Deskripsi Geografis, Morfologis Dan Keragaman Genetik Barbodes Binotatus (Val.1842) Dengan Pendekatan Mitochondrial Dna Region Coi (655 bp)

Astuti, Septiana Sri and Dr. Ir. Dewa Gede Raka Wiadnya, M.Sc and Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, M.P., D.Sc (2019) Deskripsi Geografis, Morfologis Dan Keragaman Genetik Barbodes Binotatus (Val.1842) Dengan Pendekatan Mitochondrial Dna Region Coi (655 bp). Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan Wader Cakul termasuk dalam genus Barbodes (Bleeker, 1859), tersusun atas 44 spesies dan dilaporkan 10 spesies yang ditemukan di Indonesia. Ikan ini sudah mulai dikembangkan menjadi komoditas budidaya karena harganya yang relatif tinggi walaupun berukuran sangat kecil ( 10 cm SL). Wader Cakul mempunyai beragam nama lokal dengan penciri morfologi yang juga beragam. Konfirmasi Wader Cakul dengan nama ilmiah Barbodes binotatus (Val, 1842) memerlukan pembuktian secara morfologis maupun genetik melalui analisis DNA. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk menelusuri karakter morfologi dan genetik dari ikan Wader Cakul berdasarkan wilayah geografi yang berbeda. Analisis keragaman genetik dan hubungan filogenetik dengan teknik DNA sequencing bertujuan untuk mengetahui informasi urutan basa nukleotida. Proses analisis sampel dilaksanakan dengan ekstraksi, Polymerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis dan DNA sekuensing. Analisis data menggunakan tiga aplikasi molekuler yakni MEGA untuk identifikasi, jarak genetik dan filogenetik, Arlequin 3.5 untuk keperluan analisis struktur populasi dan DnaSP 4.0 untuk melihat keragaman genetik populasi. Analisis dilakukan pada 150 sampel jaringan yang terbagi dari 3 wilayah di Jawa Timur, Jawa Tengah dan Jaawa Barat. Pengukuran parameter morfometri dilakukan melalui aplikasi tpsDig dilanjutkan dengan analisis bentuk dan PCA. Analisis bentuk dilakukan dengan analisis Symmetry Asymmetry Geometric Data untuk mengidentifikasikan ada tidaknya pola asimetris yang muncul akibat dari lingkungan geografis yang berbeda. Barcoding spesies dilakukan melalui analisis DNA pada region Cytochrome Oxydase SubUnit I (COI). Data hasil sekuensing dianalisis melalui beberapa pendekatan bioinformatik, termasuk rekonstruksi pohon filogenetik dengan menggunakan Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA). Penelitian diharapkan dapat memberikan informasi terkait keragaman morfologis dan genetik B. binotatus pada wilayah geografis yang berbeda sehingga dapat dijadikan acuan dalam upaya pengembangan spesies sebagai target budidaya. Hasil analisis morfologi dan meristik menunjukan kesamaan ciri antar wilayah sampling (Jawa Timur, Jawa Tengah dan Jawa Barat) pada sebagian besar ciri morfologi. Analisis geometrik morfometrik bentuk tubuh pada wilayah Jawa Timur, Jawa Tengah dan Jawa Barat tidak berbeda nyata (p>0.01). Hasil analisis PCA menunjukan bahwasanya populasi sampel di wilayah Jawa Timur, Jawa Tengah dan Jawa Barat memiliki persentase varian yang tinggi pada truss morphometry dengan karakter TLSL (Total Length – Standart Length) dengan persentase 40%. Keragaman genetik pada wilayah perairan Sungai Tawang (Pasuruan), Sungai Opak (Yogyakarta) dan Sungai Cisanggarung (Bogor) tergolong rendah dengan jumlah haplotipe (h) 1 (satu), haplotype diversity (Hd) = 0.000 dan nucleutide diversity (Π) = 0.000. Analisis struktur populasi menunjukan bahwasanya terjadi diferensiasi genetik antara populasi Pasuruan, Yogyakarta dan Cirebon dengan nilai FST = 1.00 sehingga tidak terjadi pertukaran gen pada populasi tersebut dan dapat dikatakan bahwasanya populasi Pasuruan, Yogyakarta dan Cirebon merupakan populasi yang berbeda.

Item Type:	Thesis (Magister)
Identification Number:	TES/597.482/AST/d/2019/041911368
Subjects:	500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.4 Miscellaneous superorders of Actinopterygii > 597.48 Cypriniformes > 597.482 Cyprinidae (Carp family)
Divisions:	S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Depositing User:	Budi Wahyono Wahyono
Date Deposited:	26 Sep 2022 03:31
Last Modified:	26 Sep 2022 03:31
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/194812

Text Septiana Sri Astuti.pdf Download (4MB)

Actions (login required)

View Item