Kurniawan, LukmanHaris (2013) Peta Distribusi dan Diversitas Genetis Anaphalis spp. Berdasarkan Intron trnL di Sepanjang Jalur Pendakian Menuju Puncak Gunung Semeru Taman Nasional Bromo Tengger Semeru. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Anaphalis spp. adalah tumbuhan khas dataran tinggi yang merupakan perintis pada daerah dataran tinggi yang status terkini keberadaannya di keseluruhan wilayah Taman Nasional Bromo Tengger Semeru (TNBTS) masih belum sepenuhnya diketahui. Penelitian terakhir menunjukkan bahwa di salah satu wilayah TNBTS yaitu di kaldera Tengger tidak ditemukan Anaphalis javanica (Hakim dan Nakagoshi, 2006). Selain itu juga terdapat ancaman-ancaman terhadap populasi Anaphalis spp. yang apabila dibiarkan maka lambat laun akan menyebabkan kepunahan. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian mengenai keberadaan, data spasial dan diversitas genetis Anaphalis spp. pada salah satu wilayah TNBTS yaitu di sepanjang jalur pendakian Gunung Semeru sebagai upaya untuk mendapatkan informasi yang lebih luas dalam rangka untuk menentukan strategi dan managemen konservasi Anaphalis spp. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan jenis-jenis, peta distribusi, dan diversitas genetis Anaphalis spp. berdasarkan intron trn L di sepanjang jalur pendakian menuju puncak Gunung Semeru. Pemetaan distribusi tumbuhan Anaphalis spp. di sepanjang jalur pendakian menuju puncak gunung Semeru TNBTS dilakukan dengan menggunakan metode survey , pengamatan dan pencatatan data koordinat dengan menggunakan GPS pada tempat ditemukannya Anaphalis spp. di sepanjang jalur pendakian. Data koordinat yang didapatkan kemudian diplotkan pada peta dengan menggunakan aplikasi Quantum (Q ) 1.8.0 (Lisboa) dan di- overlay dengan layer lain. Data koordinat yang telah diplotkan diolah lebih lanjut dengan menggunakan fitur geoprocessing tools yang ada di dalam Q . Fitur buffer untuk menentukan zonasi habitat Anaphalis spp. dan fitur intersect untuk mengetahui zona habitat yang ditempati secara bersama antara masing-masing spesies Anaphalis . Diversitas genetis didapatkan berdasarkankan identifikasi variasi sekuens trn L. DNA diisolasi menggunakan metode CTAB dari daun Anaphalis spp. yang diambil dari titik pengambilan sampel di Ranuregulo, Waturejeng, Ayek-ayek, Ranukumbolo, Jambangan, Kalimati, dan Arcopodo. Selanjutnya dilakukan elektroforesis gel agarosa dan amplifikasi dengan menggunakan primer universal yang mengamplifasi intron trn L. Amplikon selanjutnya di sequencing dan dilanjutkan dengan alignment dan analisis filogenetik dengan menggunakan program MEGA5. Terdapat tiga spesies Anaphalis yang ditemukan di sepanjang jalur pendakian menuju puncak Gunung Semeru yaitu Anaphalis viscida, Anaphalis longifolia, dan Anaphalis javanica . Peta distribusi hasil dari analisis Quantum menunjukkan bahwa Anaphalis viscida dan Anaphalis javanica terdapat pada daerah-daerah tanpa kanopi pohon lain yang lebat. Anaphalis longifolia lebih mampu bertahan tumbuh pada dearah dengan kanopi lebat maupun juga pada daerah tanpa kanopi. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa untai intron trn L belum mampu untuk digunakan dalam menganalisis diversitas genetis pada genus Anaphalis yang ada di sepanjang jalur pendakian menuju puncak Gunung Semeru. Hal ini dikarenaakan terlalu konservnya untai tersebut dan kurang bervariasinya susunan basa nukleotidanya serta hanya terdapat satu variasi basa nukleotida.
English Abstract
Anaphalis spp. is a pioneer haighland plants that their current status in Bromo Tengger Semeru National Park (BTSNP) not all revealed. The recent research show that Anaphalis javanica in particular area of BTSNP that was in Tengger caldera was not found (Hakim and Nakagoshi, 2006).There are also a lot of threat to Anaphalis spp. populations in which if it be let will cause the extinction. Therefore it need to do some research about the existance, spatial data and genetic diversity of Anaphalis spp. in one of the part of BTSNP such as at along the Mount Semeru climbing tract in order to get the information for constructing conservation strategic and management of Anaphalis spp. The aims of this research are to detemine the species, make distribution map, and genetic diversity based on trn L intron of Anaphalis spp. along Mount Semeru climbing tract. Mapping the distribution of Anaphalis spp. plants along Mount Semeru climbing tract was held using survey method, observing and recording the geological coordinate using GPS in the place where Anaphalis spp. was found. The geological coordinate entered to Quantum (Q ) 1.8.0 (Lisboa) and overlayed with other layer. The geological coordinate processed furthermore using geoprocessing tools feature in Q . Buffer feature for constructing habitat distribution of Anaphalis spp. and intersect feature for constructing the habitat zone that habituated together by two or more Anaphalis spp. species. Genetic diveristy inferred based on identification of trn L sequence variation. The DNA isolated using CTAB menthod from leaf of Anapalis spp. that taken from point sampling at Ranuregulo, Waturejeng, Ayek-ayek, Ranukumbolo, Jambangan, Kalimati, dan Arcopodo. After that performed agarose gel agarose and trn L intron amplification using universal primer. The amplicon sequenced then aligned and analyzed the phylogenetic using MEGA5 program. There were three species of Anaphalis that found along Mount Semeru climbing tract such as Anaphalis viscida, Anaphalis longifolia, dan Anaphalis javanica . The distribution map generated from Q show that Anaphalis viscida dan Anaphalis javanica located in the area without other shaded trees canopy. Anaphalis longifolia could live in shaded trees canopy and also in open area. The phylogenetic result show that intron trn L sequence could not reveal the genetic diversity of Anaphalis genera along Mount Semeru climbing tract. The intron trn L sequence too conserve and less variability in the nucleotide sequences and only one nucleotide variation.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/583.99/KUR/p/041308448 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 583 Magnoliopsida (Dicotyledons) > 583.9 Asteridae |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Biologi, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 25 Oct 2013 11:42 |
| Last Modified: | 25 Oct 2013 11:42 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157804 |
Actions (login required)
 |
View Item |