Studi Hubungan Kekerabatan Ikan Kerapu (Genus Epinephelus) dari Kepulauan Lesser Sunda Berdasarkan Gen DNA Mitokondria 16s rRNA

Helena Ga, Joice Ayustien (2018) Studi Hubungan Kekerabatan Ikan Kerapu (Genus Epinephelus) dari Kepulauan Lesser Sunda Berdasarkan Gen DNA Mitokondria 16s rRNA. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies dalam genus Epinephelus di kawasan Lesser Sunda berdasarkan analisis molekuler gen DNA mitokondria 16S rRNA. Tahapan metode penelitian adalah pengumpulan sampel Epinephelus di kepulauan Lesser Sunda; ekstraksi DNA dengan menggunakan kit TIAGEN; sekuensing DNA; rekonstruksi pohon filogenetik dengan program Cipress Online dan Mr.Bayes 3.0b4, menggunakan analisis Maximum Parsimony, Maximum Likelihoond dan Bayesian Inference; dan analisis data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus Epinephelus terbagi menjadi beberapa kelompok monofiletik, yaitu kelompok Epinephelus yang berasal dari kepulauan Lesser Sunda (E. bleekeri, E. maculatus, E. macrospilos, E. ongus, E. quoyanus, E. faveatus, E. radiatus, dan E. corallicola) dan Epinephelus yang berasal dari China dan India (E. bleekeri, E. quoyanus, E. radiatus, E. maculatus). Kelompok Epinephelus yang berasal dari Lesser Sunda memiliki topologi yang valid karena didukung oleh nilai bootstrap yang tinggi yaitu sebesar 100/62/100 (MP/ML/BP). Nilai p-distance dari spesies di kepulauan Lesser Sunda juga sangat rendah yang menandakan bahwa spesies Epinephelus di daerah tersebut berkerabat sangat dekat. Rentang nilai p-distance genus Epinephelus di Kepulauan Lesser Sunda adalah sebesar 0,2 – 9 %. Hubungan kekerabatan dan evolusi genus Epinephelus di wilayah Indo-Pasifik hingga ke Indonesia dan wilayah lainnya dipengaruhi oleh pembentukan dan pemisahan pulau-pulau di Indo-Pasifik.

English Abstract

The aim of this study is to understand the phylogenetic relationship of Epinephelus in Lesser Sunda islands based on mitochondrial gene sequence of 16s rRNA. Method used in this study including sample collection of Epinephelus in Lesser Sunda islands; DNA extraction using TIAGEN kit; DNA sequencing; phylogenetic tree reconstruction using Cipress Online and MrBayes 3.0b4, with 3 analysis of Maximum Parsimony (MP), Maximum Likelihood (ML) and Bayesian Inference (BI); and data analysis. The result show that Epinephelus formed 3 monophyletic groups, that was Epinephelus from Lesser Sunda islands (E. bleekeri, E. maculatus, E. macrospilos, E. ongus, E. quoyanus, E. faveatus, E. radiatus, dan E. corallicola) and Epinephelus from China and India (E. bleekeri, E. quoyanus, E. radiatus, E. maculatus). Group of Epinephelus from Lesser Sunda has a valid topology that was well supported (MPBS=100%, MLBP=62%, BPP 100%). The uncorrected pdistance value of Epinephelus in Lesser Sunda is also very low that means Epinephelus in Lesser Sunda are very close. The p-distance range of Epinephelus in Lesser Sunda is 0.2-9%. Phylogenetic relationship and evolution of Epinephelus in Indo-Pacific to Indonesia and the other region is influence by the formation and separation of islands in Indo-Pacific region.

Item Type: Thesis (Sarjana)
Identification Number: SKR/MIPA/2018/188/051805652
Uncontrolled Keywords: DNA mitokondria 16s rRNA , epinephelus, Filogenetik, Lesser Sunda-Epinephelus, Lesser Sunda, mitochondrial DNA 16s rRNA, Phylogenetic
Subjects: 500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.7 Perciformes > 597.73 Basses and related fishes > 597.736 Serranidae (Sea basses)
Divisions: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi
Depositing User: soegeng sugeng
Date Deposited: 11 Oct 2019 07:20
Last Modified: 20 Jun 2024 03:10
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/168465
[thumbnail of Joice Ayustien Helena Ga.pdf] Text
Joice Ayustien Helena Ga.pdf

Download (1MB)

Actions (login required)

View Item View Item