Murni, Dewi (2016) Detection Of Rotavirus And Norovirus From Swine And Bovine Using Rt-Pcr And Phylogenetic Analysis. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Rotavirus dan Norovirus adalah penyebab utama gastroenteritis virus pada manusia dan hewan di seluruh dunia. Beberapa penelitian pada manusia dan hewan telah menunjukkan bahwa rotavirus dan norovirus di babi telah memberikan bukti untuk transmisi interspecies. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk studi tentang tingkat morbiditas di babi dan sapi di Taiwan, penularan virus ke manusia, dan hubungan dengan strain O R di negara-negara Taiwan atau O R. Studi ini meneliti 1.080 (babi) dan 720 (Bovine) sampel tinja yang dikumpulkan dari 4 wilayah di Taiwan selama Januari hingga Desember 2015. RT-PCR memanfaatkan primer khusus untuk gen VP6 yang terdeteksi rotavirus dengan reaksi positif 21 (1,9%) dalam babi dan 4 (1,9%) 0,5%) Dalam sampel tinja sapi, primer spesifik gen GIISK mendeteksi norovirus dengan 2 reaksi positif (0,2%) pada primer spesifik Babi dan CBECU 3 (0,4%) di Bovine. Berdasarkan urutan nukleotida dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa 7 dari 9 strain liar dari babi rotavirus memiliki 84,2 - 93,9% hubungan identitas dengan mereka baik dalam manusia maupun babi. Strain Liar Dari Norovirus Swine, Bovine Rotavirus, dan II Bovine Norovirus memiliki 92,5 - 94,5% hubungan identitas dengan OR negara. Galur liar rotavirus babi dan norovirus memiliki hubungan identitas 88,3 - 99,4% dengan strain dari Taiwan, sedangkan ketegangan liar dari Bovine Rotavirus dan Norovirus memiliki hubungan identitas yang lebih rendah (56%) dengan strain dari Taiwan. Temuan Se menunjukkan bahwa galur liar rotavirus babi dapat menyebar luas dan beredar di antara pertanian di Taiwan dan berkontribusi pada transmisi antarpesies. Strain liar dari babi dan sapi memiliki kemungkinan untuk melintasi lalu lintas spesies di antara negara-negara. Hasilnya dapat memberikan referensi untuk kontrol dan pencegahan penyakit dalam epidemiologi hewan.
English Abstract
Rotavirus and norovirus are primary cause of viral gastroenteritis in humans and animals worldwide. Several studies on humans and animals have shown that rotavirus and norovirus in swine have provided evidence for interspecies transmission. aim of this study was for study about morbidity rate in swine and bovine in Taiwan, transmission of viruses to human, and relationship with o r strains in Taiwan or o r countries . This study examined 1,080 (swine) and 720 (bovine) fecal samples collected from 4 regions in Taiwan during January to December 2015. RT-PCR utilizing primers specific for VP6 gene detected rotavirus with positive reactions 21 (1.9%) in swine and 4 (0.5%) in bovine fecal samples, GIISK gene specific primer detected norovirus with 2 positive reactions (0.2%) in swine and CBECU gene specific primer 3 (0.4%) in bovine. Based on nucleotide sequences and phylogenetic analysis indicated that 7 of 9 wild strains from swine rotavirus had 84.2 - 93.9% identity relations with those both in human and swine. wild strains from swine norovirus, bovine rotavirus, and ii bovine norovirus had 92.5 - 94.5% identity relations with o r countries. wild strains of swine rotavirus and norovirus had 88.3 - 99.4% identities relation with strains from Taiwan, whereas wild strain from bovine rotavirus and norovirus had lower identity relations (56%) with strains from Taiwan. se findings indicated that wild strains of swine rotavirus may broadly spread and circulate among farms in Taiwan and contribute to interspecies transmission. Wild strains from both swine and bovine had possibility to cross species traffic among countries. results can provide reference for control and prevention of disease in veterinary epidemiology.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/616.91/MUR/d/2016/041611801 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases > 616.9 Other disease |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Ilmu Ternak, Fakultas Peternakan |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 05 Apr 2017 13:40 |
| Last Modified: | 05 Apr 2017 13:40 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/158446 |
Actions (login required)
 |
View Item |