Khaqiqi, SPiNurul (2010) Eksplorasi Molekular Daerah Internal Transcribed Spacer (ITS) dengan Metode Sekuensing untuk Penegasan Taksonomi pada Khamir Laut Koleksi dari Laut Jawa. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Perkembangan bioteknologi dewasa ini semakin pesat dipertajam dengan kajian molekular. Salah satu sumber daya yang coba dikembangkan potensi pangan dan ekonominya melalui kajian bioteknologi adalah khamir laut. Khamir merupakan salah satu mikroorganisme yang termasuk dalam golongan fungi yang berbentuk uniseluler. Khamir hanya membutuhkan sumber karbon sederhana, beberapa mineral, sumber nitrogen dan vitamin. Khamir bereproduksi secara vegetative dan generative. Khamir laut banyak diisolasi dari air laut, sedimen, lumpur muara, dan saluran cerna hewan laut. Potensi yang dimiliki khamir laut antara lain adalah produksi enzim, komponen prebiotik yang menghasilkan bioaktif, komponen immunostimulan dan sebagai mikroorganisme fermentatif pada pembuatan hidrolisat protein ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan karakteristik molekular daerah penyandi kekerabatan Internal Transcribed Spacer (ITS) dari khamir laut stok yang diisolasi dari perairan Pantai Laut Jawa. Eksplorasi molekular dilakukan dengan metode sekuensing untuk mengetahui susunan basa pada daerah ITS yang kemudian dibandingkan sekuens basa pembanding yang tersedia pada Gene Bank . Pengambilan data dilaksanakan pada bulan Juni sampai November 2009 di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran, Laboratorium Sentral Ilmu Hayati Universitas Brawijaya Malang dan Laboratorium Rekayasa Genetika, Balai Pengkajian Bioteknologi – BPPT, Serpong, Tangerang. Khamir laut koleksi dari Laut Jawa dalam penelitian ini memiliki ukuran sel dengan panjang 9 – 28 μm dan lebar 1.5 – 3 μm. Amplifikasi PCR pada daerah ITS dengan primer (5`-TCC GTA GGT GAA CGT GCG G-3`) dan ITS 4 (5`-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3`) terhadap genom DNA menunjukkan band pada kisaran 500 – 600 bp pada marker 10 kb yang menunjukkan bahwa daerah ITS khamir laut tersebut memiliki panjang basa 500 – 600 pasang basa. Hasil analisis sekuens daerah ITS menunjukkan bahwa khamir laut tersebut memiliki kekerabatan terdekat (99%) dengan Candida tropicalis NT1410 yang diisolasi dari pantai timur Taiwan. Berdasarkan analisis kekerabatan yang telah dilakukan maka khamir laut koleksi dari Laut Jawa ini kemudian dinamakan Candida tropicalis YUB2009.
English Abstract
The development of biotechnology is rapidly growing supported with molecular approach. On of natural resource that has high potential to be developed using biotechnological study is marine yeast. Yeast is one of microorganism that classified into unicellular fungi. The nutrition requirements of yeast are consisted of simple nutrition`s source i.e. simple sugar source, nitrogen, minerals, and vitamins. The reproduction types of yeast are vegetative and generative. Marine yeast is mostly isolated from sea water; sediment, estuary mud, and digestive tract of sea animal i.e. fish, sea cucumber, etc . The potential of marine yeast are varying from enzymes production, as the source of prebiotic components that produce bioactive, as immunostimulant components, and as fermentative organisms on fish protein hidrolisate production. The aim of this study was to get the molecular characteristic of Internal Transcribed Spacer of marine yeast stock that was isolated from Java Sea to confirm its taxonomy. Mollecular eksploration was done with sequencing method to determine the base formation on ITS region, the formation was compared with the subjects sequences that available on Gene Bank. This study was held from June to November 2009 at Laboratory of Microbiolgy, Medical Faculty, Central Laboratory of Life Sciences Brawijaya University Malang and Laboratory of Genetic Engineering, Biotechnology Center – BPPT, Serpong, Tangerang. Marine yeast that studied has diameter 9 – 28 μm in length and 1.5 – 3 μm in width. The PCR amplification on ITS region using primer ITS1 (5`-TCC GTA GGT GAA CGT GCG G-3`) and ITS 4 (5`-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3`) on DNA genomic of marine yeast resulted fluorescence band 500 – 600 bps on range (marker 10 kb). It indicated that ITS region of marine yeast consisted of 500 – 600 base pairs. The comparison of the sequence of marine yeast with the sequences listed on Gene Bank data base showed that it has closest kinship (99%) with Candida tropicalis NT1410 isolated from Taiwan East Coast. Based on the kinship analysis, marine yeast sample that collected from Java Sea in this study was named Candida tropicalis YUB2009 then.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/579.562/KHA/e/041002493 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 579 Natural history of microorganisms, fungi, algae > 579.5 Fungi |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 16 Mar 2011 10:50 |
| Last Modified: | 16 Mar 2011 10:50 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157745 |
Actions (login required)
 |
View Item |