Fahira, Aulia (2019) Uji Ikatan Lysenin dari Cairan Coelomic Cacing Tanah (Lumbricus rubellus) dengan K-ras Mutan Sebagai Agen Kokemoterapi 5-FU Pada Kanker Kolorektal Secara In Silico. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Kanker kolorektal di dunia menempati urutan ke-3 kanker paling sering pada pria dan paling sering ke-2 pada wanita. Mutasi pada protein K-ras merupakan peristiwa yang paling sering terjadi. Adanya mutasi menyebabkan protein ini tetap dalam keadaan aktif, sehingga transduksi sinyal proliferasi dapat terus terjadi. Obat kemoterapi utama untuk kanker kolorektal adalah 5-FU (5-fluorourasil) dengan metabolit aktif FdUMP (fluorodeoksiuridilat) yang menghambat kerja thymidylate synthase. 5-FU memiliki efek samping yang cukup berat, sehingga perlu dipertimbangkan terapi kombinasi dengan suatu agen kokemoterapi untuk membantu efektivitas pengobatan tanpa perlu meningkatkan dosis 5-FU, salah satunya adalah lysenin yang merupakan protein bioaktif dalam cairan coelomic dari Lumbricus rubellus. Peran lysenin sebagai anti-proliferasi perlu diketahui lebih lanjut secara molekuler. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui adanya interaksi antara K-ras sebagai target dengan lysenin sebagai ligan, serta mengetahui interaksi molekuler FdUMP dengan targetnya yaitu thymidylate synthase. Penelitian ini merupakan studi eksperimental in silico melalui metode docking menggunakan program PatchDock, FireDock, dan PyRx, serta PyMOL dan LigPlot untuk visualisasi molekul, dengan mendapat struktur molekul dari PubChem dan PDB. Hasil docking menunjukkan bahwa terdapat ikatan antara lysenin dan K-ras pada sisi pengikatan yang sama dengan ligan kontrol B-raf disertai nilai afinitas ikatan yang lebih stabil yaitu -25,06 kkal/mol dibandingkan dengan -11,80 kkal/mol, sehingga lysenin memiliki potensi menghambat ikatan K-ras dengan B-raf yang penting untuk transduksi sinyal proliferasi. Selain itu, juga terbukti bahwa FdUMP dapat menghambat thymidylate synthase, kompleks ini memiliki afinitas ikatan -8,0 kkal/mol. Kesimpulannya, lysenin mampu menjadi agen kokemoterapi 5-FU pada kanker kolorektal melalui ikatan dengan K-ras secara in silico. Mekanisme lysenin yang berbeda dari 5-FU ini memiliki efek sinergisme kombinasi untuk terapi kanker kolorektal.
English Abstract
Colorectal cancer in the world ranks the third most common cancer in men and the second most frequent in women. Mutations in the K-ras protein are the most common events. Mutations cause these proteins to remain active, thus maintaining the signal transduction of cell proliferation. The main chemotherapy drug for colorectal cancer is 5-fluorouracil (5-FU) with its active metabolite FdUMP (fluorodeoxyuridylate) which inhibits thymidylate synthase. 5-FU has many side effects, therefore it is necessary to consider a combination therapy with natural co-chemotherapy agents, one of which is lysenin, found in coelomic fluid from Lumbricus rubellus. The role of lysenin as anti-proliferation needs to be further known. This research was conducted to determine the interaction between K-ras as a target and lysenin as a ligand, this study was also to determine molecular interactions of FdUMP with its target, thymidylate synthase. This research is an in silico experimental study, molecular docking was done using PatchDock, FireDock, and PyRx programs, results were visualized and analyzed using PyMOL and LigPlot, while the molecular structures were obtained from PubChem and PDB databases. Results from molecular docking showed that there was a bond between lysenin and K-ras on the same binding site as the B-raf control ligand with a more stable bond affinity value of -25.06 kcal/mol compared to -11.80 kcal/ mol, which means lysenin has the potential to inhibit K-ras to bind B-raf that is important for signal proliferation transduction. In addition, it has also been proven that FdUMP can inhibit thymidylate synthase which has a bond affinity of -8.0 kcal/mol. In conclusion, lysenin was potential to be a co-chemotherapy agent through its binding with K-ras. The mechanism of lysenin which is different from 5-FU was expected to have synergistic effect as a combination therapy of colorectal cancer.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FK/2019/497/052001308 |
| Uncontrolled Keywords: | 5-FU, in silico, kanker kolorektal, K-ras, Lumbricus rubellus, lysenin-5-FU, colorectal cancer, in silico, K-ras, Lumbricus rubellus, lysenin |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases > 616.9 Other disease > 616.99 Tumors and miscellaneous communicable diseases > 616.994 Cancers |
| Divisions: | Fakultas Kedokteran > Pendidikan Dokter |
| Depositing User: | soegeng sugeng |
| Date Deposited: | 10 Aug 2020 07:19 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 06:38 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/180077 |
Preview |
Text
Aulia Fahira.pdf Download (8MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |