Analisis In Silico Senyawa Pada Cuka Buah Pedada Tanpa Kulit Sebagai Penghambat Enzim HMG-CoA Reduktase

Wahyono, Ricko Dudi and Dr. Ir. Hardoko,, MS (2021) Analisis In Silico Senyawa Pada Cuka Buah Pedada Tanpa Kulit Sebagai Penghambat Enzim HMG-CoA Reduktase. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Buah mangrove pedada (Sonneratia alba) memiliki warna hijau, mempunyai aroma yang sedap, rasa asam, tidak beracun dan dapat langsung dimakan (Manalu et al., 2013). Buah mangrove pedada menurut Paputungan et al. (2017), merupakan salah satu jenis mangrove yang dapat dimakan langsung. Senyawa yang terkandung pada buah Sonneratia alba berpotensi dijadikan bahan pangan fungsional ataupun sebagai obat. Cuka menurut Zubaidah dan Veronica (2014), merupakan cairan hasil fermentasi alkohol yang diikuti dengan fermentasi asetat. Produk ini merupakan suatu larutan asam asetat dalam air yang mengandung cita rasa, warna, dan kandungan yang terekstrak serta garam organik dari buah yang dipakai sebagai bahan baku. Salah satu contoh pemanfaatan cuka sebagai pangan fungsional menurut Mariana et al. (2020), cuka hasil olehan buah “mandai” atau cempedak (Artocarpus integer) dapat menurunkan kolesterol. Kandungan cuka apel juga dapat menurunkan kadar kolesterol total dan kolesterol LDL pada darah mencit yang mengalami hiperkolesterolmia (Setyaningrum dan Sugiharto, 2015). Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan Hasibuan (2014), menyebutkan bahwa metabolit asam laktat mampu menurunkan kadar kolesterol darah. Peranan senyawa flavonoid, tanin, fenol dan alkaloid dalam bidang kesehatan dapat menurunkan total kadar kolesterol darah. Kolesterol menurut Muharrami (2011), merupakan salah satu unsur penting didalam tubuh yang diperlukan untuk mengatur proses kimiawi. Kolesterol merupakan komponen utama dalam proses pembuatan cairan empedu. Apabila kolesterol mencapai titik yang tinggi maka dapat terjadi pengendapan dalam pembuluh darah dan dapat menyebabkan gangguan pada aliran darah. Pengobatan kolesterol menurut Nilawati et al. (2008) yang dilakukan sampai saat ini ialah mengatur pola makan sehat ataupun mengonsumsi obat jenis statin, niasin dan gemfribozil. Obat statin memiliki kinerja mencegah produksi enzim dalam lever yang menghasilkan kolesterol. Metode yang digunakan dalam penelitian ini ialah metode eksperimen dengan mencari nilai binding affinity terendah pada kandungan senyawa cuka buah pedada (Sonneratia alba). Analisis In Silico bertujuan untuk memprediksi, memberi hipotesis dengan cara melakukan docking pada makromolekul enzim dengan ligan senyawa bioaktif. Analisis In Silico menggunakan 4 program yakni PyMOL, Open Babel GUI, PyRx dan Discovery Studio. Pada hasil identifikasi senyawa bioaktif cuka buah mangrove pedada (Sonneratia alba) tanpa kulit terdapat sebanyak 8 senyawa bioaktif. Dari 8 senyawa yang diinteraksikan didapatkan 3 senyawa yang memiliki nilai binding affinity terendah yakni Azoxystrobin acid dengan nilai sebesar -8.3 ± 0.025 kkal/mol, Bezafibrate dengan nilai sebesar -7.8 ± 0.0 kkal/mol, dan yang terakhir yakni Iminostilbene dengan nilai sebesar -7.4 ± 0.306 kkal/mol. Sedangkan untuk nilai binding affinity dari ligan alami HMG-CoA Reduktase (3-Methyl Glutaric Acid atau MAH) didapatkan sebesar -5.93 ± 0.351 kkal/mol. Pada obat konvensional Simvastatin didapatkan nilai binding affinity sebesar -7.77 ± 0.115. Ditinjau dari residu asam amino yang dihasilkan pada docking antara makromolekul enzim HMG-CoA Reduktase dengan ligan senyawa aktif cuka buah mangrove pedada (Sonneratia alba), ligan alami HMG-CoA Reduktase (3-hydroxy-3-methyl-glutaric- acid atau MAH), dan Simvastatin dalam bentuk visualisasi 2D dan 3D menunjukan bahwasannya Azoxystrobin acid, Bezafibrate, Iminostilbene dan Simvastatin tergolong dalam inhibitor non-kompetitif. Dikarenakan residu asam amino yang dihasilkan dari ketiga senyawa aktif tersebut dan Simvastatin tidak sama dengan residu asam amino dari 3-Methyl Glutaric Acid atau MAH. Kesimpulan yang dapat diambil dari analisis ini adalah cuka buah mangrove pedada (Sonneratia alba) memiliki potensi yang lebih dalam menghambat produksi HMG-CoA Reduktase dibandingkan dengan Simvastatin dan ligan alami HMG-CoA Reduktase (3-hydroxy-3-methyl-glutaric-acid atau MAH). Hal tersebut disebabkan oleh lebih rendahnya nilai binding affinity dari interaksi Azoxystrobin acid, Bezafibrate dibandingkan dengan nilai binding affinity dari interaksi Simvastatin dan senyawa Iminostilbeneyang lebih baik ikatannya dibandingkan dengan ligan alami HMG-CoA Reduktase (3-hydroxy-3-methyl- glutaric-acid atau MAH). Dilihat residu asam amino ikatan Aphomorfin dengan enzim HMG-CoA Reduktase dapat disimpulkan bahwasannya Aphomorfin menginhibisi enzim HMG-CoA Reduktase secara non-kompetitif.

