suplhonate (EMS) 0,01% yang memiliki tingkat kepedasan lebih tinggi, ukuran lebih besar, dan kandungan capsaisin lebih banyak. Ekstraksi sampel menggunakan metode isolasi CTAB serta dianalisis dengan metode PCR dan elektroforesis gel agarosa. Sampel diamplifikasikan dengan 20 primer RAPD dimana pita hasil amplifikasi disekuensing untuk mendapatkan susunan basa nitrogen yang menjadi dasar pendesainan primer marka SCAR. Berdasarkan hasil penelitian, didapatkan 5 desain primer SCAR yaitu D1, D2, D3, D4, dan E yang berhasil membedakan tanaman cabai rawit produktivitas tinggi dan produktivitas rendah. Primer D1 menghasilkan pita untuk produktivitas rendah dengan berat ukuran 800 bp, serta primer D3 menghasilkan pita untuk produktivitas tinggi ukuran 650 bp dan pita untuk produktivitas rendah pada ukuran 1000 bp.

English Abstract

Chili pepper (Capsicum frutescens L) is a horticultural plant that widely consumed by Indonesian people and its needs are always increasing every year, to meet this needs can be carried out by plant breeding. Plant breeding is an activity to produce new varieties with a better quantitative and qualitative characteristics that are better than the previous varieties. Plant breeding includes morphological selection where the observation time is longer because they have to wait for the plant to grow perfectly so that the plant can be observed. The solution that can be done to shorten the observation time is by selecting molecular markers based on plant genetic traits. This study aims to develop SCAR molecular selection markers that are used as analysis markers for detecting high and low productivity in chili pepper plants where high productivity plants produce fruit every harvest season with more spicy taste, and larger size. This research include sample selection, extraction DNA sample, RAPD analysis, RAPD band sequencing, primer design, and SCAR analysis. The sample used the young leaves of chili pepper plant descendants of the Cakra Hi jau G1/01 variety that had been mutated with 0,01% Ethyl Methane Sulphonate (EMS) compound which had a higher spiciness level, larger size, and more capsaicin content. Samples were extracted using CTAB isolation method then analyzed by PCR and agarose gel electrophoresis methods. The sample was amplified with 20 RAPD primers whose amplification band results were sequenced to obtain a nitrogen base composition which became the basis for designing the primers for SCAR markers. Based on the results of the study 5 primers SCAR designs were obtained namely D1, D2, D3, D4, dan E which succeded in differentiate high and low productivity chili pepper plants. Primer D1 produces a low productivity band at 800 bp, also primer D3 produce a high productivity band at 650 bp and a low productivity band at 1000 bp.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522100262
Uncontrolled Keywords:	Cabai Rawit (Capscium frutescens L.), RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA), SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), Produktivitas Tanaman,Chili pepper (Capscium frutescens L.), RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA), SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), Plant Productivity
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 630 Agriculture and related technologies
Divisions:	Fakultas Teknologi Pertanian > Keteknikan Pertanian
Depositing User:	soegeng sugeng
Date Deposited:	02 Jan 2023 01:59
Last Modified:	02 Jan 2023 01:59
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/196462

	Text (DALAM MASA EMBARGO) Nur Auliadewi.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (4MB)
	Other (Generate index codes conversion from text to indexcodes) indexcodes.txt Restricted to Registered users only Download (0B)

Actions (login required)

View Item