Kurniahu, Hesti (2011) Tingkat Keragaman Genetik dan Karakter Habitat Hermodice carunculata (Pallas, 1766) di Pesisir Selatan Kabupaten Pacitan dan Malang Selatan. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Informasi tentang indeks keragaman genetik dan karakter habitat suatu spesies diperlukan sebagai dasar dalam menentukan kebijakan konservasi dan domestifikasi. Cacing laut Hermodice carunculata merupakan Polychaeta yang hidup di zona litoral (pasang surut). Cacing tersebut hidup pada substrat berbatu maupun karang mati, cacing ini dapat bertindak sebagai detritus, dengan memakan bangkai ikan, Mollusca, dan Crustacea. Selain itu cacing ini juga memiliki potensi sebagai penghasil senyawa anti kanker. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik dan karakter habitat H. carunculata dari pesisir selatan Kabupaten Pacitan dan Malang Selatan. DNA H. carunculata diisolasi dengan menggunakan pendekatan metode Doyle dan Doyle (1987). Analisis RAPD (Random Amplified Polimorphic DNA) untuk mengamplifikasi DNA H. carunculata menggunakan primer OPA 2 dan OPA 9. Program amplifikasi yang digunakan adalah hot start 95 °C selama 3 menit (1 siklus), denaturasi 94 °C selama 1 menit, annealing 37 °C selama 1 menit, extention 72 °C selama 2 menit, final extention 72 °C selama 5 menit (1 siklus). Siklus dilakukan sebanyak 45 kali. Hasil amplifikasi selanjutnya dianalisis Cluster Simple Matching Coefisient pada software MVSP 3.1. Faktor abiotik lingkungan berupa salinitas, pH, dan suhu diukur langsung di lapangan, kemudian dianalisis regresi pada Minitab 13 software untuk menguji pengaruhnya terhadap indeks similaritas genetik H. carunculata. Tipe substrat digambarkan dengan menggunakan GPS, dan titik koordinat ditemukannya H. carunculata ditandai dengan GPS. Analisis spasial berupa distribusi H. carunculata dan tipe substrat menggunakan beberapa software yaitu Mapsource untuk memindah data dari GPS ke PC; AutocadMap 2004 untuk penyiapan peta dasar, overlay dengan data dari GPS dan editing; arcView 3.3 dan Mapinfo untuk pengisian atribut; ArcGis 9.2 dan Corel X3 digunakan untuk layout peta lengkap. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua individu H. carunculata ditemukan pada lubang-lubang karang pada zona litoral (pasang surut) dengan rata-rata salinitas (3,33±0,23) – (3,95±0,15) ‰, pH (8,08±0,08) – (8,22±0,12) dan suhu (29,35±0,25) – (30,72±0,72) °C. Rata-rata indeks similaritas intrapopulasi (0,870) lebih besar daripada indeks similiaritas interpopulasi (0,793). Dengan indeks similaritas intrapopulasi terbesar yaitu Ngliyep dan terkecil yaitu Klesem, sedangkan indeks similaritas interpopulasi terbesar yaitu Balekambang dan Ngliyep, sedangkan yang terkecil yaitu Klesem dan Balekambang. Dendogram hasil RAPD dengan menggunakan primer OPA 2 dan OPA 9 terdapat pengelompokan yang jelas dari individu-individu berdasarkan jarak lokasi sampling (Balekambang dengan Ngliyep dan Godheg Kulon dengan Klesem).
English Abstract
Information about index similarity and habitat characters can used as conservation and domestication program. Hermodice carunculata is one of Polychaeta marine worms that live in littoral zones. The worms live at rocky or dead corals. They eat cone snails Conus sp. or dead fishes, Mollusca and Crustacea. These worms have potency as cancer drugs. The aims of this research are to know genetics population similarity and habitat characters of H. carunculata in Pacitan and Malang Selatan. DNA isolation used Doyle and Doyle method (1987). RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) was applied using OPA 2 and OPA 9 as primers to amplified DNA. Amplification programme were done in forty-five cycles, each comprising: hot start 95 °C, 3 minutes (1 cycle), denaturation 94 °C, 1 minute, annealing 37 °C , 1 minute, extension 72 °C, 2 minutes, final extension 72 °C, 5 minutes (1 cycle). Amplicons analyzed using Cluster Simple Matching Coefisient analysis on MVSP 3.1 software. Abiotic factors measured directly on the fields, and its analyzed using regression analysis on Minitab 13 software. Substrates type and coordinat points of sample tracked and marked using GPS. The spatial data (characters substrates and H. carunculata distributions) analysis used many software, such as: Mapsource for downloaded data from GPS into PC; AutocadMap 2004 for prepared basic map, overlayed data from GPS with basic map, and edited the data; arcView 3.3 and Mapinfo for attributed the maps; ArcGis 9.2 and Corel X3 for layout complete maps. The result showed that H. carunculata found in coral burrows at littoral zones. Mean of salinity (3,33±0,23) – (3,95±0,15) ‰, pH (8,08±0,08) – (8,22±0,12) and temperature (29,35±0,25) – (30,72±0,72) °C. Index similarity of intra-population calculated about (0,870) higher than index similarity of inter-population (0,793). The highest index similarity of intra-population come from Ngliyep (Malang) population and the smallest from Klesem (Pacitan). While, the highest index similarity of inter-population from Balekambang and Ngliyep, the smallest index similarity of inter-population from Balekambang and Klesem. Dendogram result of RAPD used OPA 2 and OPA 9 formed three groups because location sampling distances. (Group 1: Balekambang and Ngliyep; Group 2: Godheg Kulon and Klesem; and group 3: outgroup (Perinereis cultrifera)).
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/592.62/KUR/t/041103162 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 592 Invertebrates |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Matematika, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 30 Sep 2011 14:15 |
| Last Modified: | 30 Sep 2011 14:15 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157840 |
Actions (login required)
 |
View Item |