Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Perairan Madura dan Abalon (Haliotis squamata) Perairan Bali Dengan Menggunakan Marka Genetik 16S rDNA di Laboratorium Sentral Ilmu Hayati Universitas Brawi

Kurnia, AanTika (2013) Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Perairan Madura dan Abalon (Haliotis squamata) Perairan Bali Dengan Menggunakan Marka Genetik 16S rDNA di Laboratorium Sentral Ilmu Hayati Universitas Brawi. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Kegiatan pemanfaatan potensi perikanan di Indonesia mengalami peningkatan, lebih khususnya pada hasil laut yang bernilai ekonomis tinggi seperti abalon, untuk menunjang keberlanjutan kegiatan tersebut perlu adanya proses budidaya abalon karena selama ini abalon diambil secara langsung dari alam sehingga ditakutkan lama-kelamaan populasi abalon di alam akan cepat habis. Budidaya abalon masih mengalami permasalahan dalam hal penyediaan benih yang cukup bermutu dan tidak tergantung pada tangkapan alam. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik Abalon (H. asinina) dan (H. squamata) berdasarkan metode PCR-RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism) dengan membandingkan profil pita-pita yang dihasilkan setelah dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi terhadap DNA target atau dari individu yang berbeda. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif yang menuturkan dan mengklasifikasikan data yang diperoleh dengan tujuan memaparkan secara sistematis, aktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan sifatsifat dari populasi tertentu dan secara rasional kesimpulan diambil dari data-data tersebut. Kegiatan penelitian ini dimulai dengan pengumpulan sampel H. asinina dari perairan Madura sebanyak 25 sampel dan H. squamata dari Bali sebanyak 30 sampel, setelah diidentifikasi jenis kelamin dan panjang cangkang, sampel abalon disimpan di dalam freezer. Setelah pengumpulan sampel, dilakukan ekstraksi DNA yang diambil dari daging kaki dengan cara memasukkan daging ke dalam eppendorf 15 μl yang telah diberi lysis buffer 400 μl kemudian daging dicacah menggunakan sectio set. Selanjutnya ditambahkan proteinase-K 10 μl dan segera diinkubasi dalam waterbath selama 16-18 jam. Setelah inkubasi selesai diangkat eppendorf dan ditambahkan dengan NaCl sebanyak 300 μl dan disentrifugasi sebanyak 10.000 rpm selama 30 menit pada suhu 27oC, setelah didapatkan supernatan, dimasukkan ke dalam eppendorf baru dan ditambahkan dengan isopropanol sebanyak 450 μl kemudian disentrifuge kembali sebanyak 10.000 rpm selama 20 menit pada suhu 27oC. Setelah selesai, air dalam eppendorf dibuang dan ditambahkan etanol 70% sebanyak 1000 μl dan disentrifugasi kembali sebanyak 10.000 rpm selama 20 menit pada suhu 27oC. Dibuang isi eppendorf dan dibalik ± 1 jam setelah itu ditambahkan TE buffer sebanyak 50 μl dan kemudian disimpan di dalam kulkas. Selanjutnya hasil ekstraksi dielektroforesis, dimana sebelumnya dilakukan pembuatan gel terlebih dahulu dengan memasukkan 0,3 gram agarose ke dalam erlnmeyer 250 ml kemudian ditambahkan dengan TAE 1X sebanyak 30 ml kemudian dipanaskan dan setelah agak dingin ditambahkan EtBr 1 μl kemudian dituang ke dalam bak pencetak gel yang telah dipasang sisir. Setelah gel menjadi padat diangkat dan dimasukkan ke dalam tangki elektroforesis dan direndam dengan TAE 1x sampai sumuran pada gel tergenang. Kemudian dimasukkan DNA leader sebanyak 1 μl ada sumur pertama dan selanjutnya dimasukkan sampel DNA 2 μl yang telah dicampur dengan loading dye sebanyak 1μl. Kemudian dinyalakan alat elektroforesis dan setelah itu diamati menggunakan UV transiluminator. Proses selanjutnya yaitu PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan memasukkan sampel DNA sebanyak 2 μl pada eppendorf 200 μl dan ditambahkan dengan 5 μl PCR mix + MgCl2 0,3 μl + Primer F1 0,4 μl + primer R1 0,4 μl + Nuclease Free Water 1,9 μl. RFLP (Restriction Fragmet Lenght Polymorphism) merupakan tahap sesudah PCR dilakukan yakni dengan memasukkan sampel hasil PCR sebanyak 2 μl yang teramplifikasi kemudian dimasukkan ke dalam eppendorf baru dan ditambahkan dengan enzim EcoR1 1 μl + ddH2O 15 μl + buffer 2 μl kemudian diinkubasi dalam waterbath selama 2 jam pada suhu 37oC dan setelah itu divisualisasi dengan elektroforesis dan UV transilumintor. Hasil menunjukkan gen 16S pada abalon terinterpretasi pada 580bp setelah dilakukan PCR. Hasil ini berbeda-beda pada setiap organisme misalkan pada jenis udang-udangan 560 bp dan 625 bp pada ikan kerapu. Pemotongan oleh enzim restriksi (EcoR1) yang memotog ada urutan basa G AATC menghasilkan dua pola pita yakni 580 bp pada alel A dan 300bp, 280 bp pada alel B, sehingga dapat dikatakan jika enzim EcoR1 termasuk enzim yang cukup informatif pada 16S rDNA abalon baik untuk H. asinina maupun H. squmata. Nilai rata-rata keragaman genetik dari populasi H. asinina sebesar 0,055 dan H. squamata sebesar 0,06.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	SKR/FPR/2010/156/051305105
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 639 Hunting, fishing & conservation > 639.8 Aquaculture
Divisions:	Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Budidaya Perairan
Depositing User:	Hasbi
Date Deposited:	12 Jun 2013 10:26
Last Modified:	21 Oct 2021 05:44
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/132700

	Text SKRIPSI_AAN_TIKA_KURNIA.pdf Download (2MB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_lightbox) lightbox.jpg Download (34kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_preview) preview.jpg Download (14kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_medium) medium.jpg Download (3kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_small) small.jpg Download (1kB)

Actions (login required)

View Item