Variasi Genetik G-6a Daerah Promoter Gen Agt Dan Pengaruhnya Terhadap Simulasi Dinamika Molekuler Faktor Transkripsi Specificity Protein 1pada Pasien Hipertensi.

Aprilia, DwiSetyowati (2015) Variasi Genetik G-6a Daerah Promoter Gen Agt Dan Pengaruhnya Terhadap Simulasi Dinamika Molekuler Faktor Transkripsi Specificity Protein 1pada Pasien Hipertensi. Magister thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Angiotensinogenmerupakan precursorpentingpadaRAS dan sirkulasinya dalam plasma berpengaruh terhadap tekanan darah. Adanya variasi genetik dari gen AGT mengubah konsentrasi angiotensinogen dan secara langsung berhubungan dengan tekanan darah arteri. Adanya variasi genetik angiotensinogen dapat memberikan efek pada perubahan regulasi transkripsi. Pada penelitian ini berfokus pada variasi genetic -6. Faktortranskripsi yang terlibatdalamtranskripsi gen AGTposisi -6 adalahSpecificity protein 1.Adanya haplotype -6G memiliki aktivitas transkripsi yang lebih rendah daripada -6A. Namun, mekanisme faktor transkripsi dan model pengikatan yang terlibat dalam peningkatan aktivitas transkripsinya belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah terdapat variasigenetik didaerah promoter -6 gen angiotensinogen, pola pengikatandansimulasidinamikamolekulernya. Penelitian ini dilakukan pada pasien hipertensi yang kemudian diambil sampel darahnya untuk dilakukan ekstraksi DNA. Pada penelitian ini identifikasi pola pengikatan Sp1-DNA menggunakan metode docking dengan program HADDOCK, sedangkan simulasi dinamika menggunakan Software Gromacs. Pada studi ini ditemukan 57 pasien dengan variasi genetik angiotensinogen G- 6A. Variasi genetik -6AA/GA lebih besar dibandingkan variasi genetik - 6GG.Variasi genetik -6AA/GA sebanyak 84%, sedangkanvariasigenetik -6GG sebanyak 16%. Namun, tidak ditemukan perbedaan frekuensiyang signifikan dikedua genotip. Selanjutnya dilakukan docking yang menunjukkan bahwa terdapat perbedaan antara interaksi Sp1 – DNA alel G dan interaksi Sp1 – DNA alel A. berdasarkan, HADDOCK score energi pada kompleks Sp1 – DNA alel A lebih negative dibandingkan dengan Sp1 – DNA alel G. Hal ini mengindikasikan bahwa Sp1 – DNA alel A lebih favourable dalam interaksi. Hal tersebut disebabkan adanya keterlibatan ikatan hidrogen dan ikatan hidrofobik yang lebih banyak pada kompleks Sp1 – DNA alel A. Sehingga, ikatan antara Sp1 dengan DNA alel A lebih kuat. Hasil docking tersebut didukung dengan hasil simulasi dinamika molekuler bahwa pada kompleks Sp1 – DNA alel A memiliki konformasi yang lebih stabil dibandingkan dengan Sp1 – DNA alel G. Hal tersebut ditunjukkan dengan nilai energi potensial yang lebih negative pada kompleks Sp1 – DNA alel A. Selain itu, nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) dan RMSF (Root Mean Square Fluctuation) yang menunjukkan pergerakan protein juga cenderung lebih stabil pada kompleks Sp1 – DNA alel A dibandingkan Sp1 – DNA alel G. Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat disimpulkan bahwa adanya perubahan nukleotida pada posisi -6 dari guanine menjadi adenine menyebabkan perubahan ikatan dankestabilanikatandengan faktor transkripsi Sp1 (Specificity protein 1).

Item Type: Thesis (Magister)
Identification Number: TES/616.132/APR/v/2015/041505884
Subjects: 600 Technology (Applied sciences) > 616 Diseases > 616.1 Diseases of cardiovascular system
Divisions: S2/S3 > Magister Ilmu Biomedis, Fakultas Kedokteran
Depositing User: Endang Susworini
Date Deposited: 12 Oct 2015 14:13
Last Modified: 12 Oct 2015 14:13
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/158288
Full text not available from this repository.

Actions (login required)

View Item View Item