Risandiansyah, Rio (2010) Prediksi Struktur dan Epitop Adhesin OMP Spesies Salmonella Menggunakan Metode Multiple Sequence Alignment (MSA). Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Demam tifoid merupakan penyakit yang ditransmisikan melalui jalur fekaloral, yaitu melalui makanan (food-borne) yang terkontaminasi oleh materi fekal dan urin yang mengadung bakteri tersebut. Bakteri penyebabnya adalah bakteri Salmonella Typhi (S. Typhi). Demam tifoid memiliki karakteristik munculnya demam secara mendadak, sakit kepala berat, mual, sakit perut, konstipasi atau terkadang diare. Jumlah kasus per tahun pada negara-negara berkembang berkisar antara 16 juta hingga 33 juta, dengan jumlah kematian sebesar 216 ribu; terutama pada anak-anak usia sekolah dan dewasa muda. Upaya penanganan lain demam tifoid yang telah dilakukan adalah dalam bentuk penemuan vaksinvaksin terhadap penyakit demam tifoid. Vaksin yang berbasis protein dikenal dapat menginduksi pembentukan antibodi melalui pembentukan sel memori. Oleh karena itu, vaksin-vaksin baru berbasis protein sangat diperlukan. Pada penelitian ini dilakukan isolasi dan sekuensing DNA penyandi adhesin outer membrane protein (OMP) dari sampel S. Typhi dari beberapa lokasi di Jawa dan Bali. Hasil sekuen DNA yang didapatkan akan dianalisis dengan metode Multiple Sequence Alignment (MSA) yang bertujuan mencari kesamaan (homologi) antar sampel yang diambil dan menemukan pola yang mencirikan famili protein/gen (Omar et al, 2005). Analisis akan dilanjutkan dengan pencarian epitop yang bersifat conserved (bagian dari untai DNA yang tidak mudah berubah/mengalami mutasi) dari sekuen yang diperoleh. Pengetahuan mengenai epitop conserved pada molekul adhesin akan bermanfaat bagi pengembangan vaksin selanjutnya. Selain itu, berbasis metode MSA, dihasilkan suatu prediksi bentuk sekunder maupun tersier dari protein adhesin OMP yang akan bermanfaat dalam proses perancangan obat (drug design) (Lengauer et al, 2000). Hasil penelitian ini yang didapatkan dari proses isolasi dan amplifikasi gen penyandi adhesin OMP spesies Salmonella menunjukkan gen dengan panjang basa nukleotida 720 bp yang ditranslasikan menjadi 240 asam amino. Terdapat 5 variasi gen-gen penyandi adhesin OMP yang terbagi menjadi jenis-jenis galur Salmonella. Analisa sekuen dan prediksi struktur S. Typhi CT18 menunjukkan suatu protein transmembrane dengan bentuk β-barrel, diketahui bukan merupakan multidomain, dan diduga merupakan protein dalam family opacity, yang merupakan protein porin, dan juga merupakan protein OMPA, sehingga merupakan protein adhesin. Epitop yang ditemukan pada protein tersebut adalah YKYINAGKV, FAWGAGIGA, FTPYISAGV, VKNQVRMTT, ITGKAGTSV, YISAGVGLA, LSASKNNFA, dan VVNVYGINS.
English Abstract
Typhoid fever is a disease transmitted through fecal-oral route; namely, through food (food borne) that is contaminated with fecal and urine material containing that bacteria. cause is Salmonella Typhi (S. Typhi). It has characteristics of occurrence of a sudden fever, a heavy headache, nausea, abdominal pain, constipation and sometimes diarrhea. cases every year in developing countries range from 16 million to 33 million, with a mortality rate of 216 thousand; particularly on school-aged children and young adults. Efforts to reduce typhoid fever cases that has been done is in form of vaccine discovery. Vaccines that are protein-based are known to induce formation of antibodies through forming of memory cells. refore, se vaccines are very needed. In this study, DNA that encodes outer membrane protein (OMP) adhesin from S. Typhi samples taken through out many locations in Java and Bali are isolated and sequenced. sequences obtained are n analyzed using Multiple Sequence Alignment (MSA) methods aimed to discover similiraties (homology) between samples taken, and discover patterns that would characterize those proteins into a family (Omar et al, 2005). This analysis would be followed by an epitope search that is conserved (a gene or DNA strand that does not easily change/mutate) from sequences obtained. Conserved epitope discovery on adhesin molecules would be very useful for development of next vaccine. And lastly, using MSA, a prediction of secondary and tertiary shape of OMP Adhesin was be obtained that would be helpful in a drug design process. results of this study obtained from isolation and amplification of genes encoding OMP adhesin molecule of Salmonella species shows a gen with a nucleotide length of 720 bp, translated to 240 amino acids. re are 5 variations of genes encoding OMP adhesin, divided by Salmonella strains. Sequence analysis and structure prediction of S. Typhi CT 18 shows a transmembrane protein with a β-barrel shape, known not to be a multidomain, and suspected to be a protein in opacity family, which is a porin type protein, and is also OMPA family, which is a adhesin type protein. Epitopes discovered in that protein are YKYINAGKV, FAWGAGIGA, FTPYISAGV, VKNQVRMTT, ITGKAGTSV, YISAGVGLA, LSASKNNFA, dan VVNVYGINS.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/616.927 2/RIS/p/041001267 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases > 616.9 Other disease |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Ilmu Biomedis, Fakultas Kedokteran |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 17 Oct 2011 10:30 |
| Last Modified: | 17 Oct 2011 10:30 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/158450 |
Actions (login required)
 |
View Item |