Sitompul, LolySabrina (2012) Desain Kandidat Vaksin gp350/220 EBV (Epstein Barr Virus) untuk Mencegah Penyakit Karsinoma Nasofaring Secara Insilico. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Karsinoma Nasofaring (KNF) merupakan tumor ganas yang ada di sel epital nasofaring yang disebabkan oleh banyak faktor salah satunya adalah infeksi virus EBV ( Epstein Barr Virus ).Glikoprotein gp350/220 merupakan protein permukaan virus yang memediasi interaksi dengan sel B melalui reseptor CR2. Untuk saat ini penanggulangan yang diberikan pada KNF adalah radioterapi, operasi dan kemoterapi yang merupakan terapi untuk KNF yang bersifat toksik, dan tidak menunjukkan tingkat kesembuhan yang optimal sehingga diperlukan upaya pencegahan penyakit tersebut melalui vaksinasi yang efektif dan bersifat non toksis. Namun, pembuatan vaksin EBV memerlukan strategi yang baik mengingat EBV memiliki banyak varian/strain, sehingga jika melakukan pembuatan vaksin yang dapat berfungsi untuk semua strain EBV dengan metode konvensional akan memerlukan waktu yang lama dan biaya yang mahal. Perancangan vaksin EBV yang dapat mencakup semua strain yang ada dapat dilakukan dengan menggunakan pendekatan secara bioinformatika. Penelitian ini menggunakan software MEGA 5.05 program Clustal W untuk alignment protein EBV, softwsore Psipred untuk menentukan kesamaan struktural 2D gp350/220, software Swiss Model untuk melakukan modeling gp350/220, software ClusPro untuk melakukan docking protein gp350/220, software KFC ( Knowledge-based FADE Contact ) untuk melihat melihat urutan asam amino yang berinteraksi dengan reseptor CR2, software CLC Protein Workbench 5.3 untuk analisis antigenisitas, software Immune Epitope Data Base (IEDB) untuk memprediksikan epitop region , program BLAST untuk menilai kesamaan hasil prediksi epitop dengan sekuen protein manusia. Hasil penelitian menunjukkan adanya conserved region yang berikatan secara spesifik dengan reseptor CR2 dan diprediksikan sebagai epitop sehingga dapat dijadikan sebagai kandidat vaksin bagi KNF. Sekuen protein yang didapat adalah QNPVYLIPETVPYIKWDNC sebanyak 19-mer.
English Abstract
Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignant tumor in the nasopharynx epital cells that caused by many factors, one of them is a viral infection of EBV (Epstein Barr Virus). Glycoprotein gp350/220 is a viral surface protein that mediates the interaction between B cells and receptor CR2. The standard treatments as given for NPC are radiotherapy, surgery and chemotherapy, but all of the treatmnets do not indicate optimal cure rates, so that the necessary efforts to prevent disease through vaccination is an effective and non toxic. However, EBV vaccine manufacture requires a good strategy considering because EBV has many variants/strains, so if we want to manufacture vaccines that can work for all strains of EBV with conventional methods would require a long time and high cost. EBV vaccine design that can include all the strains that exist can be done by using a bioinformatics approach. This study used the MEGA software program Clustal W 5.05 for EBV protein alignment, softwsore Psipred to determine the structural similarity of 2D gp350/220, Swiss Model software to perform modeling gp350/220, ClusPro software to perform docking protein gp350/220, software KFC (Knowledge-based FADE Contact) to see the sequence of amino acids that interact with receptors CR2, CLC Protein Workbench software 5.3 for the analysis of antigenicity, Immune epitope Data Base software (IEDB) to predict epitope region, and the BLAST program to assess the results predicted epitopes in common with the human protein sequences. The results indicate a conserved region that binds specifically to receptors CR2 and predicted as epitopes that can be used as a vaccine candidate for the NPC. Protein sequences obtained were as much as 19-mer QNPVYLIPETVPYIKWDNC.
| Item Type: | Thesis (Magister) |
|---|---|
| Identification Number: | TES/572.68/SIT/d/041201567 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 572 Biochemistry > 572.6 Proteins |
| Divisions: | S2/S3 > Magister Matematika, Fakultas MIPA |
| Depositing User: | Endro Setyobudi |
| Date Deposited: | 14 Aug 2012 09:37 |
| Last Modified: | 14 Aug 2012 09:37 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/157691 |
Actions (login required)
 |
View Item |