English Abstract

Pedada mangrove fruit (Sonneratia alba) has a green color, delicious aroma, sour taste, non-toxic and can be eaten immediately (Manalu et al., 2013). Pedada mangrove fruit according to Paputungan et al. (2017), is a type of mangrove that can be eaten directly. The compounds contained in Sonneratia alba have the potential to be used as functional food or as medicine. Vinegar according to Zubaidah and Veronica (2014), is a liquid resulting from alcoholic fermentation followed by acetate fermentation. This product is a solution of acetic acid in water containing the extracted taste, color, and content as well as organic salts from the fruit used as raw materials. One example of the use of vinegar as a functional food according to Mariana et al. (2020), vinegar produced by "mandai" or cempedak (Artocarpus integer) fruit can lower cholesterol. The content of apple cider vinegar can also reduce total cholesterol and LDL cholesterol in the blood of mice with hypercholesterolemia (Setyaningrum dan Sugiharto, 2015). Based on the results of research conducted by Hasibuan (2014), states that lactic acid metabolites can reduce blood cholesterol levels. The role of flavonoid compounds, tannins, phenols and alkaloids in the health sector can reduce total blood cholesterol levels. Cholesterol, according to Muharrami (2011), is one of the important elements in the body that is needed to regulate chemical processes. Cholesterol is a major component in the process of making bile. When cholesterol reaches a high point, it can deposit in the blood vessels and can cause interference with blood flow. Cholesterol treatment according to Nilawati et al. (2008) what has been done so far is to regulate a healthy diet or take drugs such as statins, niacin and gemfribozil. Statin drugs have the performance of preventing the production of enzymes in the liver that produce cholesterol. The method used in this study is an experimental method by finding the lowest binding affinity value on the compound content of pedada fruit vinegar (Sonneratia alba). In Silico analysis aims to predict and provide hypotheses by docking enzyme macromolecules with bioactive compound ligands. In Silico analysis uses 4 programs namely PyMOL, Open Babel GUI, PyRx and Discovery Studio. In the identification of bioactive compounds of pedada mangrove fruit vinegar (Sonneratia alba) without skin, there were 8 bioactive compounds. Of the 8 interacted compounds, 3 compounds had the lowest binding affinity value, namely Azoxystrobin acid with a value of -8.3 ± 0.025 kcal/mol, Bezafibrate with a value of -7.8 ± 0.0 kcal/mol, and the last, Iminostilbene with a value of -7.4 ± 0.306 kcal/mol. Meanwhile, the binding affinity value of the natural ligand HMG- CoA Reductase (3-Methyl Glutaric Acid or MAH) was obtained at -5.93 ± 0.351 kcal/mol. In the conventional drug Simvastatin, the binding affinity value is -7.77 ± 0.115. Judging from the amino acid residues produced at the docking between the macromolecules of the enzyme HMG-CoA Reductase with the active compound ligand of mangrove pedada fruit vinegar (Sonneratia alba), the natural ligand of HMG-CoA Reductase (3-hydroxy-3-methyl-glutaric-acid or MAH), and Simvastatin in 2D and 3D visualization shows that Azoxystrobin acid, Bezafibrate, Iminostilbene and Simvastatin are classified as non-competitive inhibitors. Because the amino acid residues produced from the three active compounds and Simvastatin are not the same as the amino acid residues from 3-Methyl Glutaric Acid or MAH. The conclusion that can be drawn from this analysis is that mangrove pedada (Sonneratia alba) fruit vinegar has more potential to inhibit the production of HMG-CoA Reductase compared to Simvastatin and its natural ligand HMG- CoA Reductase (3-hydroxy-3-methyl-glutaric-acid or MAH). This is due to the lower binding affinity value of the Azoxystrobin acid, Bezafibrate interaction compared to the binding affinity value of the Simvastatin interaction and the Iminostilbene compound which has better bonding than the natural ligand HMG- CoA Reductase (3-hydroxy-3-methyl-glutaric-acid or MAH). Judging from the amino acid residues bound by Aphomorphin with the HMG-CoA Reductase enzyme, it can be concluded that Aphomorphin inhibits the HMG-CoA Reductase enzyme non-competitively

Item Type: Thesis (Sarjana)
Identification Number: 0521080089
Subjects: 600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.2 Commercial fishing, whaling, sealing
Divisions: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Teknologi Hasil Perikanan
Depositing User: soegeng sugeng
Date Deposited: 20 Jan 2022 06:48
Last Modified: 23 Feb 2022 03:34
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/188561
[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO] Text (DALAM MASA EMBARGO)
Ricko Dudi Wahyono.pdf
Restricted to Registered users only until 31 December 2023.

Download (4MB)

Actions (login required)

View Item View Item