MuhammadBakri (2009) Pensejajaran Sekuens Asam Amino dengan Metode Smith- Waterman (Studi Kasus Sekuens Asam Amino Ditinjau Dari Subtitusi Tingkat Mutasi Asam Amino. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Pewarisan sebuah sifat dari induk kepada keturunannya tidak pernah terjadi 100%. Hal tersebut dipengaruhi oleh faktor degenerasi gen dan mutasi. Penelitian yang dilakukan untuk mengetahui seberapa besar tingkat kesamaan/kemiripan antara dua macam individu adalah dengan melakukan pensejajaran terhadap sekuens asam amino/protein atau DNA. Smith-Waterman merupakan sebuah metode pensejajaran sekuens yang bersifat lokal, dimana pensejajaran dilakukan pada bagian tertentu pada sekuens dan tidak pada keseluruhan panjangnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengimplementasikan metode Smith-Waterman pada sekuens asam amino yang mengikuti kaidah subtitusi tingkat mutasi asam amino. Subtitusi tingkat mutasi asam amino dipengaruhi oleh gap dan matriks subtitusi. Kriteria yang diperhatikan dalam pengujian metode ini adalah pengaruh perubahan nilai gap dan matriks subtitusi terhadap identity score dan similarity score. Pengujian dilakukan dengan mensejajarkan dua buah sekuens dengan mengubah nilai parameter gap dan matriks subtitusi mulai dari nilai minimum hingga maksimum. Pengujian dilanjutkan dengan mensejajarkan sekuens dari beberapa individu yang berbeda. Berdasarkan pengujian yang dilakukan diketahui bahwa semakin besar nilai gap maka identity score dan similarity score akan semakin besar. Hasil penelitian menunjukkan metode Smith-Waterman dapat diimplementasikan dengan mengikuti kaidah subtitusi tingkat mutasi asam amino. Gap penalty menentukan besar kecilnya nilai identity score dan similarity score. Nilai identity score dan similarity score akan mencapai kondisi ekuilibrium terhadap nilai gap open. Kondisi tersebut disebabkan oleh jumlah gap pada hasil pensejajaran.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/MIPA/2009/290/050903097 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 510 Mathematics |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Matematika |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 11 Nov 2009 11:16 |
| Last Modified: | 22 Oct 2021 07:12 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/152250 |
Preview |
Text
050903097.pdf Download (2MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |