Hardani, Cynthia Asthari Kris (2015) Analisis Kekerabatan Genetik Menggunakan Dna Kloroplas Gen rbcL (Ribulose 1,5 Biphosphate Carboxylase Oxygenase) dan Gen matK (Maturase K) pada Spesies Lamun di Papua Barat. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Lamun (seagrass) adalah satu-satunya kelompok tumbuh-tumbuhan berbunga yang terdapat di lingkungan laut. Ekosistem padang lamun perlu dijaga dan dimanfaatkan dengan bijak karena padang lamun memiliki peran yang penting di ekosistem pesisir. Peran dari padang lamun yaitu sebagai tempat pemijahan dan tempat mencari makan bagi ikan dan kerang-kerangan dan mengurangi kekeruhan perairan. Lamun juga berperan penting pada siklus karbon dan nutrien global serta dalam daur ulang berbagai zat hara di lingkungan perairan laut dangkal. Padang lamun, mangrove, dan terumbu karang bekerja sama untuk menyediakan lingkungan yang stabil dan ideal bagi organisme laut. Namun, gangguan seperti perubahan iklim global dan polusi lokal mengancam padang lamun dan organisme di sekitarnya. Oleh karena itu, ekosistem pesisir harus dapat mempertahankan keanekaragaman genetik semua organisme yang ada dalam ekosistem tersebut, termasuk di dalamnya adalah spesies lamun. Ancaman bagi padang lamun tersebut menuntut lamun untuk dapat bertahan hidup dengan beradaptasi pada kondisi lingkungan yang berubah tersebut. Tidak jarang karena ada pengaruh dari polusi lokal atau perubahan habitat menimbulkan kemiripan morfologi dari beberapa spesies lamun yang ada menyebabkan sulitnya dilakukan identifikasi secara morfologi sehingga dibutuhkan identifikasi secara molekuler (genetik) dengan menggunakan teknik DNA barcoding yaitu metode untuk mengidentifikasi suatu spesies menggunakan urutan sekuens DNA pendek. Menurut rekomendasi dari Consortium for the Barcoding of Life (CBOL), gen rbcL dan matK digunakan dalam studi DNA barcoding dari lamun. Penelitian mengenai kekerabatan genetik atau yang sering disebut filogenetik pada lamun cukup banyak dilakukan di dunia. Misal pada penelitian Vy et al. (2013) yang menyatakan bahwa salah satu genus pada lamun yang memiliki taksonomi paling kompleks adalah genus Halophila sp. Contohnya pada Halophila ovalis vi yang memiliki variasi genetik kecil tetapi plastisitas morfologinya besar. Penelitian tersebut bermaksud mengidentifikasi gen yang informatif untuk membedakan spesies antara genus Halophila sp. serta hubungan filogenetik antara spesies Halophila sp. lain di Viet Nam. Metode yang digunakan untuk identifikasi molekuler meliputi koleksi sampel, ekstraksi DNA dengan Qiagen Kit dan amplifikasi DNA dengan PCR menggunakan primer rbcL dan matK dengan siklus PCR modifikasi dari Lucas et al. (2012). Tahap berikutnya dilakukan elektroforesis untuk memvisualisasikan hasil amplifikasi DNA, sekuensing, dan menganalisis sekuens DNA yang diperoleh. Total sampel yang dikoleksi berjumlah 18 buah dengan rincian enam sampel dari perairan Wosi dan Rendani, Manokwari, Papua Barat dan 12 sampel dari Pantai Timur Manyaifun, Papua Barat. Metode rekonstruksi pohon filogeni yang digunakan adalah Neighbor Joining (NJ) dan Maximum Likelihood (ML). Kekerabatan genetik lamun dari Papua Barat terbagi menjadi dua kelompok besar yaitu famili Hydrocharitaceae dan Cymodoceaceae „kompleks‟. Famili Hydrocharitaceae yang teridiri dari Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, dan Halophila ovalis sedangkan famili Cymodoceaceae „kompleks‟ terdiri dari Cymodocea rotundata. Gen matK lebih efektif dalam analisis filogenetik daripada gen rbcL karena gen matK mampu mengidentifikasi perbedaan jarak genetik yang lebih besar. Oleh karena itu, gen matK mampu membentuk pohon filogeni dengan percabangan yang lebih terperinci daripada percabangan yang dibentuk oleh pohon filogeni gen rbcL.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FPR/2015/330/051505043 |
| Subjects: | 300 Social sciences > 338 Production > 338.3 Other extractive industries > 338.37 Products > 338.372 Products of fishing, whaling, hunting, trapping |
| Divisions: | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan |
| Depositing User: | Budi Wahyono Wahyono |
| Date Deposited: | 24 Aug 2015 13:00 |
| Last Modified: | 29 Aug 2022 06:53 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/134179 |
Preview |
Text
Skripsi_Cynthia_Asthari_115080601111039.pdf Download (4MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |