Optimalisasi Pcr (Polymerase Chain Reaction) Rna Pcp Dengan Enzim Restriksi Hindi Pada Mikroalga Laut Spirulina Sp Yang Di Kultur Secara In Vivo

Arraiyan, Miftah (2016) Optimalisasi Pcr (Polymerase Chain Reaction) Rna Pcp Dengan Enzim Restriksi Hindi Pada Mikroalga Laut Spirulina Sp Yang Di Kultur Secara In Vivo. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Indonesia sebagai negara kepulauan terbesar di dunia memiliki laut yang luasnya sekitar 5,8 juta km² dan menurut World Resources Institute tahun 1998 memilki garis pantai sepanjang 91.181 km yang di dalamnya terkandung sumber daya perikanan dan kelautan yang mempunyai potensi besar untuk dijadikan tumpuan pembangunan ekonomi berbasis sumber daya alam. Terdapat potensi pengembangan untuk perikanan di perairan umum seluas 54 juta ha dengan potensi produksi 0,9 juta ton/tahun seperti halnya mikroalga untuk pengembangan industri bioteknologi kelautan seperti industri bahan baku untuk makanan, industri bahan pakan alami, benih ikan dan udang, industri bahan pangan. Kondisi stres pada ikan akan menyebabkan mekanisme pertahanan tubuh ikan menjadi turun dan akhirnya ikan akan mudah terserang oleh penyakit atau mikro organisme patogen. Tindakan pengobatan baru dapat dilakukan setelah jenis penyakit diketahui dengan melihat gejala dan tanda-tanda penyakit. Beberapa cara pengobatan diantaranya adalah pengobatan dengan imunostimulan atau obat alami yang di anjurkan untuk menggantikan penggunaan bahan kimia. (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk replikasi DNA. Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama, yaitu DNA cetakan, Oligonukleotida primer, Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA Polimerase, dan Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Dalam melakukan metode PCR sering dihasilkan amplifikasi DNA yang belum optimal sehingga tidak terlihat dalam visualisasi pita DNA pada gel elektroforesis. Untuk mendeteksi peridinin chlorophyll protein (PCP) pada mikroalga laut Spirulina sp dapat dilakukan dengan metode polymerase chainreaction (PCR) pemilihan primer dan konsentrasi antara primer dan DNA yang tepat. Berdasarkan hal tersebut, maka perlu penelitian terhadap optimalisasi Optimalisasi PCR (Polymerase Chain Reaction) RNA PCP dengan enzim restriksi HindI pada mikroalga laut Spirulina Sp agar mengetahui hasil optimalisasi PCR RNA PCP dengan menggunakan enzim restriksi HindI sehingga diperoleh hasil pemotongan DNA PCP yang spesifik pada mikroalga Spirulina sp. Perhitungan kepadatan sel Spirulina sp tertinggi pada kultur Toples adalah sebesar 6130 x 104 sel/ml. kepadatan sel Spirulina sp tertinggi pada kultur Carboy adalah sebesar 6740 x 104 sel/ml. kepadatan sel Spirulina sp tertinggi pada kultur Intermediete adalah sebesar 8130 x 104 sel/ml. Hasil pengukuran kualitas air pada kultur skala laboratorium diperoleh nilai suhu sebesar 22 0C, pH 8 dan salinitas 33 ppt. Sedangkan pada kultur skala intermediete diperoleh nilai suhu sebesar 26-29 0C, pH 8-8,5 dan salinitas 34-35 ppt. Kualitas air tersebut berada pada kisaran optimal untuk pertumbuhan Spirulina sp. Hasil pengukuran total RNA hasil isolasi diperoleh sbesar 21,0 mg/ml. Hasil tersebut menunjukkan hasil yang baik karena pada saat perlakuan isolasi RNA menggunakan kit yang sesuai. Pita DNA yang terbentuk memiliki ukuran 310 bp, yang berarti amplifikasi DNA berhasil dilakukan. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa perlakuan suhu annealing yang optimal yaitu pada suhu 52 0C. Sedangkan pemotongan enzim restriksi HindI menghasilkan pemotongan DNA spesifik pada 280 bp. Berdasarkan hal tersebut dapat disimpulkan bahwa optimalisasi PCR RNA PCP pada Spirulina sp telah berhasil dilakukan dengan perlakuan suuhu annealing dan primer yang tepat. Penggunaan enzim restriksi HindI menghasilkan pemotongan RNA PCP pada 280 bp sehingga terlihat visualisasi pita dengan jelas. Kesimpulan yang dapat diambil berdasarkan hasil dan pembahasan penelitian tentang optimalisasi PCR (Polymerase Chain Reaction) RNA PCP dengan enzim restriksi HindI pada mikroalga laut Spirulina Sp yang dikultur secara in vivo adalah optimalisasi PCR dihasilkan perlakuan suhu ennealing yang optimal pada suhu 52 0C. Sedangkan penggunaan enzim restriksi HindI menghasilkan pemotongan RNA pada 280 bp.

Item Type: Thesis (Sarjana)
Identification Number: SKR/FPR/2016/935/051612593
Subjects: 300 Social sciences > 333 Economics of land and energy > 333.9 Other natural resources > 333.91 Water and lands adjoining bodies of water
Divisions: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Manajemen Sumberdaya Perairan
Depositing User: Sugiantoro
Date Deposited: 14 Dec 2016 08:27
Last Modified: 21 Oct 2021 02:01
URI: http://repository.ub.ac.id/id/eprint/135657
[thumbnail of ARTIKEL.pdf]
Preview
Text
ARTIKEL.pdf

Download (2MB) | Preview
[thumbnail of LAPORAN_SKRIPSI.pdf]
Preview
Text
LAPORAN_SKRIPSI.pdf

Download (3MB) | Preview

Actions (login required)

View Item View Item