Fitrisiana (2009) Perbandingan Metode Gap-Statistik Dan Indeks Validitas Gabungan (IVG) dalam Menentukan Banyaknya Cluster Optimal pada Analisis Cluster Menggunakan Data Ekspresi Gen. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Data ekspresi gen memiliki jumlah relatif besar sehingga bukan suatu hal yang mudah untuk menentukan berapa jumlah cluster (kelompok) yang terbentuk. Analisis cluster merupakan salah satu komponen statistik yang biasa digunakan dalam data ekspresi gen. Setelah analisis cluster dilakukan, perlu diketahui berapa cluster optimal dalam suatu himpunan data. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan jumlah cluster optimal dengan metode Gap Statistik dan Indeks Validitas Gabungan (IVG) pada data ekspresi gen dan menentukan metode jumlah cluster optimal terbaik antara keduanya. Indeks Validitas Gabungan (IVG) pada penelitian ini terdiri atas Indeks Dunn , Indeks Davies-Bouldin , Indeks C, Indeks Silhoutte dan Indeks Goodman-Kruskal . Kelima indeks tersebut akan diranking menurut kriteria masing-masing. Jumlah cluster optimal diperoleh pada rata-rata ranking yang paling tinggi. Metode Gap Statistik memiliki ciri khusus yaitu membangkitkan data dengan menggunakan Distribusi Uniform (0,1). Indeks Validitas gabungan (IVG) dan metode Gap Statistik akan diterapkan pada dua Data. Data 1 merupakan penelitian tentang gen mutan ragi mec 1 dan dun 1 dengan pemberian MMS ( Methylating-agent Methylmethane Sulfonate ), Data 2 merupakan data sporulasi gen jamur. Pada data 1, Indeks Validitas Gabungan (IVG) menghasilkan 2 cluster optimal sedangkan metode Gap Statistik menghasilkan 5 cluster optimal. Kedua indeks tersebut akan dibandingkan berdasarkan nilai CTM (Cluster Tightness Measure) yang digunakan untuk mengukur kebaikan hasil analisis cluster. Berdasarkan nilai CTM Gap Statistik lebih baik digunakan jika diterapkan pada Data 1. Sedangkan pada Data 2, Indeks Validitas Gabungan (IVG) dan metode Gap Statistik memiliki kemampuan yang sama dalam menentukan banyaknya cluster optimal yaitu membentuk 2 cluster. Kedua metode dalam menentukan banyaknya cluster optimal tersebut menghasilkan komposisi anggota yang sama sehingga tidak perlu membandingkan keduanya berdasarkan nilai CTM.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2009/99/050901151 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 510 Mathematics |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Matematika |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 16 Apr 2009 11:28 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 02:20 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/152380 |
Preview |
Text
050901151.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |