Analisis Keragaman Genetik Ikan Gabus (Channa gachua) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Perairan Hulu Sungai Brantas di Malang

Kholil, Kiki Nur Azzam (2019) Analisis Keragaman Genetik Ikan Gabus (Channa gachua) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Perairan Hulu Sungai Brantas di Malang. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Ikan Gabus (C. gachua) merupakan ikan dari genus Channa. Ikan gabus ini dikenal sebagai ikan predator dan dimanfaatkan sebagai ikan hias dan ikan konsumsi. Akibat dari eksploitasi berlebihan maka keberadaan ikan ini mulai sulit ditemui dan perlu adanya evaluasi keragaman genetik yang dilakukan pada DNA mitokondria region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) yang umum digunakan. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Sumberdaya Ikan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Laboratorium Faal dan Laboratorium Sentral Biomedik Fakultas Kedokteran, Universitas Brawijaya, Malang. Metode yang digunakan pada penelitian ini metode deskriptif yang menggambarkan keragaman genetik dan struktur populasi ikan gabus di perairan hulu sungai brantas berdasarkan region mtDNA COI dengan parameter yang diukur adalah jumlah haplotipe (h), keragaman haplotipe (hd), keragaman nukleotida (π), dan indeks fiksasi (FST). Spesimen dikoleksi dari lima titik di wilayah aliran Sungai Kedungrejo, Sungai Torongrejo, Sungai Semanding, Sungai Punten, Sungai Cinde. Sampel tersebut kemudian dipreservasi dengan alkohol 96%, didokumentasikan, diekstraksi untuk didapatkan DNA, kemudian diamplifikasi dengan metode PCR, divisualisasi dengan gel agarose, disekuensing dengan menggunakan metode dye termination berdasarkan metode sanger, kemudian dilakukan analisis data dengan menggunakan software dan membandingkan data populasi di perairan hulu sungai brantas dengan populasi Sukabumi, Pandeglang, Karanganyar, Temanggung, Kediri, dan Lumajang yang berada di GenBank. Hasil yang didapat dari proses analisis keragaman genetik yang meliputi parameter jumlah haplotipe (h), keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (π) didapat nilai h = 2, nilai hd = 0,4 dan nilai π = 0,00245. Nilai tersebut termasuk nilai yang rendah. Hal tersebut dapat diakibatkan oleh meningkatnya kegiatan penangkapan yang dilakukan pada ikan gabus. Habitat yang terisolasi oleh bentang alam, proses perkawinan sekerabat (inbreeding) dan genetic drift (gen hanyutan). Rendahnya nilai keragaman genetik pada populasi ikan gabus di perairan Hulu Sungai Brantas dapat mempengaruhi kemampuan ikan ini dalam beradaptasi terhadap perubahan lingkungan habitat serta dapat mempengaruhi jumlah dan keragaman gen pada lungkang gen (gene pool). Rendahnya nilai keragaman genetik juga dapat memunculkan sifat negatif, menganggu tingkat pertumbuhan, kestabilan organ dan tingkat sintasan populasi tersebut. Hasil ini juga mengartikan bahwa ikan gabus pada populasi di Malang sebaiknya tidak dijadikan induk dalam kegiatan pemuliaan induk dalam lingkup kegiatan budidaya. Hasil uji struktur populasi menggunakan indeks fiksasi (FST) berpasangan menunjukan nilai kombinasi dengan populasi lain yang tinggi (0,39189 – 0,97620). Hal ini mengindikasikan adanya perbedaan gen yang cukup nyata dan signifikan antar populasi dan proses aliran gen sangat kecil kemungkinannya untuk terjadi. Penelitian ini belum melakukan analisis keragaman genetik pada populasi ikan gabus di aliran hilir dan perlu diadakan konservasi serta pemuliaan induk dengan perkawinan induk antar populasi dalam pemuliaan induk untuk mendapat sifat unggul dan melakukan kegiatan restoking di perairan untuk menjaga populasi ikan gabus.

English Abstract

-

Item Type: Thesis (Sarjana)
Identification Number: SKR/FPIK/2019/483/051904061
Uncontrolled Keywords: -
Subjects: 500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.6 Scopelomorpha, Paracanthopterygii, Acanthopterygii
Divisions: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User: soegeng sugeng
Date Deposited: 22 Oct 2020 05:48
Last Modified: 22 Oct 2020 05:48
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/170540
Full text not available from this repository.

Actions (login required)

View Item View Item